Das bedeutendste Ereignis für die SP war der Rücktritt des Parteipräsidenten Helmut Hubacher nach 15jähriger Amtsdauer. Unter seiner Regie hatte die SP eine starke Veränderung durchgemacht und sich von einer traditionellen Arbeitnehmerpartei zu einer zwar immer noch sozialen, aber auch stark ökologisch orientierten Partei gewandelt. Diese Entwicklung war begleitet gewesen von einer Umschichtung der Anhängerschaft und von massiven Verlusten bei Wahlen. Als Nachfolger wurde am Parteitag in Basel am 28. April der 38jährige Rechtsanwalt und Nationalrat Peter Bodenmann mit 634 Stimmen gewählt; seine Mitkonkurrentin, die Solothurner Nationalrätin Ursula Ulrich, erreichte 269 Stimmen. Ausschlaggebend für Bodenmanns Wahl dürfte der entschiedene, kantige und wenig kompromissbereite Stil, mit dem er bisher politisiert hatte, gewesen sein. Im Gegensatz dazu hatte seine Konkurrentin eher den Ruf einer zur Konzilianz neigenden Pragmatikerin.

Bürgerliche Politiker mahnten im Vorfeld des Parteitags, dass im Falle einer Wahl des aggressiven und polarisierenden Peter Bodenmanns die Konkordanzdemokratie in Gefahr gerate und dass ein Ausschluss der SP aus der Regierung denkbar würde. Verstärkt wurde diese Diskussion um die Fortführung des Konkordanzsystems anlässlich der Parlamentsdebatten um militärische Bauten – insbesondere der geplante Waffenplatz Neuchlen-Anschwilen erregte die Gemüter – und Rüstungsvorhaben, bei denen die SP konsequent in Opposition zu den drei anderen Bundesratsparteien stand. Auch für die CVP-Fraktion schien nun der Augenblick gekommen, in dem sich die SP entscheiden müsse, ob sie weiterhin Bundesratspartei bleiben wolle. Vorgeworfen wurde der SP von den bürgerlichen Bundesratsparteien auch, dass sie als Regierungspartei nicht zu ihrer Mitverantwortung für den Fichenskandal stehe, sondern diesen propagandistisch zur eigenen Profilierung ausnutze.