Rechtsextremismusvorwürfe richteten sich auch gegen Christoph Blocher. Eine Woche vor den Wahlen veröffentlichte die Sonntagspresse Ausschnitte aus einem Schreiben Christoph Blochers an einen Herrliberger Unternehmer vom März 1997. Darin bedankte sich Blocher für die Zusendung eines Buches des als Holocaust-Leugner verurteilten Jürgen Graf. Das Papier war bei der Verhaftung Jürgen Grafs beschlagnahmt und zu den Prozessakten gelegt worden. Die Brisanz des Briefes steckte in der Kommentierung Christoph Blochers «wie recht er doch hat». In der Folge wurde Christoph Blocher von allen Seiten angegriffen, insbesondere die Parteipräsidenten der CVP und der SP zeigten sich sehr besorgt. Sogar internationale Kritik traf in Bern ein. Die FDP publizierte Inserate mit dem Wortlaut «Bei uns hat Rechtsextremismus keinen Platz!», welche die SVP mit eigenen Inseraten konterte. Christoph Blocher indes sah sich einer Hetzkampagne gegen seine Person ausgesetzt, die bewusst kurz vor den Wahlen inszeniert worden sei. Er habe das Buch gar nie gelesen, und sein Kommentar beziehe sich lediglich auf den Titel «Vom Untergang der Schweizerischen Freiheit».

Anfangs September drohte Parteipräsident Ueli Maurer mit dem Ausschluss der Genfer SVP-Sektion, sollte diese sich nicht von ihrem Nationalratskandidaten und Parteisekretär Pascal Junod trennen. Pascale Junod war zuvor in Verdacht geraten, rechtsradikalen Vereinigungen nahe zu stehen. Nachdem Pascale Junod eine versprochene schriftliche Distanzierung vom Rechtsextremismus und einschlägigen Organisationen bei der nationalen Parteizentrale nicht eingereicht hatte, wurde der Ausschluss offiziell eingefordert. Nach Weigerung der Genfer Sektion, Pascale Junod auszuschliessen, leitete die Parteileitung Ende September gegen die Sektion das Ausschlussverfahren ein. Dieses wurde eingestellt, nachdem Pascale Junod seinen Austritt aus der SVP bekanntgegeben hatte.