Junge Parteien wie die GLP sind vor internen Streitigkeiten nicht gefeit. Dies zeigte sich in einigen Kantonssektionen. Einen eigentlichen Knatsch gab es in der vor drei Jahren gegründeten GLP-Sektion in Genf. Gleich vier Vorstandsmitglieder demissionierten, blieben allerdings Mitglieder der Partei. Zu einem Parteiwechsel kam es im Kanton Thurgau: Kantonsrat Jürg Wiesli konnte seine wertkonservative Haltung nicht mehr mit den gesellschaftsliberalen Positionen der GLP Thurgau vereinbaren und trat zur SVP über.