Im August 2018 erschien der dritte Wirksamkeitsbericht zum Finanzausgleich 2016-2019, den der Bundesrat dem Parlament alle vier Jahre vorlegt. Darin bilanziert die Regierung den Vollzug und die Wirksamkeit des Finanzausgleichs zwischen Bund und Kantonen, so dass das Parlament daraus Konsequenzen ziehen und gegebenenfalls Anpassungen des Finanzausgleichssystems vornehmen könnte. Während die ersten zwei Berichte (2008-2011, 2012-2015) den Übergang vom alten zum neuen Finanzausgleichsystem beinhaltet hatten, fokussierte dieser dritte Bericht auf die Überprüfung der Zielerreichung sowie auf Systemanpassungen beim Finanzausgleich. Die Aufgabenteilung hingegen soll im Bericht zur Motion der FK-NR (Mo. 13.3363) erläutert werden.
Der dritte Wirksamkeitsbericht zeigt auf, dass die Ziele gemäss FiLaG in der Periode 2016-2019 grösstenteils erfüllt wurden. Der Bericht hob hervor, dass der Anteil zweckfreier Transfers am Gesamtvolumen der Transfers zwischen Bund und Kantonen von 31 Prozent (2007) auf 40 Prozent erhöht wurde. Dies soll helfen, die kantonale Finanzautonomie zu wahren. Gleichzeitig gelang es, die Unterschiede in der finanziellen Leistungsfähigkeit zwischen den Kantonen mithilfe des Ressourcenausgleichs um einen Drittel zu reduzieren. Dabei veränderte der Ressourcenausgleich die Position der ressourcenstarken Kantone mit tiefen Grenzabschöpfungsquoten – also dem Anteil, um den der Zuschuss aus dem Ressourcenausgleichstopf gekürzt wird, wenn die Steuerkraft steigt – im Steuerwettbewerb nicht. Ressourcenschwache Kantone hingegen haben aufgrund der relativ hohen Grenzabschöpfungsquote von durchschnittlich 80 Prozent kaum Anreize, ihr Ressourcenpotenzial zu steigern – dadurch würden ihnen teilweise sogar mehr Zuschüsse entgehen, als sie zusätzliche Steuern einnehmen könnten. Überdies wurde die minimale finanzielle Pro-Kopf-Ressourcenausstattung von 85 Prozent des schweizerischen Durchschnitts in den Jahren 2016 bis 2018 sogar übertroffen: Der ressourcenschwächste Kanton Jura erzielte eine Ausstattung von 88 Prozent. Dabei hat sich gezeigt, dass das Mindestausstattungsziel angemessen, jedoch die Dotation des Ressourcenausgleichs zu hoch war.
Kaum Veränderungen stellte der Bericht schliesslich bei den Sonderlasten fest: Gedeckt würden 30 Prozent der geografisch-topografischen Sonderlasten, 10 Prozent der demografischen Sonderlasten und 4 Prozent der Kernlasten.