Es kommt nur sehr selten vor, das die GK Empfehlungen für Wahlen an eidgenössische Gerichte nicht einstimmig abgibt. Dies war allerdings der Fall bei den Wahlen des Präsidiums und des Vizepräsidiums für das Bundesgericht für die Jahre 2021-2022. Das Bundesgericht hatte die amtierende Vizepräsidentin Martha Niquille (cvp) als Präsidentin und Bundesrichter Yves Donzallaz (svp) als Vizepräsidenten vorgeschlagen. Die GK und das Parlament seien zwar nicht weisungsgebunden, aus «Respekt vor den Institutionen und der Gewaltentrennung» entspreche die Kommission aber dem Antrag des Bundesgerichts, war in der Wahlempfehlung der GK zu lesen. Die SVP-Minderheit in der GK beantragte allerdings, dass das Parlament den Wahlvorschlag zurückweist, damit die GK zwei neue Personen zur Wahl vorschlagen könne.
Als Grund dafür führte Pirmin Schwander (svp, SZ), der den Antrag der GK-Minderheit in der Wintersession 2020 in der Debatte der Vereinigten Bundesversammlung vertrat, die Rolle der beiden Kandidierenden in der Untersuchung der Vorkommnisse am Bundesstrafgericht an. Die Kandidierenden waren in die Schlagzeilen geraten, weil sie der Verwaltungskommission des Bundesgerichts angehörten, die die entsprechenden Ereignisse untersuchen sollten. Der aus dieser Untersuchung resultierende Bericht war bei der GPK auf einige Kritik gestossen und hatte gar eine Strafanzeige gegen die drei Berichterstatter – neben Niquille und Donzallaz hatte auch der zurückgetretene Ulrich Meyer (sp) der Kommission angehört – nach sich gezogen. Auch in den Medien war der Bericht als mangelhaft hinsichtlich dem Verfahren und inhaltlich problematisch bezeichnet worden. Pirmin Schwander nannte den Bericht eine «Missachtung des parlamentarischen Auftrages, ein[en] Aufsichtsbericht, der unter Missachtung rechtsstaatlicher Verfahrensgarantien erstinstanzliche Richter mittels Publikation im Internet an den Pranger stellte.» Die «auch in den Medien aufgegriffene Unprofessionalität» habe das Vertrauen in die Judikative geschmälert. Vertrauen und Professionalität könnten nur wiederhergestellt werden, wenn Personen das Präsidium übernähmen, die von internen Querelen unbelastet seien, so Schwander. Von Schwander unerwähnt blieb hingegen, dass sich die SVP im Rahmen der Gesamterneuerungswahlen der Bundesrichterinnen und -richter bereits gegen die Wiederwahl ihres Richters Yves Donzallaz gestellt hatte, weil dieser die Grundhaltung «seiner Partei» nicht mehr teile, wie damals das Verdikt der SVP lautete. Donzallaz war damals trotzdem bestätigt worden.
Der Sprecher für die Mehrheit der GK, Andrea Caroni (fdp, AR) berichtete, dass der Untersuchungsbericht sehr wohl auch Gegenstand der Anhörung der beiden Kandidierenden gewesen sei. Beide hätten ihr Verhalten erklären können und hätten sich motiviert gezeigt, die Zusammenarbeit zwischen den betroffenen Institutionen – Bundesgericht, Bundesstrafgericht und GPK – zu befördern. Martha Niquille habe sich zudem für die Tonalität im Bericht entschuldigt. Caroni erinnerte auch daran, dass das Bundesgericht bei Annahme des Rückweisungsauftrags bis frühestens zur Frühjahrssession 2021 ohne Präsidium sein würde.
Dieser Rückweisungsantrag wurde unter Namensaufruf der Ständeratsmitglieder und mittels elektronischer Abstimmung der Nationalratsmitglieder mit 168 zu 54 Stimmen (ohne Enthaltungen) abgelehnt. Lediglich sämtliche Mitglieder der SVP-Fraktionen stimmten für eine Rückweisung. In der Folge interessierten dann die Wahlresultate: Martha Niquille erhielt 173 gültige Stimmen. Eingelangt waren 227 Wahlzettel, von denen 53 leer eingelegt wurden und einer einen anderen Namen enthielt. Für Yves Donzallaz gingen 223 Wahlzettel ein; auf 160 davon stand sein Name, 62 waren leer geblieben und einer enthielt einen anderen Namen.
Ob den unschönen Tönen ging etwas unter, dass mit Martha Niquille zum ersten Mal in der 162-jährigen Geschichte des Bundesgerichts eine Frau an die Spitze des obersten eidgenössischen Gerichts gewählt worden war.