Zur Umsetzung von Artikel 43 des revidierten Datenschutzgesetzes (insbesondere Wahl des EDÖB durch die Vereinigte Bundesversammlung – bisher wurde der EDÖB vom Bundesrat gewählt und vom Parlament bestätigt) fasste die SPK-NR im April 2021 den Beschluss, im Rahmen einer parlamentarischen Initiative eine Verordnung über das Arbeitsverhältnis der Leiterin oder des Leiters des EDÖB auszuarbeiten. Ihre Schwesterkommission stimmte dem Vorhaben noch im selben Monat zu. Anfang 2022 verabschiedete die nationalrätliche Kommission entsprechende Entwürfe zuhanden ihres Rates. Die Verordnung enthält Einzelheiten zur Begründung des Arbeitsverhältnisses, der Amtsdauer, der Besoldung, der beruflichen Vorsorge, der vorläufigen Einstellung im Amt, der Datenbearbeitung sowie zu weiteren Rechten und Pflichten, die sich aus dem Arbeitsverhältnis ergeben. Wichtige Bestimmungen zur beruflichen Vorsorge, dem Ausschluss einer Entschädigung bei Auflösung des Arbeitsverhältnisses, dem Ausstand und der Verwarnung als Disziplinarmassnahme wollte die Kommission auf Gesetzesstufe regeln und schlug deshalb entsprechende Anpassungen im neuen Datenschutzgesetz vor. Insbesondere wollte sie auch ihre Ermächtigung, eine solche Verordnung zu erlassen, gesetzlich verankern. Darüber hinaus sah die Kommission vor, für den EDÖB eine Ausnahme von der Personensicherheitsprüfung ins Informationssicherheitsgesetz aufzunehmen.

Der Nationalrat befasste sich in der Frühjahrssession 2022 als Erstrat mit den drei Entwürfen, die seine SPK zur Regelung des Arbeitsverhältnisses der oder des EDÖB ausgearbeitet hatte. Diskussionsbedarf gab es bei zwei Punkten: Erstens hatte die Mehrheit der SPK-NR ursprünglich eine Änderung im neuen Datenschutzgesetz vorgesehen, die eine Entschädigung für den oder die EDÖB nach Auflösung des Arbeitsverhältnisses ausdrücklich ausschliesst. Eine Minderheit Widmer (sp, ZH) wollte hingegen dem oder der EDÖB eine Abgangsentschädigung zugestehen, wie sie auch der Bundesanwalt bzw. die Bundesanwältin und die erstinstanzlichen Bundesrichterinnen und -richter erhalten. Auch der Bundesrat hatte sich in seiner Stellungnahme für die Abgangsentschädigung ausgesprochen, weil das Fehlen einer solchen die Unabhängigkeit des oder der EDÖB insofern beeinträchtigen könne, als mit einer Nichtwiederwahl finanzielle Konsequenzen verbunden sind. Die Kommissionsmehrheit schwenkte daraufhin auf die Linie des Bundesrates um und beantragte dem Rat, dem nunmehr einzigen Vorschlag Widmer zuzustimmen, was die grosse Kammer dann auch stillschweigend tat. Zweitens wollte die Kommissionsmehrheit den oder die EDÖB mit einer Änderung im Informationssicherheitsgesetz von der Personensicherheitsprüfung ausnehmen, wie das auch für andere Magistratspersonen üblich sei. Wie Kommissionssprecher Kurt Fluri (fdp, SO) erklärte, sehe die Kommissionsmehrheit die öffentliche Wahl – neu wird der oder die EDÖB vom Parlament gewählt – «gewissermassen als Substitut für die Personensicherheitsprüfung». Eine Minderheit Addor (svp, VS) sprach sich indessen gegen eine solche Ausnahme aus. Angesichts der extrem sensiblen Daten, auf die der oder die EDÖB Zugriff habe, erscheine eine solche Überprüfung als notwendig. Der Nationalrat folgte entgegen der geschlossen stimmenden SVP-Fraktion seiner Kommissionsmehrheit und nahm den oder die EDÖB von der Personensicherheitsprüfung aus. In der Gesamtabstimmung nahm die Volkskammer die beiden Gesetzesentwürfe zur Änderung des neuen Datenschutzgesetzes und zur Änderung des Informationssicherheitsgesetzes mit einer Gegenstimme (Andrea Geissbühler; svp, BE) an. Der «Verordnung über das Arbeitsverhältnis der Leiterin oder des Leiters des EDÖB» stimmte der Nationalrat einhellig zu.

In der Sommersession 2022 stimmte der Ständerat den drei Entwürfen zur Regelung des Arbeitsverhältnisses der oder des EDÖB unverändert und einstimmig zu, worauf sie auch in den Schlussabstimmungen von beiden Kammern einhellig gutgeheissen wurden.