Im Juli schickte der Bundesrat einen Entwurf für eine Reform der Unternehmensbesteuerung auf Bundesebene in die Vernehmlassung, die Steuererleichterungen für Holdinggesellschaften und KMU vorsieht. Von seinem ursprünglichen Ziel, die Reform haushaltsneutral durchzuführen, rückte er ab und präsentierte stattdessen zwei Varianten, die geschätzte Steuerausfälle von CHF 90 Mio. bzw. CHF 210 Mio. zur Folge hätten. In beiden Paketen sind die Einführung der proportionalen Gewinnsteuer, die Verlustverrechnung im Konzern, eine höhere Freigrenze bei den Emissionsabgaben und eine Neuregelung beim Erwerb eigener Aktien enthalten. Der heutige renditeabhängige Dreistufentarif, den die Schweiz noch als einziger OECD-Staat kennt, führt dazu, dass Firmen je nach Kapitalstruktur bei gleichem Produkt, Gewinn und Umsatz unterschiedlich hohe Steuern bezahlen. Als wichtigste Neuerung wird deshalb der Übergang zur proportionalen Gewinnsteuer vorgeschlagen. Die Einführung der proportionalen Besteuerung hatte (bei einem Satz von 9,8%) bereits Bundesrat Otto Stich gefordert, war damit im Parlament im Rahmen der Sanierungsmassnahmen 1994 aber gescheitert. Die Variante A sieht einen Satz von 8,9%, Variante B einen solchen von 9,5% vor. Diese hätten zunächst Mehreinnahmen von jährlich CHF 230 Mio. (A) bzw. CHF 410 Mio. (B) zur Folge. Da aber eigenkapitalstarke Unternehmen wie Banken und Versicherungen, die vom heutigen System profitieren, wenig Freude an einem Systemwechsel haben dürften, soll der Übergang zur Proportionalsteuer mit der Anrechnung der Kapitalsteuer an die Gewinnsteuer abgefedert werden, wodurch ein Einnahmenausfall von CHF 260 Mio. entstünde.

Den Übergang zur Proportionalsteuer will der Bundesrat mit einer weiteren Massnahme verbinden, wonach der Verlust einer Konzernrechnung immer dann unverzüglich zur Verrechnung gebracht werden kann, wenn andere Konzerngesellschaften einen entsprechenden Gewinn ausweisen. Dies würde Steuerausfälle von CHF 50 Mio. nach sich ziehen. Im weiteren soll die bisherige Freigrenze bei Emissionsabgaben von CHF 250'000 auf eine Million heraufgesetzt werden, wodurch die Gründungskosten von KMU vermindert würden. Die damit verbundenen Steuerausfälle werden auf CHF 5 Mio. bis CHF 10 Mio. geschätzt. Im Paket A ist überdies der Steueraufschub bei grenzüberschreitenden Beteiligungsumstrukturierungen enthalten, eine Massnahme, die den Beteiligungstransfer über die Grenze hinweg erleichtern würde, ohne dass damit Steuerausfälle verbunden wären. Das Paket B sieht dagegen zusätzlich vor, dass Holdings Beteiligungsgewinne nicht mehr versteuern müssen. Sie könnten somit Beteiligungen ins Ausland verlagern, ohne dass sie die stillen Reserven zu versteuern hätten, eine Massnahme, die dem Bund jährlich Steuerausfälle von CHF 300 Mio. bescheren würde. Der Bundesrat sprach sich für das mit weniger Steuerausfällen verbundene Paket A aus.

Die Vernehmlassung fiel jedoch kontrovers aus. Während SP und Gewerkschaften Widerstand gegen jegliche Abweichung vom Postulat der Ertragsneutralität anmeldeten, ging den Wirtschaftsverbänden und den bürgerlichen Parteien die Reform zuwenig weit. Beide Seiten befürworteten zwar den Übergang zur proportionalen Gewinnsteuer, die Linke forderte aber einen Höchstsatz von 9,8%, während die bürgerliche Seite einen Satz von näher bei 8% als bei 9% verlangte. Als Begleitmassnahme forderte sie u.a. eine völlige Abschaffung der Kapitalsteuer. Gegensätzliche Stellungnahmen gaben auch die Kantone ab, deren Interessenlage sehr unterschiedlich ist.