Le chef des Forces aériennes, le commandant de corps Fernand Carrel, a proposé un nouveau découpage du ciel suisse. Actuellement, les militaires disposent de trois secteurs d’entraînement distincts, dont l’étroitesse ne conviendrait guère aux capacités du F/A-18. L’armée propose donc de créer un seul et unique espace militaire au centre du pays et de déplacer les couloirs aériens civils un peu plus en direction des frontières. Cette proposition a été bien accueillie chez Swisscontrol, l’organe civil du contrôle aérien, qui a toutefois noté la nécessité de coordonner de telles mesures avec les partenaires étrangers. En attendant, deux couloirs (Genève/Zurich et Zurich/Milan) sont ouverts au trafic civil selon une option large. Lorsque les militaires sont en l’air, la largeur de ces couloirs diminue. L’introduction des nouvelles routes aériennes en Europe ayant entraîné de nombreux retards et annulations, l’armée a finalement accepté de faire encore plus de place au trafic civil. Ainsi, les deux voies principales ont été élargies à 30 kilomètres au lieu de 26, cette mesure devant permettre d’augmenter de 10 à 20% le nombre des mouvements du trafic civil.

Les services civils et militaires de sécurité aérienne ont constitué le conseil d'administration de la nouvelle société qui a succédé à Swisscontrol. La nouvelle société a été nommée Skyguide. Elle répondait à la volonté du Conseil fédéral de réunir les contrôles aériens militaires et civils en une seule instance pour le 1er janvier 2001 dans le but d'améliorer l'utilisation de l'espace aérien suisse. Cette nouvelle structure avait été décidée en août 1999 par les ministres concernés, Adolf Ogi et Moritz Leuenberger. Elle faisait suite au rapport HELCO. La nouvelle société gérera la navigation aérienne dans un espace unifié, tant pour l'aviation civile que pour les Forces aériennes.

Sur proposition du Conseil fédéral, le Conseil national a donné par 123 voix contre 1 une base légale à la fusion des contrôles aériens militaire et civil. La navigation aérienne intégrée sera assurée par la société Skyguide. Toutefois, en cas d’événements extraordinaires, les exigences des Forces aériennes seront pleinement respectées. La modification de la loi sur l’aviation permet avant tout de gérer les conséquences financières de cette fusion. Aucune dépense supplémentaire n’est engagé par cette décision qui se limite à créer les bases juridiques des crédits que le parlement aura à voter ultérieurement. Il s’agira notamment de doter Skyguide d’un capital suffisant pour assurer ses investissements indispensables, soit CHF 200 à 250 millions.

Par 26 voix sans opposition, le Conseil des Etats a suivi le Conseil national et sa Commission des transports en acceptant, à une divergence près, la fusion des contrôles aériens militaire et civil au sein de la société Skyguide. Il a précisé que la Confédération assume la haute responsabilité en tant qu’organe de surveillance. La nouvelle loi règle en outre le financement des retraites de la centaine de contrôleurs aériens militaires. En votation finale, les deux Chambres ont approuvé la modification sans opposition.