Bei der Beratung des Voranschlags 2007 stellte Nationalrat Ruey (lp, VD) mit Unterstützung der Ratslinken den Antrag, den Kredit für das Gleichstellungsbüro für Frau und Mann um rund 660'000 Fr. auf insgesamt 5 Mio Fr. zu erhöhen, gerade auch, um die Diskriminierungen im Arbeitsbereich aktiv anzugehen. Die Sprecherin der SP erinnerte daran, dass die Botschaft zum Gleichstellungsgesetz 1994 eine Zielgrösse von 5 Mio Fr. jährlich für die Finanzhilfen als konkretes Instrument zur Förderung der Gleichstellung von Frau und Mann vorgesehen habe. Die externe Evaluation habe nun nachgewiesen, dass die Finanzhilfen Wirkung zeigten. Da sich neben der ohnehin gleichstellungskritischen SVP auch die CVP und die FDP ablehnend verhielten, wurde der Antrag mit 85 zu 61 Stimmen verworfen.

Trotz Kritik am Vorgehen des Bundesrats bewilligte der Nationalrat einen Kredit von knapp 75 Mio Fr. für den Kauf von Impfstoffen gegen eine mögliche Grippepandemie. Der Betrag ist Teil eines umfassenden Schutzkonzepts im Umfang von 186,2 Mio Fr. Kritik am Vorgehen des Bundesrats, der den Rahmenkredit erst nachträglich auf Antrag des EDI in den Voranschlag 2007 einfügte hatte, wurde vor allem von den Fraktionen der CVP und der SVP geübt. Die beiden Parteien zeigten sich über die plötzliche Eile der Landesregierung irritiert und sprachen von einem Konzept, das im internationalen Vergleich sehr teuer sei. Finanzminister Hans-Rudolf Merz verteidigte hingegen das Vorgehen des Bundesrats. Gemäss dem Schutzkonzept soll die Schweiz im Fall einer Grippeseuche schon im Jahr 2007 über Impfstoff für die gesamte Bevölkerung verfügen. Dafür sollen rund acht Millionen Dosen eines Präpandemie-Impfstoffs beschafft werden. Der Ständerat stimmte, wenn auch ebenfalls etwas murrend, zu.

Das vom Parlament im Dezember verabschiedete Budget 2007 sah bei veranschlagten Ausgaben von 55'107 Mio Fr. und Einnahmen von 56 011 Mio Fr. einen Einnahmenüberschuss von 904 Mio Fr. vor. Die veranschlagten Ausgaben lagen 2364 Mio Fr. oder 4,5% über dem Budget des Vorjahres. Am meisten zusätzliche Mittel benötigten Finanzen und Steuern (+930 Mio oder +10,6%), die soziale Wohlfahrt (+714 Mio oder +4,3%) sowie Bildung und Forschung (+440 Mio oder +9,2%). Aufgrund des Wirtschaftsaufschwungs rechnete der Bundesrat mit um 7,4% (+3,9 Mia) höheren Einnahmen als im Vorjahr. Höhere Erträge erwartete er vor allem bei der direkten Bundessteuer (+1,4 Mia oder +10,3%) und bei der Mehrwertsteuer (+1,2 Mia oder +6,3%). Bei der Tabaksteuer (-114 Mio oder -5,4%) und den Verkehrsabgaben (-2 Mio oder -0,1%) rechnete er hingegen mit Mindereinnahmen.

Seit Jahrzehnten kam der Voranschlag jeweils erst nach langem Hin und Her zwischen den Räten oder gar erst nach einer Einigungskonferenz zustande. Im Berichtsjahr gelang es dem Parlament jedoch, das Budget in einer einzigen Beratungsrunde zu verabschieden. Der Nationalrat lehnte einen Ordnungsantrag Leutenegger Oberholzer (sp, BL) ab, eine Motion der SP-Fraktion zu behandeln, welche eine Analyse der geschlechtsspezifischen Auswirkungen des Finanzplans 2008-2010 verlangt. In der Detailberatung folgte die grosse Kammer durchwegs den Vorschlägen des Bundesrates und den Anträgen ihrer Finanzkommission; die in jeder Budgetdebatte immer wieder eingebrachten, traditionellen Kürzungs- resp. Aufstockungsbegehren wurden allesamt verworfen: Von den Sparbemühungen der SVP verschont blieben insbesondere die Beiträge an die UNO, die Entwicklungszusammenarbeit, die Osthilfe, die Friedensförderung und die Filmförderung. Keine Chance hatte aber auch die von linker Seite verlangte Erhöhung der Kredite zugunsten der zivilen Konfliktbearbeitung, der DEZA, der Osthilfe, des Eidg. Gleichstellungsbüros, der Filmförderung, der Denkmalpflege, der familienergänzenden Kinderbetreuung, von Jugend und Sport sowie für zusätzliche Lehrstellen in der Bundesverwaltung resp. die Reduktion oder Streichung der Budgets betreffend Partnerschaft für den Frieden der NATO und Rüstungsmaterial. Zu ausführlicheren Diskussionen kam es in vier Punkten: Gegen den Willen des Bundesrates erhöhte der Rat auf Antrag der Bildungskommission die Subventionen für die Stiftung Bibliomedia nicht nur wie von einer linken Minderheit verlangt von 1,4 auf 1,7 Mio, sondern auf 2 Mio Fr.; ebenfalls aufgestockt wurde der Beitrag für die Dachorganisationen der Erwachsenenbildung. Beim nachträglich ins Budget geschleusten Kredit von insgesamt 186 Mio Fr. für die Pandemie-Vorsorge musste sich die Regierung Kritik gefallen lassen wegen ihres Vorgehens und der im internationalen Vergleich äusserst teuren Lösung. Bundesrat Merz erklärte, dass im Fall einer Pandemie keine Zeit mehr bleibe, um die notwendigen Medikamente zu besorgen. Deshalb habe sich die Regierung zur Vorsorge entschlossen und den Vertrag zur Beschaffung der Impfstoffe unter dem Vorbehalt der Zustimmung durch das Parlament abgeschlossen. Mit 110:57 Stimmen lehnte es der Nationalrat gemäss einem Minderheitsantrag ab, die Investitionen in die Infrastruktur der Privatbahnen um 30 Mio Fr. zu beschneiden als Kompensation für die zusätzlichen 30 Mio Fr., die der Rat dem regionalen Personenverkehr zugesprochen hatte. Der Bundesrat hatte den Betrag bei den Betriebskosten einsparen wollen, was zu heftigen Protesten der Kantone geführt hatte, worauf ihn die grosse Kammer wieder erhöht hatte. Basierend auf einem Bericht der ständerätlichen GPK, der bei der Vergabe von externen Beratungsaufträgen die mangelnde Transparenz kritisiert hatte, kürzte der Rat diesen Kredit um 17 Mio auf 154 Mio Fr. Die Minderheit hatte mit Bundesrat Merz vergeblich darauf hingewiesen, dass die GPK etwas übertrieben habe und gewisse Ämter überproportional betroffen wären. Mit 99:81 Stimmen weigerte sich die grosse Kammer schliesslich, die Kreditsperre von 1% für Bildung und Forschung aufzuheben, um zusätzlich 40 Mio Fr. freizugeben. Gegen die Mehrheit der SVP und der Grünen genehmigte der Rat mit 111:52 Stimmen bei 4 Enthaltungen das Budget mit einem prognostizierten Einnahmenüberschuss von 900 Mio Fr.

Weil sich die Anträge der Finanzkommission des Ständerats mit den Beschlüssen des Nationalrats deckten, kam es nur zu vereinzelten Diskussionsbeiträgen. So monierte auch die kleine Kammer die späte Krediteingabe des Bundesrats für den Pandemie-Impfstoff, ohne dass er eine Kompensation vorgeschlagen habe. Beim Kredit für externe Berater plädierte die Kommissionsminderheit vergeblich dafür, mit einer Kürzung zuzuwarten, bis der Bundesrat den Bericht besprochen habe. In der Gesamtabstimmung hiess die kleine Kammer den Voranschlag mit 38:0 Stimmen gut.