In der Schweiz ist der Anteil der Protestanten in den letzen Jahren merklich zurückgegangen. Wie die definitiven Resultate der Volkszählung von 1990 ergaben, stellen sie heute nur noch 40,0% der Wohnbevölkerung (1980: 44,3%). Der Anteil der Katholiken blieb mit 46,3% (47,9%) hingegen praktisch stabil. 1980 wiesen noch neun Kantone eine absolute protestantische Mehrheit auf, nämlich Appenzell Ausserrhoden, Basel-Land, Bern, Glarus, Neuenburg, Schaffhausen, Thurgau, Waadt und Zürich. Zehn Jahre später waren es nur noch vier, da in den Kantonen Glarus, Neuenburg, Thurgau, Waadt und Zürich der Anteil der Protestanten in dieser Periode unter 50% sank. Bern bleibt bei weitem die stärkste reformierte Bastion (72,2%), gefolgt von Appenzell Ausserrhoden (57,4%) und Schaffhausen (56,3%). 13 Kantone – die Innerschweiz sowie die Kantone Appenzell Innerrhoden, Freiburg, Jura, Luzern, St. Gallen, Solothurn, Tessin und Wallis – sind mehrheitlich, meist mit gegen 80% katholisch. An der Spitze steht Uri (89,1%), gefolgt von Wallis (88,5%), Obwalden (87,8%) und Appenzell Innerrhoden (85,6%).
Die Zahl jener, die sich als konfessionslos bezeichnen, hat sich innert zehn Jahren von 3,8 auf 7,4% fast verdoppelt. In Basel-Stadt erklärte sich mehr als ein Drittel der Bevölkerung (34,5%) als konfessionslos; im Kanton Genf rangierten die Konfessionslosen mit einem Anteil von 19,0% noch vor den Protestanten an zweiter Stelle. Nur knapp über 1% Konfessionslose wurden in den Kantonen Uri, Obwalden und Appenzell Innerrhoden registriert.
Als Folge der Einwanderung verdreifachte sich die Zahl der Angehörigen des Islams auf insgesamt 2,2% der Wohnbevölkerung.