Als Indiz für eine sich aufweichende innerparteiliche Kohärenz und die stärker werdende Kritik können auch die abweichenden Parolen der Kantonalsektionen bei den zwölf im Berichtjahr abgestimmten nationalen Vorlagen gelten. Fünf Mal wich mindestens eine kantonale Partei mit ihrer Empfehlung von der Parole der Mutterpartei ab. Beim Tierseuchengesetz waren es sogar sieben Kantonalsektionen (ZH, BE, BL, TG, VD, VS, GE) welche ein Ja statt des von der Delegiertenversammlung Ende Oktober mit 250 zu 89 Stimmen gefassten Neins empfahlen. Zuletzt hatte es 2003 so starke parteiinterne Opposition gegeben: beim Bundesgesetz über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz sowie beim Bundesgesetz zur Armee XXI stimmten gar zwölf Kantonalsektionen gegen die vom damaligen VBS-Chef Samuel Schmid durchgeführten Armeereformen. Bei der Revision des Tierseuchengesetzes hatte sich die SVP-Fraktion im Parlament eigentlich noch für eine Annahme stark gemacht. Der angebliche Zentralismus, der die Bauern entmündige und die Skepsis gegen die von der EU angeführten internationalen Pharmafirmen führte an der Delegiertenversammlung in Seedorf (UR) Ende Oktober aber dann zu einem relativ wuchtigen Nein, das auch die aufgeheizte Stimmung an der Basis widerspiegelte. Ebenfalls vor allem an der Basis umstritten und von drei Kantonalsektionen (UR, GL, VS) mit einer Ja- statt einer Nein-Parole versehen war die Managed Care-Vorlage. Auch hier hatte die SVP-Fraktion zu den Befürworterinnen im Parlament gehört, aber auch hier gab es Anfang Mai an der Delegiertenversammlung in Klingnau eine mit 368 zu 52 Stimmen relativ deutliche Abfuhr. Erschwerend kam hinzu, dass der SVP-Gesundheitsexperte Toni Bortoluzzi (ZH) gegen Gregor Rutz (ZH) antreten musste, welcher seinerseits das Gegnerkomitee organisierte. Bortoluzzi führte das Nein in Klingnau auf das wachsende Misstrauen in seiner Partei gegenüber dem Gesundheitswesen zurück. Folge der internen Auseinandersetzung war, dass Bortoluzzi seine ursprünglich angekündigte Absicht, vor Legislaturende zurückzutreten und dem ersten Ersatzmann – Gregor Rutz – Platz zu machen, widerrief. Die SVP war allerdings nicht die einzige Partei, die während der Kampagne zu Managed Care kippte. Von immerhin noch zwei Kantonalsektionen (ZG, TG) bekämpft wurde der Bundesbeschluss zur Regelung der Geldspiele, der Ende Januar vom Zentralvorstand zur Annahme empfohlen worden war. Je eine Kantonalsektion wich ab beim Bundesbeschluss zur Jugendmusikförderung (VS) bzw. bei der Initiative für ein steuerlich begünstigtes Bausparen (ZG). Erstere war von der Mutterpartei an der Delegiertenversammlung Ende August in Basel zur Ablehnung, zweitere im Januar vom Zentralvorstand zur Annahme empfohlen worden. Die restlichen Vorlagen waren – auch was die fehlenden Abweichungen in der Parolenfassung durch die Kantonalsektionen betraf – unbestritten. In Berg (TG) wurde die Buchpreisbindung mit 342 zu 88 Stimmen und die Ferieninitiative mit einer Gegenstimme abgelehnt. In Klingnau wurde – neben Managed Care – mit 486 zu 0 einstimmige Unterstützung für die Auns-Initiative („Staatsverträge vors Volk“) und mit 415 zu 15 Stimmen die Annahme der Initiative „Eigene vier Wände dank Bausparen“ empfohlen. In Basel wurde Ende August die Nein-Parole zur Initiative „Schutz vor Passivrauchen“ (284 zu 25 Stimmen) und die Ja-Parole zur Initiative „Wohnen im Alter“ (289 zu 6 Stimmen) gefasst.