In den Interessenorganisationen der Verkehrsteilnehmer sorgte die Volksabstimmung über die NEAT für einigen Konfliktstoff. Im ACS opponierten vor allem die Westschweizer Sektionen gegen dieses als zu teuer bezeichnete Bauwerk, das zu 25% aus Treibstoffzollgeldern finanziert werden soll. Angesichts dieser Stimmungslage beschlossen die Delegierten Stimmfreigabe. Auf gleiche Weise zog sich der Nutzfahrzeugverband ASTAG aus dem Dilemma. Beim Verkehrs-Club der Schweiz (VCS) waren es vor allem die welschen Sektionen, welche sich gegen die fundamentalistischen Verkehrsgegner namentlich der Zürcher Sektion und gegen die direkt betroffenen Urner für die NEAT einsetzten. Mit einem recht deutlichen Ergebnis von 54:29 Stimmen behielten die Pragmatiker unter den Delegierten die Oberhand. Beim TCS bereitete der Entscheid zugunsten der Unterstützung der NEAT keine Probleme.

Der TCS entschied zudem mit einer deutlichen Mehrheit, das von der Auto-Partei, dem ACS, dem Centre patronal und der ASTAG lancierte Referendum gegen die Benzinzollerhöhung um 20 Rappen nicht zu unterstützen.