2013 startete der Bund offiziell das Projekt FISCAL-IT, das die Erneuerung der elektronischen Systeme der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) zum Ziel hat und voraussichtlich bis Ende 2018 abgeschlossen sein soll. Das Vorgängerprojekt INSIEME war 2012 mit einem Verlust von über CHF 100 Mio. ohne Umsetzung abgebrochen worden. FISCAL-IT sollte nun auf die beim Projekt INSIEME gemachten Erfahrungen aufbauen, das heisst dessen Fehler vermeiden, aber seine bereits erarbeiteten Ergebnisse übernehmen. Dazu wurde das Projekt in 29 Informatikprojekte, unter anderem zu den verschiedenen Steuerarten – Verrechnungssteuer, Mehrwertsteuer, direkte Bundessteuer, Stempelsteuer, Emissionsabgaben usw. –, mit einheitlichem Programm-Management und Architekturkonzept unterteilt. Für das gemeinsam von der ESTV und dem Bundesamt für Informatik und Telekommunikation (BIT) getragenen Projekt bewilligte das Parlament im Voranschlag 2014 einen Verpflichtungskredit von CHF 85.2 Mio.
Als Nachfolgeprojekt von INSIEME war dem Projekt grosse Aufmerksamkeit gewiss. Durch seinen Status als IKT-Schlüsselprojekt unterliegt es einer jährlichen Prüfung durch die eidgenössische Finanzkontrolle (EFK), wodurch allfällige Probleme diesmal früh erkannt werden sollen. Bei der ersten solchen Überprüfung Ende 2013 hinterliess das Projekt bei der EFK einen guten Eindruck, dennoch wies diese auch auf einige Probleme und erschwerende Rahmenbedingungen hin, wie sie in ihrem Bericht festhielt. Unter anderem beschäftige die Aufarbeitung von INSIEME die Mitarbeitenden nach wie vor stark und bringe enormen Aufwand für diese mit sich. Der Druck auf das Projekt FISCAL-IT sei entsprechend überall spürbar. Zudem seien bereits in dieser Anfangsphase bei verschiedenen Projekten Verzögerungen aufgrund von Beschaffungsproblemen und wegen eines unvollständigen Architekturkonzepts feststellbar.

Bei der zweiten Prüfung des Projekts FISCAL-IT durch die EFK Ende 2014 standen die Planung und das Controlling im Mittelpunkt. Zu diesem Zeitpunkt waren 14 der 29 Projekte gestartet. Die EFK attestierte dem Projekt wiederum eine positive Entwicklung, ebenfalls positiv erwähnt wurden die Aufmerksamkeit, die das Projekt in der ESTV und im BIT geniesst, die Kompetenz der Akteure sowie die Führungstätigkeit in Übereinstimmung mit den Richtlinien der Bundesverwaltung. Dennoch schlägt die EFK Verbesserungsmassnahmen vor: Unter anderem sei der Erfolg des Programms zu stark von einem externen Mitarbeiter, dem Fachprogrammleiter, abhängig. Dessen allfälliger Ausfall könne kaum innert nützlicher Frist korrigiert werden. Kritisiert wurde auch die hohe Fluktuationsrate, insbesondere auf der Ebene Projektleitung. Die Hälfte der Mitarbeitenden der Projektleitung wurde 2014 ausgetauscht. Die bei der Prüfung 2013 empfohlenen Massnahmen seien hingegen zufriedenstellend umgesetzt worden und hätten sich bewährt, jedoch seien noch nicht alle festgestellten Probleme behoben. So komme es aufgrund von Beschaffungen noch immer zu Projektverzögerungen. Bei zwei Projekten musste entsprechend der Einführungstermin verschoben werden.

Bei der dritten Prüfung des INSIEME-Nachfolgers FISCAL-IT anfangs 2016 machte die EFK erste Indizien aus, dass die im Jahr 2014 veranschlagten CHF 85.2 Mio. nicht ausreichen könnten. So kam es „aufgrund der neuen Technologien im Rahmen der serviceorientierten Architektur", mit denen das BIT in dieser Komplexität wenig Erfahrung hatte, zu Mehrkosten. Bisher konnten diese vom BIT selbst getragen oder über die Reserven verbucht werden. Da diese Reserven aber beinahe aufgebraucht sind, können Budgetüberschreitungen nicht ausgeschlossen werden – so der Bericht der EFK. Zudem sorgten die Beschaffungen (v.a. die Personalrekrutierung) noch immer für Verzögerungen, gemäss der ESTV sollte der Endtermin Ende 2018 jedoch eingehalten werden können. Der Bericht dokumentierte aber auch erste Erfolge des Projekts, erste Anwendungen konnten bereits in Betrieb genommen werden: Zum Beispiel erlaubt die Applikation zur Mehrwertsteuer-Einreichung (MOE) den Steuerpflichtigen neu, ihre Mehrwertsteuer-Abrechnung online selbst zu erfassen.

Eine neue Kostenschätzung der ESTV zum Informatikprogramm FISCAL-IT ergab einen zusätzlichen Mittelbedarf von CHF 26 Mio. Die Gründe dafür sind vielfältig: Zum einen werden zur Umsetzung des Projekts aufgrund des technologischen Fortschritts heute andere Technologien verwendet, als zum Zeitpunkt der ursprünglichen Kostenschätzung im Jahr 2012 angenommen worden war. Die durch die Verwendung neuer Technologien entstehenden Innovationskosten müssen vollumfänglich durch das FISCAL-IT-Projekt getragen werden. Des Weiteren ist der Aufwand für die Integration einzelner Applikationen in den Betrieb beim BIT höher als vermutet. Schliesslich wurden neue Teilprojekte – zum Beispiel aufgrund der Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes und den Revisionen des RTVG oder des Bundesgesetzes über den internationalen automatischen Informationsaustausch in Steuersachen – hinzugefügt, was die Komplexität von FISCAL-IT zusätzlich erhöht hat. Diese Verzögerungen bringen allesamt Mehrkosten bei Planung, Steuerung und Controlling mit sich. Entsprechend beantragte der Bundesrat im Rahmen des Nachtrags I zum Voranschlag 2017 einen Nachtragskredit in der Höhe von CHF 18 Mio. Bundesrat Maurer begründete diesen damit, dass beim Projektbeginn zu optimistisch gerechnet worden sei, dass neue Teilprojekte hinzugekommen seien und es in einigen Projekten zu Verzögerungen gekommen sei. Er betonte aber auch, dass bei Vollendung des Projekts bis zu 100 Stellen gespart werden können.
Dieser Nachtragskredit führte zu einigen Diskussionen im Parlament. Während ihn der Ständerat immer wieder guthiess, lehnte ihn der Nationalrat in allen Etappen des Differenzbereinigungsverfahrens ab. In der Einigungskonferenz setzte sich zwar der Ständerat durch, der Nationalrat lehnte jedoch den Vorschlag der Einigungskonferenz und mit ihm die beiden noch offenen Punkte des Nachtrags I ab. Bereits zuvor hatte Finanzminister Maurer angetönt, dass er bei einer Ablehnung dieselbe Forderung zum FISCAL-IT-Projekt im Nachtrag II noch einmal stellen werde.