La catastrophe aérienne d’Überlingen (RFA) a assombri les relations avec les autorités russes. Elle a impliqué un avion de la compagnie russe Bashkirian Airlines, transportant en majorité des enfants, et un avion de fret. Ce sont surtout les déclarations de la société suisse de contrôle aérien Skyguide qui ont été mal perçues. Cette dernière, impliquée dans la collision aérienne en tant que responsable de la surveillance de la région du lac de Constance, a en effet immédiatement mis en cause publiquement l’équipage de l’avion russe. L’attitude du gouvernement a également été critiquée en raison de son manque de présence auprès des autorités russes et de la présentation tardive de ses condoléances aux familles. La délégation helvétique, emmenée par le président de la Confédération, n’a finalement pas assisté à la cérémonie en l’honneur des victimes qui s’est déroulée dans la capitale du Bachkortostan, Oufa, lieu d’origine de la plupart des victimes. Le ministère russe des affaires étrangères avait signifié au préalable à l’ambassadeur suisse à Moscou que la délégation ne serait pas la bienvenue en Russie. Ce refus d’accueillir les autorités à été interprété comme un affront infligé à la Suisse par la Russie. De plus, les dégâts d’images sur place ont été considérables.

Au début du mois de juillet, Micheline Calmy-Rey s’est rendu à la cérémonie de commémoration de la catastrophe aérienne d’Überlingen (71 victimes, en majorité des enfants), survenue une année plus tôt. C’est dans une ambiance particulièrement tendue qu’elle s’est brièvement exprimée. En marge de cette cérémonie, les représentants des autorités du Bachkortostan, ainsi que ceux des parents des victimes, ont critiqué la gestion de la crise par la société Skyguide (contrôle aérien) et les autorités suisses. Une délégation de parlementaires s’est par ailleurs rendue à Moscou en septembre. Conduite par le conseiller aux Etats socialiste bâlois Gian-Reto Plattner, elle a rencontré le président de la chambre haute. Les parlementaires ont émis des regrets par rapport au comportement de la Suisse officielle dans la gestion de la catastrophe.

Les avocats des familles des victimes de la collision aérienne ont exigé, à la fin du mois d’avril, que des dédommagements soient versés à leurs clients. La solution d’un fonds a été proposée. Les avocats ont estimé que les autorités suisses et allemandes, les sociétés suisses et allemandes de contrôle aérien, de même que les deux compagnies aériennes étaient impliquées dans l’accident. L’Allemagne et la Suisse ont annoncé, à la fin du mois de juin, la signature d’un accord favorable à une solution extrajudiciaire. Les deux pays ont accepté de participer au financement d’un fonds, dont la société Skyguide, par l’intermédiaire de ses assurances, serait la principale contributrice. Lors de sa visite à Berne (octobre), le ministre russe des affaires étrangères Igor Ivanov a rappelé que son pays souhaitait un solution rapide, et hors litige, de la question de l’indemnisation des familles des victimes. Le président russe Vladimir Poutine avait tenu des propos similaire à Pascal Couchepin lors de la visite de ce dernier en Russie. Les premiers versements d’indemnisations ont été effectués à la fin du mois de novembre. Elles concernaient les familles des douze membres de l’équipage morts lors de l’accident.

Fin février, l’un des deux contrôleurs aériens de Skyguide mis en cause dans la catastrophe aérienne d’Überlingen en 2002 a été assassiné à son domicile de Kloten. Le meurtrier, un russe qui a perdu sa femme, son fils et sa fille dans la collision, a été arrêté très vite. À la fin mars, les parents des victimes du crash aérien ont envoyé une lettre ouverte au Président de la Confédération Joseph Deiss, dans laquelle il était reproché à la Confédération et à la société Skyguide leur manque de compassion et leur tentative de retarder l’enquête judiciaire et les procédures de compensations financières. Le rapport d’enquête, plusieurs fois repoussé, a finalement été publié. Celui-ci a confirmé la responsabilité du contrôle aérien suisse, mais a également déclaré l’équipage de l’appareil russe coresponsable de la catastrophe. Au mois de mai, le Conseil fédéral et la société Skyguide ont présenté, pour la première fois et séparément, leurs excuses. Le président de la Confédération, Joseph Deiss, a écrit au président russe Vladimir Poutine pour demander pardon aux familles des victimes. Le président russe a déclaré début juin que la Russie avait accepté «à leur juste valeur» les excuses exprimées par le Conseil fédéral.