Bei der Planung der Expo war man 1996 davon ausgegangen, das der Bund rund CHF 130 Mio. und die Privatwirtschaft CHF 800 Mio. beisteuern würden. Das private Sponsoring erreichte dann aber nur CHF 330 Mio. und die Unterstützung des Bundes stieg demzufolge auf CHF 864 Mio. an. Obwohl die Besucherzahl die Erwartungen sogar leicht übertraf, blieben die Einnahmen aus dem Billetverkauf unter dem Budget: Der Grund dafür lag darin, dass mehr Personen als ursprünglich angenommen vergünstigte Karten im Vorverkauf bezogen oder anstelle von Tageskarten die billigeren Abendkarten gelöst hatten.

Die finanziellen Probleme der Expo waren aber mit dem Ausstellungsende noch nicht abgeschlossen. Da die Einnahmen geringer als erwartet ausgefallen waren, beantragte der Bundesrat einen weiteren Verpflichtungskredit von CHF 90 Mio., wovon 80 Mio. in das Bundesbudget für 2003 aufgenommen wurden. Anlässlich der Budgetberatung in der Dezembersession gab das Parlament gegen den Widerstand der Grünen und einer Minderheit der SVP auch dazu seine Zustimmung (BRG 02.055); vgl. auch die Antwort des Bundesrats auf eine Interpellation der SVP zu den Verantwortlichen für das finanzielle Missmanagenment (Ip. 02.3437).

Die provisorische Schlussabrechnung der Expo.02 enthielt keine neuen negativen Überraschungen. Sie wies ein Defizit von CHF 563 Mio. (bei einem Gesamtbudget von CHF 1.6 Mrd.) aus, welches mit diesem und den früher gesprochenen Zusatzkrediten sowie der ebenfalls schon vorher bewilligten Defizitgarantie des Bundes gedeckt ist.