Dans la situation de la Suisse en matière de transports, le choix d'une NLFA revêt une importance fondamentale et représente, selon le gouvernement, une solution majeure aux pressions conjuguées et contradictoires de la CE en vue de l'augmentation des limites de tonnage admises pour les camions et des atteintes que le trafic de transit par route fait subir à l'environnement. La construction d'une transversale alpine a, d'ailleurs, reçu une approbation de principe de la part de la majorité des partis et organes concernés. Seuls le parti écologique et certaines organisations de protection de l'environnement sont fermement opposés à un projet de ce type, estimant que cela ne contiendrait en rien l'augmentation du trafic routier, ne ferait que créer de nouveaux besoins de mobilité et causerait des dégâts écologiques supplémentaires.

Lors de la procédure de consultation, entamée à la fin de 1988, les cantons romands ainsi que celui de Berne constituèrent un front commun en faveur de la variante Lötschberg-Simplon. Treize cantons, de Suisse centrale essentiellement, prirent position en faveur de la variante du Gothard. La variante du Splügen fut rapidement abandonnée, au grand dam des cantons de Suisse orientale (AI, AR, GL, GR, SG et TG). Les CFF, quant à eux, se prononcèrent publiquement en faveur de la variante Gothard, ce qui provoqua une vive controverse, les défenseurs du Lötschberg-Simplon accusant la régie d'outrepasser ses fonctions [42].

Le choix du Conseil fédéral, rendu public le 10 mai, est une solution de compromis entre la dimension européenne du projet et la satisfaction de revendications régionales. Elle comprend deux tunnels de base; le Gothard (49 km), choisi à titre principal, et le Lötschberg-Simplon (28 km) à titre complémentaire. Finalement, au sujet du Gothard, le Conseil fédéral abandonna la variante du Gothard-est pour laquelle les cantons de Suisse orientale avaient mené une importante campagne de dernière minute afin d'être tout de même impliqués géographiquement par la NLFA. Selon lui, si cette version avait quelques avantages dans la recherche d'un consensus, elle présentait toutefois trop d'inconvénients, notamment un délai de construction trop long. Cependant, le gouvernement a annoncé son intention d'entreprendre une série de travaux qui amélioreront la liaison de cette région à la ligne du Gothard. Le prix des travaux pour les deux tunnels,ainsi que les différents accès et raccordements devraient s'élever à quelques 7,6 milliards de francs (non compris les aménagements pour la Suisse orientale et romande). Le Conseil fédéral a décidé qu'il tirerait une partie de l'argent nécessaire aux investissements des droits de douane sur les carburants. La part ainsi couverte pourrait se situer entre 30 et 40% [43].

Selon toute vraisemblance, la NLFA ne pourra pas entrer en fonction avant l'an 2010. Or, la pression de la CE afin que la Suisse accepte le transit des camions de 40 tonnes s'accentuant, le Conseil fédéral a estimé urgent de lui offrir des couloirs de ferroutage. C'est pourquoi il a décidé de débloquer un montant de 1,465 milliards de francs afin qu'en 1994, en tant que solution intermédiaire, le Gothard et le Lötschberg soient aménagés de manière à augmenter leurs capacités; au Gothard, le nombre de camions pouvant être chargés sur des trains devrait passer de 114 000 à 363 000 annuellement et au Lötschberg de zéro à 115 000, ce dernier pouvant recevoir les camions les plus hauts [44].

Malgré l'échec du référendum contre rail 2000 en décembre 1987, la contestation contre certaines dispositions du projet s'est accrue. Sur les quatre nouveaux tronçons à construire, deux sont particulièrement mis en cause. Il s'agit de ceux de Mattstetten (BE)-Rothrist (AG) et d'Olten (SO)-Muttenz (BL) qui connaissent des situations analogues. Dans le premier cas, les 49 communes concernées par cette nouvelle ligne, appuyées par les gouvernements cantonaux, se sont engagées en faveur d'une variante qui ménagerait davantage l'environnement et les terres agricoles par le percement d'un tunnel sous le Muniberg et divers autres ouvrages de ce type. Dans le second cas, quatre communes de Bâle-Campagne ainsi que le gouvernement de ce canton se battent pour une variante qui éviterait la commune de Sissach et comprendrait un tunnel de 18 km à partir de Liestal. Dans les deux cas, les CFF restent extrêmement réticents et ne désirent pas modifier leurs plans. La direction générale de la régie a invoqué pour cela les surcoûts que de telles améliorations occasionneraient [45].

En 1985, le budget de Rail 2000 pour ces quatre nouveaux tronçons avait été devisé à 5,4 milliards de francs. Mais dans un rapport intermédiaire adressé au Conseil fédéral, les CFF ont prévu un dépassement de coûts de l'ordre de 2,1 milliards (+40%). Cette augmentation est due aux nouvelles exigences de protection de l'environnement, aux modifications de projets suite à des revendications régionales et à la hausse des prix des terrains [46].

La Suisse romande ainsi que la direction générale des CFF se sont préoccupées du problème de la revitalisation de la ligne du Simplon, notamment par son incorporation dans le réseau européen des chemins de fer à grande vitesse. Mais il existe un risque de voir la Suisse contournée par le réseau TGV. En effet, pour la ligne Paris-Milan, la SNCF et les responsables français de la région Rhône-Alpes hésitent entre deux projets; l'un, soutenu par la Savoie, serait une liaison Paris-Lyon-Turin-Milan par le Mont-Cenis et l'autre, recueillant peu de suffrages en France, une ligne Paris-Lyon-Genève-Milan par le Simplon. Afin de jouer leur va-tout, les CFF et les trois cantons romands concernés (GE, VD, VS) ont obtenu de piloter, en collaboration avec la SNCF et les départements de l'Ain et de la Haute-Savoie, une étude de liaison ferroviaire Genève-Bourg-en-Bresse qui mettrait Paris à six heures de Milan via le Simplon. Genève s'est même dit prêt à financer une part importante des travaux [47].

Le Conseil des Etats a interrompu la discussion par article de la loi sur les chemins de fer dont le Conseil fédéral avait proposé une modification en 1987. Selon la petite Chambre, le rejet de la politique coordonnée des transports en juin 1988 et l'adoption de Rail 2000 en décembre 1987 ont notablement changé les conditions d'une révision. En conséquence, la Commission des transports et du trafic a déposé une motion – qui fut adoptée – demandant au Conseil fédéral de présenter aux Chambres un nouveau message. Ce dernier doit particulièrement examiner les bases constitutionnelles d'une participation des cantons aux indemnités versées aux entreprises de transports concessionnaires (ETC) ainsi que sur le principe de l'indemnisation des prestations de service public. D'autre part, le gouvernement est encore chargé de procéder à un réaménagement de la contribution de la Confédération destinée aux transports publics dans les agglomérations ainsi que dans les régions périphériques et de montagne [48].

Dans le cadre de la promotion du transport de marchandises sur rail, la même Chambre a encore approuvé la loi sur les raccordements ferroviaires qui remplace celle de 1874. Le but de ce texte est de favoriser le transfert de marchandises de la route au rail en facilitant l'aménagement de voies de raccordements reliant le réseau des CFF ou d'autres compagnies à des zones industrielles et artisanales. Le projet du Conseil fédéral a été quelque peu modifié afin de mieux harmoniser cette loi avec celle sur l'aménagement du terriroire; la petite chambre, si elle a maintenu le droit d'expropriation, a refusé l'introduction d'un droit de passage nécessaire [49].

Le Conseil des Etats, suivant l'avis du Conseil fédéral, a repoussé l'initiative de l'AdI «pour l'encouragement des transports publics» (appelée aussi «initiative CFF») et n'y a opposé aucun contre-projet. Le gouvernement et la petite chambre ont considéré que de nouvelles dispositions constitutionnelles ne sont pas nécessaires; diverses revendications de l'initiative sont déjà réalisées (abonnement demi-prix, Rail 2000, promotion du ferroutage) et de notables efforts s'effectuent en vue de délester les routes du trafic lourd (NLFA, corridor ferroviaire). En ce qui concerne le financement, les autorités ont estimé que la méthode préconisée priverait la Confédération et les cantons d'une part trop importante des ressources destinées à des fins routières. De plus, elles ont souligné que les montants consacrés par la Confédération aux transports publics sont en hausse croissante. Le message du Conseil fédéral a précisé à ce sujet que cette enveloppe financière va passer de 1,2 milliards de francs en 1980 à environ 2,2 milliards en 1990, soit un chiffre qui rejoint pratiquement le niveau des dépenses routières [50].

Une initiative intitulée «transports publics gratuits pour les jeunes avec les CFF et les PTT» a été lancée. Elle émane du journal «Yeah» et plus particulièrement de son rédacteur en chef Christoph Heer. Elle stipule que tous les jeunes de moins de vingt ans, suisses ou possédant une autorisation de séjour ou d'établissement, pourraient voyager gratuitement sur tout le réseau des CFF et des cars postaux. Cette initiative ne semble pas recueillir un large soutien et d'aucuns la considèrent comme étant une action purement publicitaire et représentant un abus du droit d'initiative [51].

Les comptes des CFF pour l'année 1989 montrent que la régie nationale a rempli, selon les voeux du Conseil fédéral, le mandat qui lui était assigné. En effet, le total des produits de 5045,3 millions de francs et le total des charges de 4975,3 millions font apparaître un excédent de produit de 70 millions de francs, c'est-à-dire un résultat supérieur aux 42,2 millions du compte 1988 [52]. De plus, les CFF ont largement rempli leur contrat en ce qui concerne leurs contributions d'infrastructures qui se montent à 102 millions de francs alors que seuls 25,2 millions étaient budgetisés. Toutefois, ils grèvent de façon accrue les finances fédérales de 1465 millions, même si cela représente 19 millions de moins que prévu. Dans le secteur des voyageurs, les CFF ont battu un nouveau record en transportant 259,5 millions de personnes (+0,1 % par rapport à 1988) correspondant à un revenu de 1370,1 millions de francs (+6,6%). La croissance est plus importante dans le domaine des marchandises qui a atteint 50,8 millions de tonnes (+5,4%) représentant un revenu de 1243,3 millions (+5,4%). Par ailleurs, les charges de personnel ont atteint 2776,8 millions de francs (+5%). La régie a également battu des records à propos des investissements bruts qui se sont portés à 1630,6 millions de francs (+8,1 %) [53].

Dans le budget 1990 des CFF, l'équilibre des comptes est réalisé. Si, à l'origine, 12 millions de francs étaient prévus en tant qu'excédent de produit, le Conseil fédéral a décidé d'affecter cette somme aux contributions aux frais d'infrastructures qui atteindraient ainsi 37 millions de francs. Néanmoins, la situation des CFF se détériore et ce n'est que grâce à un accroissement des charges de la Confédération qui se monteront à 1775 millions (+21,5% par rapport à 1989) que la situation pourra être stabilisée. A preuve, le taux de couverture des charges totales de la régie s'inscrit en recul, passant de 81,9% dans le budget 1989 à 80,8% dans le budget 1990. Selon la commission du Conseil national, le plan à moyen terme 1991-1995 présente un horizon financier médiocre; la participation de l'entreprise aux coûts d'infrastructure restera limitée alors que celle de la Confédération grimpera jusqu'à 1,4 milliards de francs en 1995 contre 986 millions en 1990. Cela devrait, selon la commission, obliger les CFF à augmenter leurs prix et à diminuer leurs prestations [54].

En 1989, les CFF ont déjà entamé une telle politique. La régie a augmenté ses prix (ce qu'elle n'avait pas fait depuis 1985); les tarifs ont subi une hausse de 6,5 à 12% [55]. Une deuxième vague d'augmentation doit prendre effet le 1er janvier 1990 et il est, de plus, prévu de procéder tous les deux ans, dès 1991, à une hausse des tarifs [56]. Dans leur plan de rigueur, les CFF ont encore envisagé quelques mesures destinées à économiser entre 43 et 87 millions de francs par année. La régie prévoit, en premier lieu, de supprimer, dans les prochaines années, huit lignes régionales qui seraient remplacées par des services de bus [57]. Ensuite, les CFF désirent poursuivre la diminution du nombre des contrôleurs dans les trains d'agglomérations et les trains régionaux. Ils songent également à automatiser les 250 gares qui réalisent un chiffre d'affaire annuel trop faible. Ces mesures ont provoqué de nombreuses réactions négatives où les CFF furent accusés de ne pas assumer leur mission de service public et de freiner la politique de promotion des transports en commun [58].

Le législatif, inquiet des dépenses de la régie, a montré sa volonté de les contrôler de plus près. Lors du débat au sujet de la loi sur les finances de la Confédération au Conseil des Etats, la Commission des finances a déposé et fait accepter une motion sur le problème de la compétence du parlement en ce qui concerne les investissements des CFF. Ce texte prévoit une modification de la loi sur les CFF dans le sens d'une participation accrue des Chambres dans les décisions relatives à la politique des investissements de la régie [59].

Le Conseil fédéral, approuvé en cela à l'unanimité par la petite Chambre, a procédé à l'octroi d'une concession d'une durée usuelle de 50 ans à la SA Ligne de montagne du chemin de fer à vapeur de la Furka (DFB). Cette société l'avait demandé après que le tronçon Realp-Furka-Gletsch-Oberwald eut été abandonné suite à l'ouverture du nouveau tunnel ferroviaire de base de la Furka. Toutefois, de par sa vocation désormais purement touristique, cette entreprise ne pourra pas faire valoir un droit à des fonds fédéraux [60].

Le projet du Rhätischen Bahn (RhB) du tunnel de la Vereina (GR) est toujours au point mort. Cette ligne, dont le principe fut adopté par le peuple grison en 1985, a vu se dresser une importante opposition, notamment en raison du transport prévu d'automobiles susceptible d'accroître significativement la circulation routière de la région. Tandis que l'Office fédéral des transports (OFT), en 1988, passait outre à ces oppositions et délivrait les autorisations de construire, diverses communes et organisations écologiques faisaient recours au DFTCE ainsi qu'au Tribunal fédéral. Cela figea une situation qui ne se débloqua pas en 1989 et qui devrait empêcher encore les travaux de débuter. Alors que le Tribunal fédéral acceptait en fin d'année les plaintes déposées, le DFTCE n'avait toujours pas fait connaître sa décision, à cause, principalement, de la complexité juridique du problème, diverses lois entrant en jeu [61].