La défense nationale totale et son organisation ont constitué le morceau principal de l'œuvre législative de ce domaine. Les études engagées depuis 1965 ont abouti au printemps 1968 à la phase de consultation, puis en automne à un projet de loi sur les organes directeurs et le conseil de la défense. Le projet prévoit en premier lieu la création d'un état-major de la défense, dans lequel siégeraient des représentants de tous les départements et de la chancellerie fédérale, ainsi que le directeur de l'office de la protection civile (OFPC), les deux officiers de l'Etat-major général responsables des questions de logistique et de planification, ainsi que le délégué à la défense économique: cet état-major aurait pour attributions principales de préparer une conception de la défense totale, d'assurer la coordination des affaires particulières à chaque département et qui touchent à la défense. Un office central de la défense, organe permanent, devrait exécuter les directives de l'état-major en matière de planification, de coordination et de contrôle; il serait aussi en liaison avec les cantons pour les tâches qui concernent ceux-ci. Cet office serait rattaché administrativement au DMF, dont le chef serait auprès du Conseil fédéral le porte-parole des propositions de caractère général que pourraient faire l'état-major, alors que les propositions particulières à chaque département seraient menées à terme par ceux-ci. Cette solution, analogue à celle qui régit la centrale pour les questions d'organisation de l'administration fédérale, a été préférée par le Conseil fédéral à d'autres qui préconisaient soit la création d'un département de la défense nationale, auquel seraient rattachés tous les offices chargés de tâches de défense, soit l'attribution des offices les plus importants seulement au DMF, soit encore l'attribution des tâches de coordination et de planification au DMF. Ces trois solutions auraient entraîné un déséquilibre marqué au sein du Conseil fédéral dont un des membres aurait acquis ainsi une importance prépondérante sur les autres: le Conseil fédéral a tenu à garder la haute main sur l'ensemble, en se faisant assister d'un Conseil consultatif de la défense groupant des personnalités choisies hors de l'administration pour marquer la prépondérance des principes de collégialité et de pouvoir civil.