Les institutions aussi ont été l'objet de projets de réforme. C'est tout d'abord le Conseil fédéral dont la réorganisation était la plus urgente. Le Parlement avait réagi en 1965 contre le manque de coordination au sein du Conseil fédéral et demandé l'étude d'une réorganisation (Postulats Borel (rad., GE) au CE, Chevallaz (rad., VD) au CN, tendant à porter le nombre des conseillers fédéraux de 7 à 11, et repoussée par le Conseil fédéral). La commission d'experts Hongler fut chargée par la suite de faire des propositions touchant à l'amélioration de la fonction gouvernementale et de la direction de l'administration. Elle proposa entre autres de donner au chancelier de la Confédération le rôle d'un coordinateur. Son rapport fut remis le 4 novembre au Conseil fédéral, au sein duquel il semble s'être heurté à des réticences certaines. On reprocha au Conseil fédéral de faire traîner l'affaire assez pour que le nouveau chancelier à élire ne puisse prendre connaissance du cahier des charges avant son élection et soit ainsi contraint de monter dans un bateau inconnu. Répondant à l'exigence formulée par les bureaux des Chambres le 22 novembre, le Conseil fédéral formula le 4 décembre une déclaration sur ce qu'il entendait tirer de ce point du rapport Hongler. Il approuva le principe de l'aménagement de la Chancellerie en un état-major supérieur. L'élection du chancelier eut lieu le 12 décembre déjà. On créa en outre un second poste de vice-chancelier, qui avait existé autrefois. Les trois postes furent répartis proportionnellement entre les trois grands partis gouvernementaux (les partis représentés au Conseil fédéral furent à cette occasion comparés aux familles patriciennes régnantes de l'ancienne Berne). Karl Huber (ccs, SG), un haut fonctionnaire fédéral, fut élu chancelier par l'Assemblée fédérale; peu après, le Conseil fédéral nomma vice-chanceliers Walter Buser (soc., BL) et Jean-Marc Sauvant (rad., NE).
La répartition, peu satisfaisante, des départements entre les conseillers fédéraux, a été par ailleurs l'objet de critiques; on y a vu la cause de décisions discutables. En fait, cette affaire a donné lieu à l'une des controverses les plus larges de cette année d'élections. Alors que l'impasse financière se révélait indéniablement, on s'attendait à voir désigner l'homme d'affaires Celio, nouvellement élu, au poste décisif. Ses collègues préférèrent lui attribuer, au début de 1967, la responsabilité peu recherchée du Département militaire. Même les défenseurs de cette solution qualifièrent celle-ci de peu idéale et de provisoire. Les commentaires des autres organes furent durement critiques. L'Alliance des Indépendants proposa de confier la répartition des départements aux Chambres fédérales. Aussi bien la presse que le Parlement lui-même déclinèrent cependant cette réforme (l'Alliance des Indépendants fit usage de ce sujet dans la campagne électorale). Mais, au moment de la réélection du Conseil fédéral en décembre, celui-ci fut soumis à des pressions considérables. Tout d'abord, avant le scrutin, les porte-parole des groupes radical et indépendant émirent des réserves expresses touchant à la répartition des départements. Puis, M. Celio fut réélu avec le nombre de voix le plus élevé, alors que MM. Bonvin et Gnägi obtenaient les plus faibles. Enfin, un conflit sévère se déroula au sein du Conseil fédéral, qui aboutit le 30 décembre seulement à une nouvelle répartition. La roquade qu'on attendait fut décidée: M. Celio au Département des finances, M. Bonvin au Département de l'énergie, des transports et communications, M. Gnägi au Département militaire. Cette nouvelle répartition ne devait prendre effet qu'au ler juillet 1968. Le fait que ce changement n'eut lieu qu'après que le Parlement ait exercé des pressions, devrait certainement, comme la remarque en fut faite, amoindrir l'autorité du Conseil fédéral.