Anfang März leitete der Bundesrat dem Parlament seine Botschaft für eine Teilrevision des ETH-Gesetzes zu. Damit soll die Autonomie der sechs wissenschaftlichen Institutionen des Bundes – ETHZ und ETHL sowie die vier Forschungsanstalten mit den Schwerpunkten Wasser (Eawag), Wald und Schnee (WSL), Materialprüfung (Empa) und Grossforschungseinrichtungen (PSI) – rechtlich untermauert und weiterentwickelt werden. Der ETH-Bereich bleibt dem EDI zugeordnet, ist diesem aber nicht mehr «unterstellt». Als wichtigstes Instrument der politischen Führung soll der vierjährige Leistungsauftrag verankert werden. Er bestimmt die Schwerpunkte und die Ziele in Lehre, Forschung und Dienstleistung und ist auf den Finanzierungsbeitrag des Bundes abgestimmt, den das Parlament für Betrieb und Investitionen in einem vierjährigen Zahlungsrahmen, verbindlich aber nur mit dem jährlichen Globalbudget festlegt. Die zuständigen Kommissionen von National- und Ständerat sind zum Leistungsauftrag anzuhören. Die Kompetenzen zwischen dem ETH-Rat und den sechs Institutionen werden klarer abgegrenzt. Die Schulpräsidenten erhalten Stimmrecht im ETH-Rat. Die Verwertung der Forschungsergebnisse wird explizit als Aufgabe der ETH definiert; sie darf sich künftig an Unternehmen beteiligen, allerdings nicht aus rein finanziellen Motiven. Entgegen seinem ersten Entwurf verzichtete der Bundesrat auf eine Eigentumsübertragung der Grundstücke und Gebäude.

Im Ständerat, der die Revision als Erstrat behandelte, gab eigentlich nur der Leistungsauftrag zu reden. Die kleine Kammer stimmte dem Antrag ihrer WBK zu, dass der Leistungsauftrag nicht nur von den zuständigen Parlamentskommissionen, sondern vom jeweiligen Plenum zu genehmigen sei. Der Antrag wurde damit begründet, dass die ETH nicht ein FLAG-Amt sei, weshalb auch andere gesetzliche Regelungen anzuwenden seien. Bundesrätin Ruth Dreifuss warnte, die Verlängerung des Verfahrens durch die erforderliche Vorlage ans Parlament könne auf Kosten der Qualität und der raschen Umsetzung gehen. Um ihren Bedenken entgegen zu kommen, schlug Hansruedi Stadler eine Ergänzung vor, wonach der Bundesrat (wie bei der SBB) aus wichtigen, nicht vorhersehbaren Gründen den Leistungsauftrag während der Geltungsdauer soll ändern können. Der Antrag der Kommission wurde oppositionslos, jener von Stadler mit 29 zu sechs Stimmen angenommen. Einstimmig wurde von beiden Kammern das Bauprogramm 2003 der Sparte ETH-Bereich (BRG 02.049) verabschiedet, das einen Verpflichtungskredit in der Form eines Sammelkredits von CHF 78.22 Mio. umfasst.

Die Teilrevision des ETH-Gesetzes (BRG 02.022), welche insbesondere technische und organisatorische Aspekte, die Anpassung der Führungsstrukturen und die Verstärkung der Autonomie beider ETH in Lausanne und Zürich anstrebt, wurde vom Nationalrat als Zweitrat ohne Gegenstimme gutgeheissen. Darauf räumte die kleine Kammer oppositionslos die letzten Differenzen zum Nationalrat aus, und der Bundesrat konnte das revidierte ETH-Gesetz mit den wichtigsten Ausführungsbestimmungen auf den ersten Januar 2004 in Kraft setzen. Mit dem Abschluss der Teilrevision des ETH-Gesetzes war nun einerseits die Autonomie des ETH-Bereiches gefestigt, andererseits aber auch der Umfang des ETH-Leistungskatalogs vergrössert worden. Der Bundesrat verabschiedete im Juni – bereits zum zweiten Mal – einen entsprechenden Leistungsauftrag für den ETH-Bereich für die Jahre 2004–2007 (BRG 03.045). Der Auftrag war klar in sieben Ziele und jeweils mehrere Unterziele mit zugehörigen Indikatoren gegliedert. Im Vordergrund standen dabei die Pflege einer attraktiven Lehre, die Konsolidierung der internationalen Spitzenstellung in der Forschung und eine Stärkung der Rolle in Wirtschaft und Gesellschaft – wobei der Leistungsauftrag Messgrössen, nicht aber quantitative Vorgaben enthält. Der Leistungsauftrag passierte beide parlamentarischen Kammern problemlos.