Nicht zufrieden mit dem in Lugano beschlossenen Papier zur Migrationspolitik zeigten sich insbesondere die Juso. Sie beschlossen Ende Oktober, das Referendum gegen die Asylgesetzrevision zu ergreifen. Die Mutterpartei unterstützte diesen Beschluss nicht, obwohl die Fraktion sich in der Parlamentsdebatte noch stark gegen die Revisionsvorlage eingesetzt hatte. Gestützt auf die in Lugano gefassten Beschlüsse wolle man das Risiko einer wahrscheinlichen Niederlage an der Urne nicht eingehen. Eine solche könnte den weiteren Verlauf der Asyldebatte verschärfen. Parteipräsident Christian Levrat (FR) befürchtete eine erfolglose Abwehrschlacht, die den bürgerlichen Parteien eine Plattform bieten würde. Diese Position wurde aber im Verlaufe des Spätherbstes nicht nur von den Juso, sondern auch von einigen Kantonal- (BS, TG, GE, AI, TI, AG) und städtischen Sektionen (Zürich, St. Gallen) hinterfragt, die das Referendum aktiv unterstützten. Alt-Bundesrätin Micheline Calmy-Rey und alt-Nationalrat Jean Ziegler kritisierten die Parteileitung ebenfalls und sagten ihre Unterstützung für das Referendum zu. Auf der Gegenseite meldeten sich prominente SP-Politiker aus der Romandie – so etwa Cesla Amarelle (VD) oder Carlo Sommaruga (GE) – aber auch die Aargauer Ständerätin Pascale Bruderer zu Wort: man müsse die Migrationspolitik aktiv und nicht defensiv mitgestalten. Die Geschäftsleitung beschloss mit nur einer Gegenstimme, der Delegiertenversammlung in Thun am 1. Dezember den Antrag zu stellen, auf ein Referendum zu verzichten. Dort spiegelte sich die interne Umstrittenheit im mit 114 zu 92 Stimmen gefassten Entscheid gegen die Ergreifung eines Referendums. Die anwesende Bundesrätin Simonetta Sommaruga zeigte sich zufrieden. Die Partei hätte in der Asyldebatte mehr zu bieten, als Vorschläge von anderen zu bekämpfen.

Am 4. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung die Nachfolgerin für Ruth Dreifuss. Die Fraktionen der CVP und der FDP hatten beide offiziellen Bewerberinnen der SP als wählbar taxiert, ohne aber einer von ihnen der Vorzug zu geben. Im ersten Wahlgang erzielte Calmy-Rey mit 80 Stimmen das beste Resultat, gefolgt vom SVP-Kandidaten Bortoluzzi (69 Stimmen) und der zweiten sozialdemokratischen Bewerberin Lüthi (61). Die beiden im Vorverfahren von der SP nicht berücksichtigten Pesenti und Studer erhielten 15 resp. 11 Stimmen und schieden in den folgenden zwei Wahlgängen aus. Im vierten Wahlgang wurde Bortoluzzi als Letztplatzierter eliminiert. Seine Stimmenzahl in den Wahlgängen zwei bis vier (zwischen 56 und 59 Stimmen) lag nur wenig über der Fraktionsstärke der SVP (51). Nachdem SVP-Präsident Maurer nochmals gegen die Nichtberücksichtigung des Proporzanspruchs seiner Partei und vor allem gegen die Unterstützung einer linken Kandidatin durch die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien protestiert hatte, wählte die Bundesversammlung im fünften Wahlgang die Genferin Micheline Calmy-Rey zur neuen Bundesrätin. Bei einem absoluten Mehr von 100 Stimmen hatte sie deren 131 erhalten; Ruth Lüthi kam auf 68. Die SVP-Fraktion hatte praktisch geschlossen leer eingelegt. In den Medien vom folgenden Tag wurde die SVP dafür, und dass sie die vom Fernsehen direkt übertragene Bundesratswahl zu einem Propagandaanlass für die Nationalratswahlen vom Herbst 2003 gemacht habe, heftig kritisiert.

Dass der freiwerdende Sitz bei der SP bleiben sollte und vorzugsweise mit einer Frau aus der lateinischen Schweiz zu besetzen sei, wurde nur gerade von der SVP bestritten. Die Medien brachten die Regierungsrätinnen Micheline Calmy-Rey (GE) und Patrizia Pesenti (TI) sowie die Genfer Nationalratspräsidentin Liliane Maury Pasquier als aussichtsreichste Kandidatinnen ins Spiel. Als Aussenseiter wurde zudem der Neuenburger Ständerat Jean Studer gehandelt. Von den Kantonalsektionen der SP wurden zuhanden der SP-Fraktion diese vier sowie die Freiburger Regierungsrätin Ruth Lüthi vorgeschlagen. Dabei führte die Nomination von Lüthi zu einer vor allem von Medienschaffenden ausgetragenen Polemik zwischen der Deutsch- und der Welschschweiz. Da Lüthi, welche seit 30 Jahren in der offiziell französischsprachigen Stadt Freiburg wohnt und dort auch ihre gesamte politische Karriere absolviert hat, im Kanton Solothurn aufgewachsen ist, wurde sie von einem Teil der welschen Medien nicht als Kandidatin der französischen Schweiz anerkannt. Nachdem die Leitung der SPS der Fraktion empfohlen hatte, auf die Kandidatinnen aus der Romandie (d.h. Calmy-Rey, Maury Pasquier und Lüthi, nicht aber die Tessinerin Pesenti und der Neuenburger Studer) zu setzen, nominierte diese Micheline Calmy-Rey und Ruth Lüthi, wobei klar wurde, dass sie die Genferin bevorzugte.

Nach 155-jähriger Mitgliedschaft im siebenköpfigen Staatsrat ist die FDP, der grand vieux parti, nicht mehr in der Genfer Kantonsregierung vertreten. Bisher waren mit dem Linksliberalen Guy-Olivier Segond und dem Rechtsbürgerlichen Gérard Ramseyer beide Flügel des Freisinns integriert. Nachdem die FDP Segond zu einem Verzicht auf eine weitere Amtsperiode hatte bewegen können, schlug sie mit der Nomination von Pierre Kunz, dem Direktor des Centre commercial von Balexert, einen prononciert rechtsbürgerlichen Kurs ein. Die Liberalen schickten zwei Frauen, Staatsrätin Martine Brunschwig Graf und Micheline Spoerri, ins Rennen. Für die CVP kandidierten Staatsrat Carlo Lamprecht und Pierre-François Unger. Nach dem schlechten Abschneiden der FDP in den Parlamentswahlen einigten sich die Bürgerlichen auf eine gemeinsame Fünferliste mit nur einem Freisinnigen, dem Bisherigen Ramseyer. Seine parteiinternen Mitbewerber, Nationalrat John Dupraz und der im Frühjahr provisorisch nominierte Kunz, blieben an der FDP-Delegiertenversammlung chancenlos. Die bei den Parlamentswahlen siegreiche SVP verzichtete auf eine Nominierung, weil sie keinen geeigneten Bewerber finden konnte. Die Linke kandidierte auf einer gemeinsamen Liste mit ihren Regierungsmitgliedern Micheline Calmy-Rey (sp), Laurent Moutinot (sp) und Robert Cramer (gp) sowie mit Erica Deuber Ziegler von der Linksallianz.

Im November wählten Genferinnen und Genfer bei einer Beteiligung von 43% eine weiterhin bürgerlich dominierte Exekutive. Das beste Resultat erreichte jedoch mit 59'000 Stimmen die Sozialdemokratin Micheline Calmy-Rey. Platz zwei belegte Carlo Lamprecht (cvp), Platz drei der Grüne Robert Cramer. Der Neue Pierre-François Unger (cvp) schaffte auf Anhieb den vierten Rang. Danach folgten die Bisherigen Laurent Moutinot (sp) und Martine Brunschwig Graf (lp) sowie die Neue Micheline Spoerri (lp). Der Freisinnige Gérard Ramseyer landete weit abgeschlagen, mit 8000 Stimmen Rückstand auf Erica Deuber Ziegler von der Alliance de Gauche auf dem letzten Platz und wurde abgewählt. Die Affären in den kantonalen Betreibungs- und Konkursämtern und die Neuausrichtung seiner Partei waren ihm offenbar zum Verhängnis geworden.

Im Kanton Genf, wo die bürgerlichen Parteien vier Jahre zuvor dank eines zerstrittenen Linksblocks sämtliche Regierungssitze erobern konnten (3 LP, 2 CVP, 2 FDP), kündigten sich spannende Wahlen an. Die Frage lautete dabei spätestens nach der Präsentation einer bürgerlichen Fünferliste nicht mehr, ob das "homogene" Regierungsmodell beibehalten wird, als vielmehr, ob die Bürgerlichen die Regierungsmehrheit retten können. Denn das Versprechen einer gradlinigen bürgerlichen Politik hatte sich als uneinlösbar erwiesen; die Regierung war wiederholt in Volksabstimmungen gescheitert. Ausserdem war sie insbesondere in Fragen der Finanzpolitik uneinig. Zusätzliche Spannung erhielten die Wahlen durch die freiwilligen Rücktritte von Olivier Vodoz (lp) und Jean-Philippe Maitre (cvp) und die zwei unfreiwilligen Rücktritte von Philippe Joye (cvp) und Claude Haegi (lp). Joye wurde nach privaten Vorkommnissen die Unterstützung seiner Partei und der Liberalen entzogen. Haegi wurde von seiner Partei fallengelassen. Diese hatte zuvor auf einer Dreierliste bestanden und neben den Bisherigen Haegi und Martine Brunschwig Graf auch Michel Balestra zum Kandidaten nominiert. CVP und FDP, die - auch angesichts der bürgerlichen Wahlverluste bei den Parlamentswahlen - eine gemeinsame Fünferliste (2 LP, 2 FDP, 1 CVP) wollten, um sich nicht Hegemonieansprüche vorwerfen lassen zu müssen, zeigten sich verärgert und drohten mit einer eigenen Liste. Drei Wochen vor der Wahl lenkten die Liberalen auf einen Zweiervorschlag ein, opferten aber den eher im Hintergrund agierenden Haegi zugunsten des radikal auftretenden und Bankkreisen nahestehenden Balestra. Anders als die Rechte trat die Linke diesmal geschlossen auf. Die SP liebäugelte zwar mit drei Kandidaturen, schliesslich stimmte sie aber einer gemeinsamen Fünferliste zu, auf der je zwei Kandidaten der SP und der Linksallianz (PdA, Solidarités und unabhängige Sozialisten) sowie ein Grüner vertreten waren. Der frühere SP-Stadtrat und heutige Nationalrat Christian Grobet, der 1993 massgeblich zum Ausschluss der Linken aus der Regierung beigetragen hatte, kandidierte für die Linksallianz.

Die Stimmbeteiligung war mit gut 48% ungewöhnlich hoch und führte zu Überraschungen und einer völlig veränderten Regierungszusammensetzung (2 FDP, 2 SP, 1 CVP, 1 GP, 1 LP). Die Bürgerlichen konnten die Regierungsmehrheit mit vier Sitzen aber retten. Das beste Resultat erreichte Guy-Olivier Segond (fdp), knapp gefolgt von den beiden SP-Kandidaten Micheline Calmy-Rey und, mit grossem Abstand, Laurent Moutinot. Damit eroberte die SP ihre 1993 verlorenen zwei Regierungssitze zurück. Platz vier belegte Gérard Ramseyer (fdp), womit die Freisinnigen ihre beiden Bisherigen problemlos durchbrachten. Überraschend folgte danach der Kandidat der Grünen, Anti-AKW-Anwalt Robert Cramer, was den Grünen erstmals den Einzug in die Genfer Regierung bescherte. Er schlug sogar die Bisherige Brunschwig Graf (lp), die auf dem enttäuschenden sechsten Platz landete. Den letzten zu vergebenden Regierungssitz konnte überraschend Carlo Lamprecht für die CVP retten. Der Partei, die im voraus auf einen ihrer beiden bisherigen Sitze verzichtet hatte, war allgemein das Ausscheiden aus der Regierung vorausgesagt worden. Die Kandidatin der Links-Allianz, Erica Deuber-Pauli, verlor auf Lamprecht über 2000 Stimmen. Die grossen Verlierer dieser Wahlen waren die Liberalen, die als stärkste Partei im Grossen Rat zwei ihrer drei Regierungssitze verloren. Die Wähler goutierten ihr Wahlscharmützel offensichtlich nicht.

Damit ging das erstmals in einem Kanton mit einer relativ starken Linken gestartete Experiment einer bürgerlichen Koalitionsregierung nach vier Jahren zu Ende, und Genf kehrte vom Konkurrenz- zum Konkordanzmodell zurück. Dass die kompromisslos auftretenden Grobet und Balestra abgeschlagen auf den Plätzen neun und zehn landeten, zeigt auf, dass die Wähler der Grabenkämpfe müde waren und eine Regierung der Mitte wünschten. Nach Vorbild der französischen Nachbarn boten sie aber Hand zu einem neuen Experiment: einer Kohabitation von bürgerlicher Exekutive und linker Legislative.

Die Genfer Regierungswahlen, welche jeweils vier Wochen nach den Parlamentswahlen stattfinden, waren einerseits durch die Trennung des bisherigen SP-Regierungsrats Grobet von seiner Partei geprägt, andererseits hatte der Bürgerblock durch die erfolgreichen Parlamentswahlen Auftrieb erhalten. Die bürgerliche Entente stellte eine Siebner-Liste auf, während sich die neu gegründete "Alliance de gauche" zusammen mit der SP und den Grünen erst nach langem Zögern und internen Grabenkämpfen für eine gemeinsame Sechser-Liste entschieden. Die Strategie der bürgerlichen Parteien, alles auf eine Karte zu setzen und dem durch die internen Spannungen geschwächten links-grünen Spektrum keinen Sitz mehr zuzugestehen, hatte bei der Wählerschaft Erfolg. Zum ersten Mal in der Nachkriegsgeschichte eroberten die bürgerlichen Parteien sämtliche Regierungssitze. Die FDP konnte ebenso wie die LP einen zusätzlichen Sitz gewinnen. Ihr bisheriger Staatsrat, Guy-Olivier Segond, erreichte das beste Resultat, während der neue Gérard Ramseyer das Schlusslicht bildete. Die Liberalen konnten neben ihren beiden Bisherigen, Olivier Vodoz und Claude Haegi, mit Martine Brunschwig Graf die erste Frau in die Genfer Regierung Einsitz nehmen lassen. Bei der CVP wurde der Bisherige Jean-Philippe Maître als Drittbester wiedergewählt, während der Neue Philippe Joye auf dem zweitletzten Rang landete. Entgegen den Erwartungen aufgrund des guten Resultates bei den Parlamentswahlen landete der umstrittene Grobet unter den nichtgewählten rot-grünen Kandidaten sowohl hinter den beiden Sozialdemokraten, der erstmals kandidierenden Micheline Calmy-Rey und dem Bisherigen Bernard Ziegler, als auch dem Grünen Rebeaud. Ganz abgeschlagen waren der Linksalternative Ducommun der Liste "Solidarités" und PdA-Nationalrat Jean Spielmann. Die Wählerschaft der Entente, von welcher nur ein Fünftel die Einheitsliste verändert eingelegt hat, zeigte mehr Linientreue als die Linke, deren Anhängerschaft ihre Einheitsliste zu einem Drittel verändert in die Urne legte. Unter den Verlierern war also nicht nur die SP wie bei den Parlamentswahlen, sondern die gesamte Linke. Die Stimmbeteiligung von 41,9% war deutlich höher als bei den letzten Regierungswahlen (33,2%) und bei den Parlamentswahlen (35,4%).