In den kantonalen Parlamentswahlen erzielten die Sozialdemokraten insgesamt 22 zusätzliche Sitze: acht in St. Gallen, sieben in Basel-Stadt, vier in Schwyz, drei in Schaffhausen und einen im Thurgau; in Uri mussten sie einen Sitz abtreten. In den Regierungsratswahlen in Basel-Stadt ersetzte Eva Herzog (sp) den zurücktretenden Liberalen Ueli Vischer, in St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) den Christlichdemokraten Anton Grüninger, und in Uri schaffte die SP mit Markus Züst nach 1999 wieder den Sprung in die Regierung.

Erstmals wurden in St. Gallen Exekutive und Legislative gleichzeitig gewählt. Neben den sieben bisherigen Regierungsräten kandidierten für die SP Kantonsrätin Heidi Hanselmann und für die SVP die Kantonsräte Markus Straub (Fraktionschef) und Ernst Jörin. Im ersten Wahlgang von Mitte März wurden sechs Regierungsmitglieder bestätigt: Das beste Resultat erzielte Karin Keller (fdp), gefolgt von Willi Haag (fdp), Josef Keller (cvp), Kathrin Hilber (sp), Peter Schönenberger (cvp) und Hans Ulrich Stöckling (fdp). Wie vor vier Jahren wählten die St. Gallerinnen und St. Galler einen Vertreter der CVP ab. Damals hatte es Volkswirtschaftsdirektorin Rita Roos getroffen, nun Gesundheitsdirektor Anton Grüninger, der auf dem neunten Platz das absolute Mehr deutlich verfehlte. Als Grund für seine Abwahl galt laut Presseberichten die mögliche Schliessung mehrerer Spitäler zu Beginn des Wahlkampfs. Obwohl diese Entscheide in den einzelnen Spitalregionen gefällt werden, wurde Grüninger dafür verantwortlich gemacht. Für den zweiten Wahlgang nominierten die CVP-Delegierten gegen den Vorschlag der Parteileitung, die Kantonalpräsidentin und Nationalrätin Lucrezia Meier-Schatz favorisiert hatte, Alt-Nationalrat Walter Hess; dieser wurde auch von der FDP unterstützt. Die SVP setzte auf Ernst Jörin, der im ersten Wahlgang hinter Heidi Hanselmann (sp) auf dem achten Rang gelandet war. Mitte Mai wählten St. Gallerinnen und St. Galler die Gewerkschafterin Heidi Hanselmann mit 37,2% der Stimmen zur Regierungsrätin; Walter Hess (cvp) kam auf 33,9%, Ernst Jörin auf 28,6%. Damit setzt sich die Exekutive des Kantons St. Gallen erstmals in ihrer Geschichte aus 3 Freisinnigen, 2 Christlichdemokraten und 2 Sozialdemokratinnen zusammen – wobei die CVP als wählerstärkste Partei einen ihrer drei Sitze abgeben musste, die sie seit 1891 innehatte, die FDP als kleinste Regierungspartei am besten vertreten ist und die SP nach vier Jahren Unterbruch zum zweiten Mal eine Zweiervertretung in die Regierung delegiert, während die SVP als zweitstärkste Kraft immer noch vor der Tür bleiben muss. Der Regierung gehören neu drei Frauen und vier Männer an.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in sieben Kantonen (AG, BS, SG, SH, SZ, TG, UR) kam es parteipolitisch in allen Kantonen ausser im Aargau und im Thurgau zu Sitzverschiebungen: Basel-Stadt erhielt eine mehrheitlich links-grüne Regierung, in der Eva Herzog (sp) den zurücktretenden Liberalen Ueli Vischer ersetzte und der Grüne Guy Morin den siebten Sitz eroberte, nachdem Hans-Martin Tschudi von der Demokratisch-Sozialen Partei nicht mehr zum zweiten Wahlgang angetreten war. In St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) Anton Grüninger (cvp), und in Uri schafften es die Sozialdemokraten mit Markus Züst erneut in die Regierung. In Schwyz gelang der SVP mit Walter Stählin der Einzug in die Exekutive, nachdem die CVP freiwillig auf den Sitz des zurücktretenden Werner Inderbitzin verzichtet hatte. In Schaffhausen eroberte Rosmarie Widmer Gysel einen zweiten Regierungssitz für die SVP.

Bei den Ersatzwahlen in Appenzell Innerrhoden, Freiburg, Glarus und Obwalden konnte die CVP alle ihre Mandate verteidigen, in Graubünden gelang es ihr jedoch nicht, sich gegen Hansjörg Trachsel (svp) durchzusetzen, der den zurücktretenden SVP-Regierungsrat Klaus Huber ersetzte. In der Waadt verteidigte die SP den Sitz des zurückgetretenen Pierre Chiffelle mit Gewerkschafter Pierre-Yves Maillard.

In den sieben Gesamterneuerungswahlen konnten die Frauen vier zusätzliche Regierungsmandate hinzugewinnen: In Basel-Stadt trat Eva Herzog (sp) die Nachfolge von Ueli Vischer (lp) an, in Schaffhausen schafften es Ursula Hafner (sp) und Rosmarie Widmer Gysel (svp) in die Exekutive, in St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) Anton Grüninger (cvp). Für die zurücktretende Gabi Huber (fdp) kam in Uri Heidi Z’graggen (cvp) in die Regierung. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2004 37 von 158 Regierungssitzen (23,4%; 2003: 21,5%). Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (6) stellen die Liberalen mit drei Exekutivmitgliedern den höchsten Frauenanteil (50%), gefolgt von der SP mit 42,4% (14 von 33 Regierungsmitgliedern) und der FDP mit 25,6% (11 von 43 Mandaten). Bei den Bundesratsparteien ist der Frauenanteil bei der CVP mit 9,1% (4 von 44 Sitzen) am kleinsten; bei der SVP beträgt er 21,1% (4 von 19 Sitzen). Von einem reinen Männergremium regiert werden fünf Kantone (AG, AI, SZ, TG, VS).

Die SVP war aus den im Februar durchgeführten Grossratswahlen im Kanton St. Gallen als zweitstärkste Partei hervorgegangen. Die Regierungsratswahlen vom März standen deshalb im Zeichen dieser Partei, die nun auch den Einzug in das Siebenergremium anstrebte. Die Freisinnigen hatten sich zum Ziel gesetzt, den vor vier Jahren an die SP verlorenen dritten Sitz zurückzuholen. Erschwert wurde dieses Vorhaben durch den Rücktritt von Baudirektor Walter Kägi (fdp). An der Regierungsformel festhalten wollten hingegen die CVP und die SP, deren Kandidierende sich in einer Mitte-Links-Allianz wechselseitig unterstützten. Den Wahlberechtigten standen zehn Kandidierende auf elf Listen zur Wahl. Die SVP schickte zwei Quereinsteiger, den erfolglosen Ständeratsbewerber Manfred Zemp und den Berufsschullehrer Heinrich Schlegel, ins Rennen. Die Freisinnigen nominierten neben dem Bisherigen Hans Ulrich Stöckling ihre 36jährige Kantonalpräsidentin Karin Keller-Sutter sowie den Wittenbacher Gemeindeammann Willi Haag. Für die SP liessen sich die bisherige Innenministerin Kathrin Hilber und als Ersatz für den zurücktretenden Justiz- und Polizeidirektor Hans Rohrer Grossrat und Pädagoge Markus Linder aufstellen. Um ihre Wiederwahl bangen musste Volkswirtschaftsdirektorin Rita Roos (cvp). Sie, die im März 1999 knapp die Wahl in den Bundesrat verpasst hatte, wurde während des Wahlkampfs von verschiedener Seite wegen ihrer Amtsführung angegriffen. Die Christlichdemokraten stellten sich aber hinter Roos und traten mit den drei Bisherigen – neben Roos Finanzdirektor Peter Schönenberger und Gesundheitsdirektor Anton Grüninger – zum ersten Wahlgang an.

Die grosse Siegerin nach dem ersten Wahlgang war die FDP, die ihren dritten Sitz zurückgewinnen konnte: Keller und Haag (beide fdp) wurden in fünfter respektive sechster Position gewählt, der Bisherigen Stöckling (fdp) erreichte das drittbeste Resultat. Die Spitzenränge holten sich Schönenberger und Grüninger (beide cvp); Hilber (sp) rangierte an vierter Position. Roos (cvp) erzielte unter allen Kandidierenden die geringste Stimmenzahl und reichte ihren Rücktritt ein. Enttäuschend war das Resultat auch für die SVP. Keiner ihrer beiden Kandidaten schaffte die Hürde. Und die SP musste um ihren zweiten Sitz bangen. Ihr Kandidat Linder (sp) zog seine Kandidatur nach einem enttäuschenden Ergebnis zurück.

In einem zweiten Wahlgang galt es noch einen Sitz zu besetzen. Die CVP portierte den Joner Gemeindeammann und Grossrat Josef Keller. Die SVP hatte vergeblich versucht, Nationalrat Toni Brunner zu gewinnen. Sie trat nun mit dem Gewerbevertreter Markus Straub an. Die SP verzichtete auf ihren zweiten Regierungssitz. Gemeinsam mit einem überparteilichen Komitee, dem auch FDP-Mitglieder angehörten und den St. Galler Unabhängigen (der ehemalige LdU), unterstützten die Sozialdemokraten die Kandidatur Keller (cvp). Dieser wurde mit 69,7% der Stimmen gewählt. Straub erreichte 24,3% und der nicht kandidierende Brunner 5,2%.