En février, au lendemain des résultats sur la votation relative à la libre-circulation, la cheffe du DFAE, Micheline Calmy-Rey, a rendu visite à la commissaire européenne aux affaires étrangères, Benita Ferrero-Waldner, à Bruxelles. Bien que l’atmosphère ait été jugée excellente entre les deux parties et malgré le résultat positif des votations sur la libre circulation, la résurgence de dossiers conflictuels telles les questions de la fiscalité et du secret bancaire continuait d’obscurcir les relations bilatérales. D’autre part, les deux parties ont décidé de mettre à l’épreuve la faisabilité d’un accord cadre permettant une certaine reprise des acquis communautaires tout en préservant la souveraineté législative suisse, l’Union estimant que les 120 accords bilatéraux lui étaient défavorables et lourds à gérer. En mars, elle s’est rendue à Paris pour rencontrer le ministre français du budget, Eric Woerth, et le ministre des affaires étrangères, Bernard Kouchner. Les discussions ont notamment porté sur la CDI avec la France et les standards de l’OCDE dans l’échange d’informations fiscales. En avril toujours, elle s’est rendue à Abuja (Nigeria) et a rencontré son homologue et le vice-président nigérian, Ojo Maduekwe et Goodluck Ebele Jonathan. Les discussions ont porté sur l’entraide administrative en matière fiscale et sur un éventuel partenariat en matière migratoire. Elle s’est ensuite rendue au Mali et au Burkina Faso dans l’objectif de trouver une solution pour les deux otages suisses enlevés au Mali par le groupe Al-Qaïda au Maghreb islamique. En juillet, elle s’est rendue aux Etats-Unis pour rencontrer son homologue américaine, Hillary Rodham Clinton. L’objectif de cette rencontre était d’apaiser les tensions dans le cadre des démêlés d’UBS avec la justice américaine.

A l’issue du conflit, Berne a envoyé un représentant permanent à Pristina pour prendre la tête d’une mission suisse au Kosovo. Jusqu’alors, la Confédération traitait ses affaires dans la région depuis son ambassade de Belgrade. Le titre exact de ce futur « consulat général » ou de cette « représentation » n’est pas encore déterminé, la Suisse voulant en effet éviter de déplaire à la République fédérale de Yougoslavie et ne pas contredire l’ONU. La Confédération a également décidé d’ouvrir pour la première fois une représentation diplomatique en Macédoine à Skopje. Peu avant la fin du conflit, Joseph Deiss avait effectué une visite d’un jour en Macédoine et assuré les autorités du soutien, notamment financier, de la Suisse. Le chef du DFAE est retourné dans les Balkans au mois de juillet où il a pu en particulier s’entretenir avec l’administrateur civil des Nations Unies, Bernard Kouchner et Hashim Thaci, premier ministre du gouvernement provisoire du Kosovo. Au mois de novembre, c’est la Conseillère fédérale Ruth Metzler qui a effectué le voyage de Pristina pour rencontrer à nouveau Bernard Kouchner et se rendre compte de la situation sur place. En décembre à Skopje, Ruth Metzler a signé avec les autorités macédoniennes une déclaration d’intention concernant la coopération policière.

Conviée à participer à l'inauguration de la Foire internationale d'art contemporain (FIAC) de Paris, la conseillère fédérale Ruth Dreifuss a profité de son séjour dans la capitale française pour nouer des contacts avec plusieurs membres du nouveau cabinet ministériel mis en place suite à la victoire de l'opposition lors des élections du mois de mai. Après s'être entretenue avec le secrétaire d'Etat à la santé, Bernard Kouchner, des problèmes liés à la sécurité sociale dans les négociations bilatérales avec l'UE, la cheffe du DFI a par ailleurs rencontré la ministre de la culture, Catherine Trautmann, ainsi que la ministre de l'environnement, Dominique Voynet, avec laquelle elle a traité de la question du trafic routier à travers les Alpes. Mme Dreifuss a finalement achevé son périple diplomatique sur le territoire français en rendant visite au nouveau premier ministre, Lionel Jospin.