La véritable reprise des négociations a eu lieu à la fin janvier, lorsque le conseiller fédéral Moritz Leuenberger et le commissaire européen aux transports Neil Kinnock ont signé le compromis de Kloten. Cet accord entre les représentants du Conseil fédéral et de la Commission européenne porta sur le montant des charges routières que la Suisse pourrait imposer sur ses routes, à partir de 2005, et sur le régime en application pendant la période transitoire précédant 2005. Les charges routières ont été différenciées en trois catégories selon le degré de pollution des camions. La moyenne pondérée des charges pour les camions de 40 tonnes ou moins a été fixée à environ CHF 325 – CHF 330 pour le trajet Bâle-Chiasso, incluant la RPLP et la TTA. Le montant tient compte de l'inflation, une correction pourrait toutefois avoir lieu en 2005, sous certaines conditions. Selon l’accord, la Suisse portera en 2001 la limite générale des poids lourds de 28 à 34 tonnes, puis à 40 tonnes en 2005. Des camions de 40 tonnes seront déjà autorisés entre 1999 et fin 2004, mais ils seront contingentés. Les poids lourds (suisses et étrangers) payeront la RPLP dès 2001, plus la TTA qui représentera au maximum 15% de la fiscalité totale. En 2004, les contingents seront portés à 300 000 trajets par année avec un plafond des charges à CHF 334 pour les 40 tonnes. L'interdiction de circuler la nuit a été maintenue. En outre, l'accord a prévu des mesures de sauvegarde pour la Suisse: des mesures fiscales et non fiscales, ainsi que des mesures spéciales en cas de crise. Deux ans après l'entrée en vigueur de l'accord, les compagnies aériennes helvétiques pourront bénéficier des droits de trafic des troisième, quatrième, cinquième et septième libertés dans l'UE (transport aérien entre deux pays de l'UE). Cinq ans après l'entrée en vigueur, la huitième liberté sera négociée (trafic entre deux points d'un même pays de l'UE).
Accord sur les transports terrestres et Accord sur le transport aérien (Accords bilatéraux I & mesures d’accompagnement; MCF 99.028-3 & 99.028-7 & 99.028-9)Dossier: Die Europäische Gemeinschaft und das Problem des Transits durch die Schweiz
Dossier: Die Bilateralen Verträge I und die sektoriellen Verhandlungen mit der EU 1993 bis 1998