Die Neuenburger Regierung stand während der Legislaturperiode von bis 2013 unter keinem guten Stern. In der Öffentlichkeit wurde gar von einer „verlorenen Legislaturperiode“ gesprochen. Dies hatte vorab personelle Gründe: Die Wahlen 2009 hatten nicht nur das Ende der links-grünen Mehrheit bedeutet (die Regierung setze sich damals neu aus drei FDP- und zwei SP-Staatsräten zusammen), sondern auch eine Neubesetzung von vier der fünf Regierungssitze gebracht; gleich zwei Bisherige wurden damals nicht bestätigt. Die damals gewonnene Regierungsmehrheit der FDP lässt sich dabei mit der Fusion des Freisinns mit den Liberalen erklären. Bereits kurz nach den damaligen Wahlen musste Frédéric Hainard (fdp) nach Vorwürfen von Amtsmissbrauch und Vetternwirtschaft demissionieren. Die Affäre schien der FDP allerdings nicht zu schaden. Hainard konnte bei Ersatzwahlen 2010 ziemlich mühelos durch Thierry Grosjean (fdp) ersetzt werden. Nachdem Jean Studer (sp), der einzige Neuenburger Staatsrat mit mehrjähriger Regierungserfahrung, 2012 zum Präsidenten der Schweizerischen Nationalbank gewählt worden war, hatten Mitte Oktober 2012, also lediglich sechs Monate vor den Gesamterneuerungswahlen,zum zweiten Mal in derselben Legislatur Ersatzwahlen durchgeführt werden müssen. Wieder konnte der Sitz verteidigt werden, diesmal von der SP mit Laurent Kurth (sp). Für weiteren Wirbel sorgte zudem Claude Nicati (fdp), der sich auch aufgrund grosser parteiinterner Kritik mit seiner Partei überwarf, Ende 2012 aus der FDP austrat und sich, nachdem er erfolglos bei der BDP angeklopft hatte, für die Erneuerungswahlen 2013 nicht mehr zur Verfügung stellte. Auch Gisèle Ory (sp) kündigte nach ebenfalls nur einer Legislatur ihren Rücktritt an. Diese personellen Probleme wurden durch veritable politische Krisen in Form von Abstimmungsniederlagen der Regierung noch weiter verschärft. Zu nennen sind dabei das knappe Nein der Stimmbürgerschaft zu einem Prestigeprojekt der Regierung, einer Schnellbahn zwischen La Chaux-de-Fonds und Neuenburg (transrun) sowie das Nein zu einem wichtigen Stromspargesetz. Für die Erneuerungswahlen von 2013 wurden entsprechend starke Veränderungen erwartet. Eine zentrale Frage war, ob die FDP die Regierungsmehrheit würde halten können. Neben den beiden Bisherigen Philippe Gnaegi (fdp) und Thierry Grosjean (fdp) schickten die Freisinnigen gleich drei Neue ins Rennen: den Neuenburger Stadtrat und Nationalrat Alain Ribaux sowie Christian Blandenier und Andreas Jurt. Die SP wollte neben dem bisherigen Laurent Kurth (sp) nicht nur ihren zweiten Sitz verteidigen, sondern die Schwäche der FDP ausnutzen und die Regierungsmehrheit zurückerobern. Die Genossen traten mit Jean-Nathanaël Karakash und der Grossrätin Monica Maire-Hefti an. Das SP-Trio wurde komplementiert durch den Grünen Patrick Hermann und Nago Humbert von der PdA. Weil die PdA nicht wie erwartet den weitaus bekannteren Denis de la Reussille ins Rennen schickte und auch Hermann (gp) eher unbekannt war, schienen die Chancen für die FDP für eine Verteidigung ihrer Regierungsmehrheit allerdings intakt. Herausgefordert wurden die arrivierten Parteien von drei Kandidierenden der im Kanton Neuenburg keine grosse Rolle spielenden CVP (MarcEichenberger, Vincent Martinez, und Raymond Traube) und zwei Kandidierenden der SolidaritéS (Marianne Ebel und François Konrad). Echte Aussenseiterchancen wurden allerdings nur dem Kandidaten der SVP zugetraut. Die Volkspartei trat mit Nationalrat Yvan Perrin an. Dieser sorgte im Vorfeld der Wahlen gleich mehrfach für Schlagzeilen. In den Medien wurde nicht nur über den Gesundheitszustand von Perrin spekuliert – 2010 musste der ehemalige Vizepräsident der nationalen SVP aufgrund eines Burnouts eine Auszeit nehmen – sondern auch eine Affäre breitgetreten, in die Perrin verwickelt war. Mitarbeiter einer Firma, bei der Perrin als Vizedirektor zeichnete, hatten angeblich im Asylzentrum Perreux ihre Position missbraucht, um Asylbewerberinnen zu sexuellen Handlungen zu nötigen. Perrin wählte die Offensive und redete in den Medien offen über seine psychische Fragilität. Die nicht antretende GLP gab eine Empfehlung für ein Fünferticket bestehend aus Maire-Hefti (sp), den beiden bisherigen FDP-Kandidierenden und Ribaux sowie dem Grünen Hermann ab. Der überraschende Tod des CVP-Kandidierenden Raymond Traube eineinhalb Wochen vor den Wahlen überschattete den Wahlkampf. Weil das kantonale Gesetz vorsieht, dass die Wahlen verschoben werden müssen, wenn einer der Kandidierenden in den fünf Wochen vor den Wahlen „unwählbar“ wird, setzte die Kantonsregierung einen um zwei Wochen nach hinten verschobenen neuen Termin fest. Die SVP kündigte zuerst an, Rekurs einzulegen, da es so zu einer Separierung der Legislativ- (14. April) und der Exekutivwahlen (28. April) komme, was nicht mit der Verfassung vereinbar sei und die Ausgangslage verändere. Nachdem die Regierung auf einen Kompromissvorschlag der GLP einging, die beiden Termine zu belassen, die Auszählung der Parlamentswahlen aber auf den 28. April zu legen, zog die SVP ihren Rekurs zurück.

Nicht am 14., sondern am 28. April traten also insgesamt 15 Kandidierende auf sieben Listen (SP, PdA, GP, FDP, Solidarités, SVP, CVP) zu den Staatsratswahlen an, darunter lediglich zwei Frauen. Der Bisherigenbonus entpuppte sich aufgrund der vorgängigen Krisen für einmal als Malus. Die Wählerschaft schien die Skandale in der Regierung und den Wunsch nach einem Neubeginn höher zu gewichten als die in den letzten Jahren wieder auf Touren gekommene kantonale Wirtschaft – insbesondere die Uhrenindustrie hatte Anfang Jahr Rekordumsätze gemeldet. Zwar erreichte keiner der 15 Kandidierenden das absolute Mehr (22'311 Stimmen), die beiden Bisherigen der FDP lagen aber abgeschlagen lediglich auf den Plätzen 7 (Thierry Grosjean mit 14'055 Stimmen) und 9 (Philippe Gnaegi mit 12'767 Stimmen). Auf Platz eins landete der bisherige SP-Staatsrat Laurent Kurth (21'351 Stimmen). Weil auch die beiden anderen SP-Kandidierenden unter die ersten fünf gewählt wurden – Jean-Nathanaël Karakash mit 20'422 Stimmen und Monika Maire-Hefti mit 17'440 Stimmen, wurde ein Linksrutsch wahrscheinlich. Zwischen Karakash und Maire-Hefti schob sich überraschend deutlich Yvan Perrin mit 18'698 Stimmen, der damit ebenfalls alle Kandidaten der FDP hinter sich liess. Der Medienrummel um seine Person im Vorfeld der Wahlen dürften dem SVP-Kandidaten sicher nicht geschadet haben; eher im Gegenteil schienen viele Stimmen auch Solidaritätsbekundungen zu sein. Die FDP fand sich erst auf Rang 5 mit Alain Ribaux (16'987 Stimmen) wieder. Ein gutes Resultat erreichten zudem auch Patrick Hermann (15'363 Stimmen) und Nago Humbert (13'904 Stimmen), die sich beide noch vor dem bisherigen Philippe Gnaegi einreihten. Die weiteren Kandidierenden folgten weit abgeschlagen: Einzig Christian Blandenier (9'089 Stimmen) und Andreas Jurt (6'978 Stimmen) erzielten mehr als 5'000 Stimmen. Vincent Martinez (2'766 Stimmen), Marianne Ebel (2'239 Stimmen), Marc Eichenberger (1'785 Stimmen) und François Konrad (1'654) konnten hingegen vergleichsweise wenige Wahlberechtigte von sich überzeugen. Die Stimmbeteiligung betrug 34,0%. Erstmalig in der Schweiz konnte ein Teil der Neuenburger Wählerschaft elektronisch abstimmen (23'000 Personen). Rund 3'500 Personen machten von dieser Neuerung Gebrauch.

Ein für Neuenburg eher ungewöhnlicher zweiter Wahlgang wurde auf Pfingstsonntag angesetzt. Für diesen zweiten Umgang traten neben den fünf Kandidierenden mit den besten Resultaten aus dem ersten Wahlgang auch Thierry Grosjean und der chancenlose Vincent Martinez erneut an. Die Frage war, ob die FDP mit der SVP einen Schulterschluss eingehen wollte, um die linke Mehrheit zu verhindern. Ein solcher kam allerdings in der kurzen Zeit – bereits am Dienstag nach dem ersten Umgang mussten die neuen Listen präsentiert werden – nicht zustande, unter anderem weil die FDP diesem an einer ausserordentlichen Delegiertenversammlung eine Abfuhr erteilte. Freilich riefen einige bürgerliche Exponenten und insbesondere die Handels- und Industriekammer (CNCI) in den Tagen vor Pfingsten zu einer bürgerlichen Allianz auf. Auch die bei den Parlamentswahlen erfolgreiche GLP (siehe oben) sprach sich im zweiten Wahlgang für eine rechts-bürgerliche Mehrheit aus. Sie verwies darauf, dass eine linke Regierungsmehrheit zu Blockaden führen würde, weil im Parlament die Bürgerlichen eine Mehrheit innehatten. Die GLP empfahl damit implizit, neben den beiden FDP-Kandidierenden auch SVP-Mann Perrin zu wählen. Die BDP schloss sich dieser Empfehlung an, während die CVP an ihrem chancenlosen Kandidaten festhielt. Die Grünen, Solidarité und die PdA warben für das SP-Trio. Im zweiten Wahlgang wurden die Verschiebungen vom ersten Umgang bestätigt: Die SP holte die Regierungsmehrheit zurück, die SVP zog erstmals in den Neuenburger Staatsrat ein und die FDP musste eine herbe Schlappe einstecken. Wiederum lagen die beiden SP-Männer an der Spitze. Laurent Kurth, der einzige Wiedergewählte, erhielt 28'834 Stimmen. Mit Jean-Natanaël Karakash folgte der zweite SP-Mann mit rund 500 Stimmen Rückstand (28'333 Stimmen) auf Platz zwei. Am drittmeisten Stimmen erhielt diesmal Alain Ribaux (27'130 Stimmen), gefolgt von Yvan Perrin (24'895 Stimmen). Monika Maire-Hefti (24'530 Stimmen) lieferte sich lange ein Kopf-an-Kopf-Rennen mit Thierry Grosjean (21'794 Stimmen), erhielt aber schliesslich vor allem in den Städten deutlich mehr Stimmen. Vincent Martinez war erwartet weit abgeschlagen und erhielt 9'233 Stimmen. Die Wahl wurde – wie bereits nach dem ersten Wahlgang – als Zeichen für den Wunsch nach einem Neustart mit neuen Köpfen gewertet. Freilich müsse sich die neue Regierung zusammenraufen und möglichst rasch mit einer Stimme sprechen, so die Kommentare nach den Wahlen. Die Wahlbeteiligung lag mit 40,2% höher als beim ersten Umgang. Pikanterweise ging die nach 2006 wiedergewonnene linke Mehrheit (3 SP, 1 FDP, 1 SVP) in der Regierung neu mit einer rechten Parlamentsmehrheit einher (vgl. oben). Die Wahlen 2013 resultierten damit für Neuenburg in einer erneuten Kohabitation, allerdings mit umgekehrten Vorzeichen. Für Alain Ribaux, der aus dem Nationalrat zurücktrat, rutschte die ehemalige Nationalrätin Sylvie Perrinjaquet nach. Auch Yvan Perrin wollte sich nicht auf ein Doppelmandat einlassen. Seinen Nationalratssitz nahm neu Raymond Clottu ein.

Bereits zum zweiten Mal innerhalb derselben Legislatur – 2011 wurde der gestrauchelte Frédéric Hainard (fdp) durch Thierry Grosjean (fdp) ersetzt – kam es im Kanton Neuenburg zu einer Ersatzwahl. Nachdem er zum Präsident des Bankrates der Schweizerischen Nationalbank (SNB) gewählt worden war, erklärte Jean Studer (sp) seinen Rücktritt aus dem Staatsrat. Um die Kontinuität in der Neuenburger Regierung zu gewährleisten trat er allerdings nicht per sofort zurück, wie dies von der FDP gefordert wurde, sondern per 31.7.12. Damit wurden Ersatzwahlen für den 14. Oktober anberaumt, obwohl bereits im Frühjahr 2013 die nächsten ordentlichen Gesamterneuerungswahlen geplant waren. Den SP-Sitz in der von der FDP dominierten Exekutive (3 FDP, 2 SP) sollte Laurent Kurth verteidigen. Der Stadtrat aus La-Chaux-de-Fonds setzte sich Ende August intern deutlich gegen zwei weitere Anwärter durch. Lange Zeit meldete sich kein Herausforderer von Kurth. Da die FDP in Anbetracht ihrer Parlamentsstärke in der Regierung bereits übervertreten war und die SVP ihren Leader Yvan Perrin kurz vor den Neuwahlen nicht verheizen wollte, drohte eine stille Wahl. Für Lacher sorgte das Komikerduo „Cuche et Barbezat“, das dieser Gefahr entgegentreten wollte, die offiziell angemeldeten Jux-Kandidaturen Ende August aber wieder zurückzog. Eine stille Wahl wurde schliesslich durch Louis Dubois verhindert (Entente cantonale neuchâtelois), der seine Kandidatur auch damit begründete, dass demokratische Beteiligungsrechte nur durch Nutzung geschützt würden. Für Wirbel und eine weitere Schwächung der laut Presseberichten bereits angeschlagenen Neuenburger Regierung – Studer war der einzige mit langjähriger Erfahrung, die restlichen vier Regierungsräte waren 2009 gewählt worden bzw. rutschten während der Legislatur nach – sorgte das knappe Nein der Stimmbevölkerung zum Regierungsprojekt einer Schnellbahn zwischen Neuenburg und La Chaux-de-Fonds Ende September (transrun) sowie die Ankündigung von Regierungsrätin Gysèle Ory (SP) bei den Erneuerungswahlen 2013 nach nur einer Legislatur nicht mehr anzutreten. Darüber hinaus lastete das zunehmend schwierige Verhältnis zwischen Regierungsrat Claude Nicati (fdp) mit seiner Partei auf der Regierung. Tatsächlich trat Nicati kurz nach den Wahlen aus der FDP aus und liess offen, ob er 2013 nochmals antreten würde.

Die Ersatzwahlen selber fielen deutlich zu Gunsten von Laurent Kurth aus. Der Sozialdemokrat erhielt 21'040 Stimmen (71,4%). Sein Herausforderer Louis Dubois erhielt beachtliche 8'428 Stimmen. Den Vorwurf, seine Kandidatur habe den Kanton für die Organisation der Wahlen rund 200'000 CHF gekostet, wies Dubois zurück. Grund für die Ersatzwahlen sei der Rücktritt Studers gewesen, der sein Mandat während der Legislatur abgegeben habe, was eigentlich ein Unding sei. Er, Dubois, hätte der Stimmbevölkerung wenigstens die Wahl gelassen und wünschte, dass die Regierung nun gemeinsam an einem Strick ziehe. Der Sieger der Wahlen zeigte sich zufrieden. Die geringe Beteiligung – die Partizipation lag bei erwartet tiefen 24% – wurde zwar nicht wirklich als Vertrauensvotum in die kriselnde Regierung gewertet, Kurth betrachtete seine über 70% an Wählerstimmen jedoch als gute Legitimationsbasis.

Wie im Kanton Genf regierte auch im Kanton Neuenburg seit 2005 eine linke Mehrheit (2 SP, 1 GP, 2 FDP-Liberale). Von den Bisherigen traten Jean Studer (sp), Roland Debély (fdp) und Fernand Cuche (gp) erneut an. Bernard Soguel (sp) und Sylvie Perrinjaquet (fdp) traten zurück. Für die 5 Sitze im Neuenburger Staatsrat gab es insgesamt die sehr hohe Zahl von 30 Kandidaturen. Die SP stellte neben Studer und Ständerätin Gisèle Ory, der Favoritin für den frei werdenden SP-Sitz, mit Johanne Lebel-Calame, Sylvie Fassbind-Ducommun und Bertrand Nussbaumer drei weitere Kandidierende auf. Die FDP-Liberalen präsentierten neben ihrem Bisherigen Debély vier weitere Kandidaten, von denen keiner als Favorit erschien: Frédéric Hainard, Philippe Gnaegi, Claude Nicati und Olivier Haussener. Die SVP stellte ebenfalls fünf Kandidierende auf: Karim-Frédéric Marti, Maria Angela Guyot, Florian Robert-Nicoud, Pierre-Alain Storrer und Raymond Clottu. Die CVP nominierte drei Kandidaten, die jedoch als chancenlos betrachtet wurden und vor allem die CVP-Liste bei den Parlamentswahlen „ziehen“ sollten. PdA und SolidaritéS nominierten gemeinsam fünf Personen für den Staatsrat. Für die Grünen traten der Bisherige Cuche und zwei weitere Kandidaten an. Zudem gab es noch vier parteiunabhängige Kandidaturen. Angesichts der hohen Kandidatenzahl erstaunte es nicht, dass im ersten Wahlgang niemand das absolute Mehr erreichte. Am meisten Stimmen erhielt Jean Studer (sp) vor seiner Parteikollegin Gisèle Ory. Auf die beiden Sozialdemokraten folgten alle fünf liberal-freisinnigen Kandidaten, wobei Hainard und Nicati am besten platziert waren. Der Bisherige Debély schnitt von allen FDP-Kandidaten am schlechtesten ab und schied aus dem Rennen aus. Gesundheitsdirektor Debély war vor der Wahl wegen seiner Spitalpolitik in die Kritik geraten. Der grüne Staatsrat Fernand Cuche schnitt noch schlechter ab: Er landete hinter allen SP- und FDP-Kandidaten auf dem elften Platz. Umweltdirektor Cuche war ebenfalls im Wahlkampf heftig kritisiert worden, unter anderem wegen Mängeln bei der Schneeräumung. Der SVP-Kandidat Storrer lag hinter Cuche auf dem zwölften Platz. Nach diesem Ergebnis kam es erstmals seit 20 Jahren zu einem zweiten Wahlgang. Die Situation war aussergewöhnlich, weil weder SP noch FDP aufgrund ihrer Wähleranteile die absolute Mehrheit in der Regierung beanspruchen konnten, deren Kandidaten jedoch am besten platziert waren. Für die SP stellte sich die Frage, ob sie Johanne Lebel-Calame (die Sechstplatzierte) portieren oder den Grünen Fernand Cuche trotz seines schlechten Resultates unterstützen sollte. Im zweiten Wahlgang trat die SP (mit Studer und Ory) schliesslich zusammen mit dem Grünen Cuche an. Die FDP nominierte Hainard, Nicati und Gnaegi, die Bestplatzierten ihrer Partei aus dem ersten Wahlgang. Sie erhielt die Unterstützung der SVP. Gewählt wurden die beiden SP-Kandidaten Studer und Ory sowie die drei FDP-Liberalen Hainard, Nicati und Gnaegi. Cuche hatte einen grossen Rückstand auf letztere. Die doppelte linke Mehrheit in Parlament und Regierung endete damit und es begann eine „Kohabitationslegislatur“ mit einer bürgerlichen Mehrheit in der Regierung und einer linken Mehrheit im Parlament. Die Regierung erhielt insgesamt vier neue Mitglieder.