In Obwalden traten alle fünf bisherigen Regierungsräte wieder an. Franz Enderli (csp), Esther Gasser Pfulg und Paul Federer (beide fdp) sowie die beiden CVP-Regierungsräte Niklaus Bleiker und Hans Wallimann wurden allein von der SVP herausgefordert. Nachdem die SVP bei den Ersatzwahlen vom November 2009 nur knapp gescheitert war, rechnete sie sich für die Gesamterneuerungswahlen gute Chancen aus und setzte wieder auf Martin Odermatt.

Trotz der Sitzgewinne im Parlament, reichte es der Partei aber nicht für einen Regierungssitz. Die fünf Bisherigen wurden wiedergewählt. Der Abstand von Odermatt auf den Fünftplatzierten Federer, der sein Amt erst knapp einen Monat zuvor angetreten hatte, war mit rund 1400 Stimmen relativ deutlich. Bestes Resultat erzielte Finanzdirektor Hans Wallimann, der sich als Steuerstratege einen Namen gemacht hatte. Die Wahlbeteiligung lag bei 55%.

Im September trat Regierungsrat Hans Matter (csp) überraschend zurück. Obwohl bereits 2010 Gesamterneuerungswahlen stattfinden, wäre die Zeit bis Juli 2010 für eine Stellvertretung zu lange gewesen und es musste eine Ersatzwahl stattfinden. Den Parteien blieb nur wenig Zeit für die Auswahl ihrer Kandidaten. Die CSP verteidigte ihren vakanten Sitz nicht. Die FDP nominierte Paul Federer, Gemeindepräsident von Sarnen. Die SVP trat mit Martin Odermatt, Gemeinderat in Engelberg, an. Federer (fdp) wurde mit einem knappen Vorsprung von 237 Stimmen auf Odermatt (svp) gewählt. Die FDP hält damit wieder zwei Sitze in der Obwaldner Regierung. Federer wird sich einen Monat nach seinem Amtsantritt am 1. Februar 2010 bereits der Wiederwahl stellen müssen.