Ein halbes Jahr nach den Ersatzwahlen für Regierungsrat Thomas Pfisterer (fdp) wurden im Aargau Gesamterneuerungswahlen durchgeführt. Nach einer Revision des Wahlverfahrens wurden erstmals die leeren Stimmen nicht mehr zur Berechnung des absoluten Mehrs herangezogen. Von den fünf Regierungsrätinnen und Regierungsräten traten vier die Wiederwahl an. Erziehungsdirektor Peter Wertli (cvp) verzichtete nach drei Amtszeiten. Für grosse Spannung sorgte eine wilde Kandidatur aus den Reihen der CVP. Die Delegierten hatten den Rheinfelder Stadtschreiber und Fraktionspräsidenten im Grossen Rat, Roland Brogli, zu ihrem offiziellen Kandidaten gekürt. Unternehmensberater und Gemeindeammann Rainer Huber wiedersetzte sich diesem Entscheid und kandidierte auf eigene Faust. Die SP trat erneut mit Grossrätin Barbara Roth an, die bei der Ersatzwahl vom März bereits gut abgeschnitten hatte. Der vierte Neue unter den Kandidierenden war Grossrat Geri Müller von den Grünen. Wegen der geringen Hausmacht der Grünen wurden ihm geringe Chancen gegeben.

Der Wahlausgang brachte gleich zwei Überraschungen. Einmal ist die CVP, die im Grossrat nur vierstärkste Fraktion, in der neuen Legislatur gleich mit zwei Regierungsräten vertreten. Sowohl der Offizielle Brogli als auch der Wilde Huber schafften den Sprung. Andererseits wurde die freisinnige Finanzministerin Stéphanie Mörikofer abgewählt. Die übrigen Bisherigen wurden im Amt bestätigt: Mit dem besten Resultat schnitt der aus der SP ausgetretene Direktor des Innern, Kurt Wernli, ab, gefolgt von Baudirektor Peter Beyeler (fdp), der erst seit Mai im Amt stand sowie Gesundheitsdirektor Ernst Hasler (svp). Die Plätze vier und fünf wurden von den Neuen Brogli und Huber eingenommen. Erneut verpassten die Sozialdemokraten den Wiedereinzug in die Aargauer Regierung.

Im Kanton Aargau fanden im März und April – ein halbes Jahr vor den Gesamterneuerungswahlen vom November – die Wahlen für die Nachfolge von Regierungsrat Thomas Pfisterer (fdp) statt, der den Sprung in den Ständerat im vergangenen Herbst geschafft hatte. Die FDP schickte den Vizedirektor der Nordostschweizerischen Kraftwerke, Peter Beyeler aus Baden, ins Rennen. Die in den Nationalratswahlen zur wählerstärksten Partei aufgestiegene SVP machte jedoch der FDP diesen Regierungssitz strittig. Als Sprengkandidaten stellte sie den Medienmanager und Quereinsteiger Christian Stärkle auf. Aber auch die SP, die seit zwei Jahren nicht mehr in der Regierung vertreten war, portierte mit der Grossrätin Barbara Roth eine Gegenkandidatin. Der Wahlkampf konzentrierte sich hauptsächlich auf die beiden bürgerlichen Kontrahenten. Im ersten Wahlgang wurde das absolute Mehr allerdings von keinem der Kandidierenden erreicht. Beyeler lag mit rund 40% der gültigen Stimmen in Führung. Überraschend traten Stärkle und Roth im zweiten Wahlgang nicht mehr an, stellten aber ihre Teilnahme an den Gesamterneuerungswahlen vom November in Aussicht. Dagegen verhinderte der parteilose Schauspieler, Chauffeur und Waffenhändler René Picard eine Stille Wahl. Erwartungsgemäss konnte er dem Freisinnigen Beyeler das Amt aber nicht strittig machen.

Bei der Gesamterneuerungswahl der fünfköpfigen Aargauer Regierung, welche seit 1988 nicht mehr im selben Jahr wie die Parlamentswahlen stattfindet, kämpften sieben Kandidaten und eine Kandidatin um die Wählergunst. Die frei werdenden Sitze der zwei zurücktretenden Regierungsräte, Rickenbach (fdp) und Schmid (sp), liessen eine Konkurrenzsituation innerhalb der bürgerlichen Parteien entstehen, da die SVP einen zweiten Sitz forderte. Ausserdem stellte die Auto-Partei, welche über 13,2% Wähleranteil verfügt, National- und Grossrat Moser als Kampfkandidat gegen den sozialdemokratischen Bewerber auf, der den seit 1985 einzig verbliebenenen Sitz seiner Partei verteidigte. Im ersten Wahlgang schafften die drei Bisherigen Wertli (cvp), Siegrist (svp), Pfisterer (fdp) sowie Nationalrat Silvio Bircher (sp), Nachfolger für den bisherigen Erziehungsdirektor Schmid, das absolute Mehr. (Für Bircher rückte der 1991 abgewählte Zbinden in den Nationalrat nach.) Die hohe Stimmbeteiligung von 59,9% war unter anderem darauf zurückzuführen, dass die Wahlen gleichzeitig mit der Abstimmung über den Beitritt zum EWR stattfanden. Im zweiten Wahlgang gelang es der freisinnigen Kandidatin Stéphanie Mörikofer, den zweiten Sitz der FDP gegen die Bewerber der SVP und EVP sowie gegen den wild kandididierenden und von der Auto-Partei unterstützten Luzi Stamm (fdp) zu verteidigen. Die als erste Frau in die Aargauer Regierung gewählte Kandidatin distanzierte ihren Herausforderer aus der SVP mit über 14'000 Stimmen klar. Wie üblich in zweiten Wahlgängen fiel die Stimmbeteiligung mit 22% sehr gering aus.