Au mois de mai, le Conseil fédéral a renoncé à utiliser la clause de sauvegarde de l’accord sur la libre-circulation qui permet de réintroduire des quotas lorsque l’immigration est trop importante. L’UDC a été le seul acteur politique à soutenir le retour au contingentement tandis que les cantons et les milieux économiques se sont opposés à ce retour administrativement lourd. Par la suite, un rapport des autorités fédérales a tenté de montrer que la libre circulation a renforcé la croissance économique en Suisse, sans pour autant établir de lien clair avec l’augmentation du chômage des résidents suisses. Au mois de novembre, le chômage a dépassé les 4%. Le gouvernement a alors déclaré qu’il s’était initialement attendu à plus de retour des citoyens européens. Doris Leuthard a estimé que le Conseil fédéral avait fait une erreur en n’activant pas la clause de sauvegarde. Le président du PS, Christian Levrat (ps, FR), a lui insisté sur la question des problèmes de certaines régions frontalières et sur le besoin d’augmenter les mesures d’accompagnement en faveur des travailleurs. Christoph Blocher a lui dénoncé l’accord sur la libre circulation et a affirmé que l’augmentation du chômage en était la conséquence. Ainsi, le groupe parlementaire UDC a adopté une motion exigeant des restrictions de la libre circulation et de nouvelles négociations avec l’UE. Les autres partis et le gouvernement n’ont pas envisagé de remettre l’accord en question.

Dans le courant du mois d’avril, le Conseil fédéral a annoncé l’activation de la clause de sauvegarde envers les Etats de l’UE-8 (Estonie, Hongrie, Lettonie, Lituanie, Pologne, Slovaquie, Slovénie et République Tchèque). Cette activation a signé la réintroduction de contingents pour les autorisations de séjours de catégorie B délivrées aux ressortissants estoniens, hongrois, lettons, lituaniens, polonais, slovaques, slovènes et tchèques durant une année. Le Conseil fédéral a relevé les effets économiques positifs de la libre circulation des personnes, mais a également noté l’importance de mener un débat sur les questions de l’immigration et de la politique économique. Cette activation a contrarié non seulement les pays concernés, mais également l’UE. En effet, la clause de sauvegarde peut être activée si le nombre d’autorisations délivrées en une année dépassent de 10% la moyenne des permis délivrés au cours des trois dernières années. Ce dépassement est observé en Suisse pour les pays concernés, mais non si l’on tient compte de l’ensemble des arrivants de nationalité européenne. Cette différence a amené Bruxelles à qualifier la décision suisse de discriminatoire. Les effets de cette décision devraient cependant être minimes, car elles ne concerneraient que 4'000 personnes. Bien que conscients de la portée limitée et symbolique de cette décision, qualifiée même de « non-événement qui ne résoudra rien » par le président du PS, tous les partis ont reconnu la nécessité d’intervenir dans ce dossier. La presse a également relayé la position de Natalie Rickli (udc, ZH) qui a déclaré que la Suisse aurait également dû appliquer la clause de sauvegarde à l’Allemagne pour limiter l’importante immigration allemande: « Les Allemands pris séparément ne me dérangent pas. La masse me dérange ». Les réactions ont été vives autant en Suisse qu’en Allemagne où le Spiegel Online a titré « Eclat autour d’une discrimination des Allemands ».

Dès le début du mois de février, les premières discussions concernant le maintien de la clause de sauvegarde pour les pays de l’UE-8 et son éventuelle extension aux pays de l’UE-17 ont commencé à apparaître dans les médias. A l’exception de quelques réticences exprimées par le PLR, la droite s’est montrée relativement favorable à la clause. Du côté de la gauche, le président du PS, Christian Levrat, a qualifié ces mesures de « valium pour le peuple ». Sentant la fragilité diplomatique d’une telle décision, la CPE-CE a préféré s’abstenir, par 7 voix contre 4, de livrer une recommandation au gouvernement quant à l’éventuelle activation de la clause de sauvegarde. Entre arguments économiques, insécurité diplomatique face à l’UE ou encore stratégies en vue des prochaines élections, le Conseil fédéral s’est montré très prudent avant de prendre une décision. Alors qu’en décembre 2012, il proposait de revoter sur l’EEE, le président du PDC Christophe Darbellay (pdc, VS) a changé de discours peu avant la décision du Conseil fédéral. Lors de l’assemblée des délégués à Heiden (AR), Christophe Darbellay a déclaré vouloir introduire la clause de sauvegarde dans le droit permanent. Face à la pression des partis de droite, le Conseil fédéral a donc reconduit et élargi la clause de sauvegarde le 25 avril de l’année sous revue. Ainsi, une année après avoir activé la clause de sauvegarde envers les pays de l’UE-8, (Estonie, Hongrie, Lettonie, Lituanie, Pologne, Slovaquie, Slovénie et République Tchèque), le Conseil fédéral a non seulement déclaré le maintien de cette clause, mais il l’a également élargie aux ressortissants des Etats de l’UE-17 (Allemagne, Autriche, Belgique, Chypre, Danemark, Espagne, Finlande, France, Grèce, Irlande, Italie, Luxembourg, Malte, Pays-Bas, Portugal, Royaume-Uni et Suède). L’activation de la clause de sauvegarde envers les pays de l’UE-8 et UE-17 ne concerne que les autorisations de séjour de catégorie B et est limitée à un an. Les médias ont commenté ces décisions en supposant que les trois débats à venir sur la politique migratoire – les initiatives Ecopop et « contre l’immigration de masse », ainsi que l’extension de la libre circulation des personnes à la Croatie – avaient certainement pesé en faveur de l’activation. Bien que le Conseil fédéral ait argumenté que l’élargissement de la clause de sauvegarde aux pays de l’UE-17 avait l’avantage de supprimer la discrimination entre les ressortissants européens, la réaction de Bruxelles a été amère. Certains pays de l’UE ont qualifié cette décision d’« inacceptable ». L’accueil a également été critique dans les milieux économiques, ces derniers craignant que l’introduction de ces contingents induise des difficultés à recruter de la main-d’œuvre qualifiée. Les observateurs ont également noté que l’introduction de contingents étant limitée aux permis B, le risque était simplement de voir le nombre de permis L (non-concernés par la clause de sauvegarde) augmenter drastiquement.