Après le Conseil fédéral en 1989, le Conseil national, suivi du Conseil des Etats, rejeta cette initiative, que seuls les socialistes, les écologistes et les indépendants défendirent. Si chacun a reconnu l'importance de la protection des animaux contre les abus, la majorité des députés estima que le texte de la PSA était excessif dans les moyens proposés, d'autant que son objectif était rempli par la LPA qui, étant une des plus restrictives du monde, permet une diminution régulière du nombre d'animaux utilisés en laboratoire. Le reproche principal fait à l'initiative réside dans le danger qu'elle représenterait pour la recherche, médicale principalement, qui risquerait de ne plus être praticable en Suisse. Les exceptions prévues par l'initiative furent considérées comme étant sujettes à caution; d'une part, le droit de recours accordé aux organisations de protection des animaux empêcherait ou retarderait de nombreuses expérimentations et bloquerait ainsi toute recherche, et, d'autre part, une découverte pouvant survenir par pur hasard et n'avoir aucun rapport avec le sujet de l'étude effectuée, ce ne serait qu'a posteriori, et non a priori, que l'on pourrait établir si une expérience est d'importance primordiale ou non.

Le contre-projet fut généralement bien accepté au parlement. Au Conseil national, seuls les libéraux refusèrent d'entrer en matière, et la grande chambre l'adopta facilement. Le Conseil des Etats fit de même, mais créa deux divergences de taille. Premièrement, il se prononça en faveur d'une proposition relativement strictive de O. Piller (ps, FR) interdisant les "expériences qui ne revêtent pas une importance primordiale pour la sauvegarde de la vie humaine ou animale, ni pour la guérison ou l'atténuation de graves souffrances". Deuxièmement, la petite Chambre se refusa à réglementer au niveau fédéral la procédure d'autorisation cantonale, mettant ainsi en question la présence des organisations de protection des animaux au sein des commissions consultatives. Pour la part, la PSA a annoncé qu'elle n'envisageait pas de retirer son initiative, jugeant insuffisant le contre-projet indirect. Par ailleurs, la motion Ziegler (ps, GE), transmise comme postulat par le Conseil national, a demandé au Conseil fédéral d'édicter des normes garantissant une totale transparence sur les expériences et les procédures administratives qui les autorisent, de veiller à la stricte application de la loi et de favoriser l'utilisation des méthodes de substitution.

Les Chambres ont toutefois décidé de faire un pas dans le sens de l'initiative en renforçant la LPA. Cette révision doit faire office de contre-projet indirect au texte de la PSA. En 1989, la commission du Conseil national avait demandé au Conseil fédéral d'organiser une consultation à ce sujet. A son terme, le gouvernement, réticent dès le début, maintint son avis négatif. Cependant, au début de l'année, la commission proposa au parlement son projet, dont l'objectif est de limiter au maximum le nombre d'expériences et les souffrances infligées aux animaux, tout en n'empêchant pas la recherche de progresser. Cette révision prévoit, entre autres, un droit de recours pour l'Office fédéral vétérinaire (OVF), qui pourra attaquer des décisions auprès des cantons, et la mise sur pied, par ces derniers, de commissions consultatives indépendantes, comprenant des organisations de protection des animaux. En outre, le gouvernement aura la tâche de fixer les critères et les buts des expérimentations, afin de limiter encore le nombre des expériences douloureuses et stressantes. Une minorité de la commission désirait que soient prises des mesures de protection supplémentaires, en particulier l'octroi aux organisations de protection des animaux d'un droit de recours et de plainte.

Les Chambres eurent à se prononcer sur l'initiative populaire de la Protection suisse des animaux (PSA) "Pour une réduction stricte et progressive des expériences sur les animaux / limitons strictement l'expérimentation animale". Ce texte, déposé en 1986, vise à inverser les priorités par rapport à la loi sur la protection des animaux (LPA); l'expérimentation animale serait interdite en règle générale, mais des exceptions seraient tolérées dans les cas d'importance primordiale pour la sauvegarde de la vie humaine ou animale. Face à ces dérogations, les organisations de protection des animaux jouiraient d'un droit de recours et de plainte.

Après consultation, le Conseil fédéral a adopté – et mis en vigueur en même temps que la loi – l'ordonnance d'application de la nouvelle loi sur la protection des animaux. Ce texte règle en particulier l'organisation des commissions cantonales (avec représentation des organisations de protection des animaux) dans la procédure d'autorisation, la création d'un centre de documentation sur l'expérimentation animale et les méthodes alternatives à l'Office vétérinaire fédéral, ainsi que la possibilité pour ce même office de déposer plainte contre les autorisations cantonales.

Face à l'initiative populaire "Pour une réduction stricte et progressive des expériences sur les animaux / limitons strictement l'expérimentation animale", les Chambres avaient décidé, en 1990, de présenter un contre-projet indirect consistant en un renforcement des prescriptions de la loi sur la protection des animaux. Après les délibérations de l'an passé, il subsistait encore deux divergences créées par le Conseil des États. L'une prévoyait d'interdire les expériences n'ayant pas pour but de sauver des vies, de guérir ou d'atténuer des souffrances, l'autre visait à éviter de réglementer au niveau fédéral les procédures d'autorisation cantonales. Le Conseil national resta cependant sur ses positions; il estima que, dans le premier cas, la recherche fondamentale serait mise gravement en danger et que, dans le second cas, cela rendrait incertain la présence d'organisations de protection des animaux au sein des commissions consultatives et ne permettrait pas une certaine uniformisation des pratiques cantonales. Le Conseil des États se rallia en fin de compte au projet de la grande chambre. Cette loi est entrée en vigueur le 1er décembre.

Initiative «pour une réduction stricte et progressive des expériences sur les animaux». Votation du 16 février 1992

Participation: 44.5%
Non: 1 117 236 (56,4%) / 17 et 5/2 cantons
Oui: 864 898 (43,6%) / 3 et 1/2 cantons

Mots d'ordre:
- Non: PRD, PDC, UDC, PL, PA, UDF; CSCS, Vorort, USAM, USP ainsi que les milieux de la recherche, de la médecine et de l'industrie chimique et pharmaceutique.
- Oui: PS (1*), AdI, PEP (1*), PE, PdT, DS; organisations de protection des animaux, de la nature, de l'environnement et des consommateurs
- Liberté de vote: Lega dei Ticinesi; USS.
* Recommandations différentes des partis cantonaux

Suivant l'avis des autorités, le souverain repoussa le texte proposé. Le refus fut toutefois moins clair que lors de la votation, en 1985, sur l'initiative de Franz Weber prônant une interdiction absolue de toute expérimentation, le non rassemblant 56.4% de la population et 17 et 5/2 cantons. Les cantons ayant accepté l'initiative sont ceux de Zurich, Berne, Grisons et Appenzell Rhodes-extérieures. De manière générale, le non a été plus net dans les cantons romands, surtout dans ceux du Jura et du Valais. Face à ce résultat, toutes les parties ont exprimé leur satisfaction; les opposants en raison du rejet populaire, et les initiants à cause de la forte proportion de oui.

Touchant un sujet aussi chaud que la vivi-section, la campagne précédant le vote a été âpre et émotionnelle, tant du côté des partisans de l'initiative que des opposants. Ces derniers, réunissant le monde médical et l'industrie pharmaceutique et chimique, n'ont pas lésiné sur les moyens pour promouvoir leur opinion, leurs arguments étant le plus souvent axés sur la peur de la maladie ou la crainte de perdre des emplois. L'analyse VOX de cette votation fait clairement ressortir le rejet massif des Romands, les Alémaniques ayant été moins unanimes. D'autres facteurs explicatifs entrent cependant en jeu; ainsi, les femmes, les personnes de moins de trente ans et les sympathisants de gauche furent plus enclins à accepter l'initiative que les hommes, les personnes de plus de trente ans et les sympathisants des partis bourgeois.

Pour les opposants, l'initiative soumise au vote était superflue dans la mesure où la loi sur la protection des animaux constitue un excellent garde-fou, très en avance au niveau international. Ses prescriptions seraient telles que les expériences inutiles seraient tout à fait marginales, que le nombre d'animaux utilisés diminuerait d'année en année de façon significative et que la mise au point de méthodes de substitution progresserait notablement. De plus, l'affirmation selon laquelle la recherche médicale pourrait se passer de l'expérimentation animale a été considérée comme erronée, de nombreuses thérapies ne pouvant être développées dans ces conditions. Par ailleurs, l'initiative a été vue comme un danger pour la recherche fondamentale, car ses prescriptions n'auraient pas tenu compte des conditions de la démarche scientifique; il aurait été impossible de démontrer a priori l'importance primordiale d'une expérience. Enfin, l'accent a été mis sur la menace qui aurait pesé sur l'industrie chimique et pharmaceutique; obstacles et retards auraient conduit à une perte de qualité, de compétitivité et à des délocalisations synonymes de suppressions d'emplois.

Pour les partisans de l'initiative, cette dernière avait pour but de protéger autant l'animal que l'homme; elle aurait favorisé une médecine responsable du point de vue éthique, sans mettre en danger la santé de l'un ou de l'autre. La recherche n'aurait pas été entravée, au contraire; l'élaboration de méthodes de substitution aurait été stimulée. En outre, des expériences inutiles et déjà interdites dans certains pays auraient pu être supprimées tels que les tests pour détergents, cosmétiques ou tabacs. Le droit de recours et de plainte octroyé aux organisations de protection des animaux aurait permis que règne une plus grande transparence et une meilleure information des citoyens. Pour sa part, l'État aurait été obligé de mettre en place des conditions cadres en faveur d'une politique progressiste de protection des animaux.

La Fédération suisse protectrice des animaux a décidé de maintenir son initiative; si elle considère que la révision de la loi sur la protection des animaux constitue un pas dans la bonne direction, elle estime que cela est encore insuffisant et ne garantit pas une protection satisfaisante.

Déposée en 1986, l'initiative populaire de la Fédération suisse protectrice des animaux «pour une réduction stricte et progressive des expériences sur les animaux (Limitons strictement l'expérimentation animale!)» entendait faire effectuer à la législation helvétique un renversement de paradigme; au lieu d'autoriser l'expérimentation animale tout en mettant en place des garde-fous, celle-ci aurait été interdite, seules quelques exceptions concernant des cas d'importance primordiale étant prévues. Afin de contrôler ces dernières, les organisations de protection des animaux auraient joui d'un droit de recours et de plainte. Le gouvernement et les chambres avaient rejeté cette initiative et lui avaient opposé, en 1991, un contre-projet indirect sous la forme d'un renforcement des prescriptions de la loi sur la protection des animaux.