Ende Jahr präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs. Demnach stellt der Bund im Einführungsjahr der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen insgesamt rund CHF 2,5 Mrd. für die neuen Ausgleichsgefässe zur Verfügung. Von der Ausgleichssumme des Bundes gehen 72,5% (CHF 1,8 Mrd.) in den vertikalen Ressourcenausgleich und 27,5% (CHF 682 Mio.) in den geografisch-topografischen und den soziodemografischen Lastenausgleich. Der durch die ressourcenstarken Kantone finanzierte horizontale Ressourcenausgleich beträgt 70% des vertikalen Ressourcenausgleichs (rund CHF 1,26 Mrd.). Mit diesen Beschlüssen entsprach der Bundesrat der Stellungnahme der Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) und der überwiegenden Mehrheit der Kantone. – Für den zeitlich befristeten Härteausgleich, der jenen ressourcenschwachen Kantonen zugute kommt, die durch den Übergang zur NFA nicht ein bestimmtes Mindestausmass an finanzieller Entlastung erfahren, stellt der Bund CHF 287 Mio. bereit, die Kantone weitere CHF 143 Mio. Beim Übergang zur NFA sind (mit Ausnahme des Härteausgleichs) die finanziellen Be- und Entlastungen zwischen Bund und Kantonen insgesamt ausgeglichen. (Zu den Geberkantonen gehören gemäss Globalbilanz 2004/05 BL, GE, NW, SZ, TI, ZG und ZH; Empfängerkantone sind AG, AI, AR, BE, BS, FR, GL, GR, JU, LU, NE, OW, SG, SH, SO, TG, UR, VD und VS.)

In der Vernehmlassung war die Vorlage auf ein insgesamt positives Echo gestossen. Namentlich die KdK, einzelne Kantone, der Städte- und Gemeindeverband, die Spitzenverbände der Wirtschaft und die politischen Parteien äusserten sich mehrheitlich wohlwollend. Die ressourcenstarken Kantone wollten ihren Beitrag im horizontalen Ressourcenausgleich jedoch auf zwei Drittel (statt 70%) des Beitrags des Bundes festgelegt haben, zudem sprachen sie sich für eine deutliche Gewichtsverschiebung vom geografisch-topografischen zum soziodemografischen Lastenausgleich aus, während der Härteausgleich nur an ressourcenschwache Kantone ausgerichtet werden soll, die beim Übergang zur NFA erheblich weniger Geld erhalten. Die SVP lehnte als einziger Vernehmlassungsteilnehmer den Entwurf ab aufgrund der vorgesehenen Ausgestaltung des Härteausgleichs und der aus ihrer Sicht fehlenden Darstellung der Einsparungen, die sich mit der NFA realisieren liessen.

Ende 2006 hatte der Bundesrat seine Botschaft zur Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs vorgestellt. Das dritte Paket zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen (NFA) hatte im Wesentlichen den Finanzausgleich im engeren Sinne zum Gegenstand. Dabei ging es um die Dotierung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs. Die Botschaft war unterteilt in drei Vorlagen von denen die erste den Bundesbeschluss über die Festlegung der Grundbeiträge des Ressourcen- und Lastenausgleichs beinhaltete. Hierbei ging es um die Festlegung des Beitrages der ressourcenstarken Kantone und jene des Bundes an den Ressourcenausgleich zu Gunsten der ressourcenschwachen Kantone. Andererseits bestimmt dieser Bundesbeschluss die Grundbeiträge des Bundes an Kantone mit Sonderlasten, dies im Rahmen des geografisch-topografischen und des soziodemografischen Lastenausgleiches. Der zweite Bundesbeschluss behandelte die Festlegung des Härteausgleichs, welcher jenen ressourcenschwachen Kantonen zugute kommt, die durch den Übergang zur NFA nicht ein bestimmtes Mindestmass an finanzieller Entlastung erfahren. Bei der dritten Vorlage ging es um eine Übergangsbestimmung zum IV-Gesetz, zur Regelung der beim Übergang zur NFA noch ausstehenden nachschüssigen Beiträge der IV an die Behinderteninstitutionen.

Besonders zu Reden gab der NFA im Kanton Tessin, welcher sich mit der Tatsache konfrontiert sah, neu zu den Nettozahlern des Systems zu gehören. Bei den früheren Berechnungen war er noch unter den Nettoempfängern gewesen. Diese Verschiebung sorgte in der Südschweiz für Verwunderung und Empörung. Man fragte sich, wie es sein könne, dass der Kanton mit den tiefsten Löhnen und der zweithöchsten Arbeitslosenquote zu den Reichen zählen kann. Der Grund für die Veränderung war allerdings nicht in Bern, sondern im Tessin selbst zu suchen, das eine erfreuliche wirtschaftliche Entwicklung durchgemacht hatte.

Der Ständerat behandelte die Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs zuerst. Dabei versuchten Vertreter der ressourcenstarken Kantone ohne Erfolg ihre Belastung zu reduzieren. Den Ressourcenausgleich dotierte der Ständerat mit 3,06 Mia Fr., wobei der Bund mit 1,8 Mia und die ressourcenstarken Kantone mit 1,26 Mia pro Jahr zur Kasse gebeten werden. Die Mehrheit des Ständerates war der Ansicht, dass Kürzungen das anvisierte Ziel gefährden würden, dass alle Kantone bei einem Landesmittel von 100% ein Ressourcenpotential von 85 Punkten erreichen. Den Härteausgleich, der zu zwei Dritteln vom Bund und zu einem Drittel von den Kantonen bezahlt wird, dotierte der Ständerat schliesslich mit 430 Mio Fr.

Die Debatte im Nationalrat über die Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs verlief ähnlich wie im Ständerat. Die grosse Kammer folgte dem Bundesrat und verwarf sämtliche Änderungsanträge. Beim Ressourcenausgleich scheiterten Begehren, die den auf 70% des vertikalen Ausgleichs festgesetzten horizontalen Ausgleich der Kantone reduzieren oder erhöhen wollten. Beim Härteausgleich scheiterte eine bürgerliche Minderheit mit dem Anliegen, den innert 28 Jahren abzubauenden Härteausgleich bereits zu Beginn um einen Viertel zu kürzen. Bundesrat Merz warnte erfolgreich davor, an diesem Gefäss etwas zu ändern, da es als „politisches Schmiermittel“ wichtig für die Akzeptanz des NFA sei.

Für Differenzen bei der Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs sorgten die Bestimmungen im IV-Gesetz zur Regelung der beim Übergang zur NFA noch ausstehenden nachschüssigen Beiträge der IV an die Behinderteninstitutionen. Von diesen nach altem Recht noch fälligen Zahlungen von 1,96 Mia Fr. hatte der Bund 736 Mio und die Kantone 245 Mio zu übernehmen. Die restlichen 981 Mio sollten gemäss Beschluss des Ständerates der IV belastet werden. Anstelle dieser Lösung beschloss der Nationalrat nun aber mit 113 zu 70 Stimmen, die 981 Mio nicht der IV, sondern je zur Hälfte Bund und Kantonen zu überbürden. Die Kommissionsmehrheit, bei der Vertreter des links-grünen Lagers und der SVP-Fraktion zusammenspannten, argumentierte, dass die Kantone finanziell mittragen sollten, was sie mit verantwortet hätten. Der Ständerat widersetzte sich dem Vorschlag des Nationalrates und schlug einen Kompromiss vor, als der Nationalrat an seinem Modell festhielt. Bei dieser Lösung sollten die 981 Mio hälftig auf die IV und die öffentliche Hand verteilt werden. Diesem Kompromiss schloss sich der Nationalrat in der Folge an.

Das Parlament verabschiedete im Berichtsjahr die Vorschläge des Bundesrats zur Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs. Der Ständerat befasste sich als erster damit und stimmte auf Antrag seiner Kommissionsmehrheit dem Bundesratsentwurf zu. Nachdem Eintreten unbestritten war, lehnte er mit 32 zu 12 Stimmen einen Antrag der Vertreter der finanzstarken Kantone ab, den Anteil dieser Kantone an den Grundbeitrag von den vom Bundesrat vorgeschlagenen 70% auf 68% zu senken. Nicht besser erging es auch dem von Abgeordneten der städtischen Kantone eingebrachten Antrag, den Lastenausgleichsfonds nicht je zur Hälfte für den Ausgleich von topographischen Lasten (d.h. Berggebiete) respektive von soziodemographischen Lasten (d.h. hohe Anteile an Armen, Alten und Ausländern) zu verwenden, sondern im Verhältnis 40% zu 60%. Ebenfalls abgelehnt wurde ein Antrag von gleicher Seite, den Härteausgleich für die ersten acht Jahre von den beantragten CHF 430 Mio. pro Jahr auf CHF 257 Mio. zu kürzen.
Auch im Nationalrat war Eintreten unbestritten. Der Rat lehnte in der Detailberatung Anträge der Linken resp. der SVP ab, den Beitrag der finanzstarken Kantone über resp. unter den vom Bundesrat beantragten 70% anzusetzen. Keine Gnade fanden auch Vorschläge der Linken und einigen städtischen Abgeordneten, den Anteil des soziodemographischen Lastenausgleichs von 50% auf 55% zu erhöhen, resp. von Parlamentariern aus finanzstarken Kantonen, den Beitrag an den Härteausgleichsfonds zu kürzen. Differenzen zwischen den beiden Kammern gab es einzig bei den Übergangsbestimmungen bei der Invalidenversicherung. Hier setzte sich die im Nationalrat von der Linken und der SVP unterstützte Forderung durch, dass entgegen dem Bundesratsvorschlag auch die Kantone einen Beitrag zur Sanierung dieser hoch verschuldeten Versicherung leisten müssen. In der Schlussabstimmung gab es im Ständerat beim Ressourcen- und Lastenausgleich 6 Gegenstimmen, beim Härteausgleich deren zwei. Im Nationalrat zählte man 2 resp. 12 Gegenstimmen. Die Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen wurde auf Anfang 2008 in Kraft gesetzt.