Alors que l’OFEN tablait sur 2'000 demandes , plus de 3'500 ont été déposées dès les premières semaines après l’ouverture de la procédure d’annonce. L’immense majorité concerne le photovoltaïque (plus de 80%). Une polémique a rapidement éclaté au sujet du principe d’octroi de la rétribution, à savoir « premier arrivé, premier servi ». En effet, les plus prompts à déposer leurs demandes ont été les entreprises électriques. Elles sont par conséquent les mieux placées pour remporter toute ou partie de la mise, quand bien même elles s’étaient vigoureusement opposées à cette mesure d’encouragement l’année précédente. De plus, en cas d’égalité en matière de date de dépôt des demandes, les grands projets seront privilégiés au détriment des plus modestes. L’Union suisse des paysans a vivement critiqué cette procédure qui exclut de fait l’immense majorité des projets présentés par les indépendants et les petits exploitants. Swissolar a pour sa part jugé nettement insuffisants les moyens à disposition au regard de l’objectif poursuivi. Les deux organisations ont ainsi réclamé une hausse substantielle des montants à disposition. L’OFEN a répondu que, la répartition du produit des différentes taxes étant fixée dans la loi, seule l’Assemblée fédérale pouvait la modifier pour accroître la part destinée à la rétribution à prix coûtant.

Dès 2009, le courant vert injecté dans le réseau sera rétribué à prix coûtant conformément à la modification de la loi sur l’énergie (LEn) décidée par l’Assemblée fédérale en 2007. L’objectif consiste à inciter les privés à investir massivement dans les énergies renouvelables, de telle sorte que, d’ici 2030, leur part dans la production électrique nationale atteigne 10%. Dans cette perspective, l’OFEN a arrêté une procédure par laquelle les producteurs d’électricité à partir d’énergies renouvelables (force hydraulique, photovoltaïque, énergie éolienne, géothermie et biomasse) peuvent annoncer leurs installations auprès de Swissgrid, afin de bénéficier de la rétribution à prix coûtant. Cette mesure est financée par une taxe d’encouragement fixée par l’OFEN à 0,45 centime/kWh et perçue par Swissgrid à partir du 1er janvier 2009. L’OFEN estime à 258 millions de francs son produit pour l’année 2009. 90 millions de francs seront affectés au financement des frais supplémentaires assumés par les entreprises électriques, en 2007 et 2008, pour reprendre les surplus d’énergie produits par des indépendants et les réinjecter dans le réseau. La rétribution à prix coûtant du courant vert injecté dans le réseau représentera quant à elle un coût d’environ 80 millions de francs. Le solde sera notamment destiné à la couverture des risques des projets de géothermie.