Das Berichtsjahr war geprägt von Diskussionen über den Kredit für Bildung, Forschung und Innovation (BFI) für die Jahre 2008–2011. Ursprünglich hatte der Bundesrat eine Erhöhung von 4.5 Prozent vorgesehen. EDK, Universitäten, Fachhochschulen, Akademien und Nationalfonds (SNF) verlangten jedoch einen substantielleren Ausbau, um die Wettbewerbsfähigkeit des Forschungsplatzes Schweiz zu halten. Nach ausgiebiger Debatte einigten sich die Räte schliesslich gemäss einer Motion der FDP-Fraktion (Mo. 06.3408), die BFI-Ausgaben um bis acht Prozent aufzustocken. SVP und CVP hatten mindestens sechs Prozent, SP und Grüne gar bis zu zehn Prozent verlangt; der Ständerat hatte zuvor einer Motion Langenberger (fdp, VD; Mo. 06.3303) folgend bereits für eine Erhöhung um sechs Prozent optiert. Bundesrat Pascal Couchepin wies vergeblich auf die nötige Unterstützung der Kantone hin, er hätte einen bescheideneren, dafür nachhaltigen und konstanten Ausbau vorgezogen. Abgelehnt wurde ein Postulat der FDP-Fraktion (Mo. 06.3396), das die Schaffung eines Innovationsfonds verlangte, der aus dem Verkauf eines Teils der Swisscom-Aktien des Bundes zu speisen sei.

In der Botschaft vom 24. Januar formulierte der Bundesrat die Leitlinien, Ziele und Massnahmen zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation (BFI) für die Kreditperiode 2008–2011. Mit elf Finanzierungsbeschlüssen wurden Mittel in der Höhe von CHF 20 Mrd. beantragt. Ausserdem unterbreitete der Bundesrat Entwürfe zur Änderung von vier bestehenden Gesetzen und für die Genehmigung eines neuen Bundesgesetzes. Das Gesamtkreditvolumen aller BFI-Fördermittel soll in den Jahren 2008–2011 jährlich um durchschnittlich sechs Prozent wachsen. Die Botschaft umfasste alle nationalen Massnahmen in den Bereichen Berufsbildung, Hochschulen (ETH-Bereich, kantonale Universitäten, Fachhochschulen), Grundlagenforschung, anwendungsorientierte Forschung und Entwicklung, Innovation und Transfer des Wissens in Gesellschaft und Wirtschaft. Sie ist im Rahmen der Entwicklung des Reformprozesses im BFI-Bereich zu sehen, welcher mit der Schaffung der Fachhochschulen 1996 und dem Universitätsförderungsgesetz (UFG) von 1999 eingeleitet worden war.

Die BFI-Botschaft des Bundesrates wurde in der Sommersession zunächst vom Ständerat beraten und anschliessend in der Herbstsession vom Nationalrat. In der kleinen Kammer gab es bezüglich der Fachhochschulen einen Minderheitsantrag, der von Kommissionsvertretern (WBK-SR) aus dem bürgerlichen Lager wie auch der SP eingereicht wurde und mehr Geld für die Fachhochschulen forderte. Ein Minderheitsantrag Pierre Bonhôte (sp, NE) hatte das gleiche Anliegen, aber im Bereich der ETH. Der Ständerat lehnte beide Minderheitsanträge mit der Begründung ab, dass nicht nur in einem Gebiet mehr Geld gesprochen werden könne. Aus dem gleichen Grund lehnte er auch einen Minderheitsantrag von linker Seite in Bezug auf den Bundesbeschluss über die Finanzierung von Beiträgen an die Kantone für Ausbildungsbeiträge in den Jahren 2008-2011 ab, welcher CHF 150 Mio. zusätzlich für die Kantone reservieren wollte. Auch ein Minderheitsantrag von Vertretern der FDP, SP und CVP bezüglich der Schaffung eines neuen Bundesgesetzes, welches den in der BFI-Botschaft beschlossenen Zahlungsrahmen und Verpflichtungskredit für die Jahre 2008–2011 von allen Kreditsperren und Budgetkürzungen ausnehmen wollte, fand im Ständerat kein Anklang.

Im Zusammenhang mit der BFI-Botschaft des Bundesrates waren zahlreiche Motionen eingereicht worden: Eine Motion der FDP-Fraktion (Mo. 06.3272), welche den Bundesrat einlud, die Observation und Kontrolle der Massnahmen zur Umsetzung der in der neuen Bildungsverfassung beschlossenen Ziele sicherzustellen, lehnte der Ständerat im Gegensatz zum Nationalrat, welcher diese Ende 2006 angenommen hatte, ab. Der Bundesrat und die Kommission beantragten die Ablehnung der Motion, weil sie der Meinung waren, dass ihr Anliegen im Rahmen der BFI-Botschaft in Form des bewilligten Kredites für einen periodischen Bildungsbericht bereits erfüllt sei. Die im Vorjahr vom Ständerat überwiesene Motion Christiane Langenberger (fdp, VD; Mo. 06.3303), welche den Bundesrat aufforderte, im Rahmen der BFI-Botschaft 2008–2011, dem Parlament eine jährliche Krediterhöhung um mindestens sechs Prozent vorzuschlagen, war mit der Vorlage der betreffenden Botschaft des Bundesrates bereits erfüllt. Der Form halber überwies der Nationalrat die Motion nach der Beratung der Forschungsbotschaft ebenfalls. Die vom Nationalrat 2006 überwiesene Motion Markus Hutter (fdp, ZH; Mo. 06.3563), welche verlangte, dass zusätzliche Mittel für den BFI-Bereich nicht in ineffiziente Strukturen fliessen oder ermöglichen, dass andere Finanzträger sich auf Kosten des Bundes entlasten, lehnte der Ständerat ab. Die Kommission beantragte die Ablehnung der Motion, da die Stossrichtung für diffus gehalten wurde. Der Bundesrat hatte die Motion anfänglich unterstützt, hielt sie in der Zwischenzeit aber für überholt. Eine weitere Motion der FDP-Fraktion (Mo. 06.3377), welche den Bundesrat aufforderte, im Rahmen der BFI-Botschaft 2008–2011, dem Parlament eine jährliche Krediterhöhung um mindestens acht Prozent vorzuschlagen, wurde vom Ständerat abgelehnt, da die Regierung sich im Rahmen der BFI-Botschaft bereits für eine Steigerung um sechs Prozent jährlich ausgesprochen hatte.

m Zentrum der Diskussion im Nationalrat stand vor allem die Erhöhung der Bildungskredite. Während sich die CVP und die FDP für eine Steigerung der Mittel im Umfang von sechs Prozent aussprachen (wie in der BFI-Botschaft vorgeschlagen), wollten die SP und die Grüne Fraktion einen Zuwachs von mindestens acht Prozent. Die SVP-Fraktion forderte hingegen einen maximalen Zuwachs von 4.5 Prozent pro Jahr, da sie der Meinung war, dass es im System von Bildung, Innovation und Forschung zahlreiche Möglichkeiten gäbe, um die Effizienz zu steigern. Die FDP setzte sich für sechs Prozent Zuwachs ein, obwohl sie 2006 mit einer Motion acht Prozent Zuwachs verlangt hatte. Bei den Abstimmungen über die einzelnen Bundesbeschlüsse gab es meist zwei Minderheitseinträge, wobei die einen eine Erhöhung des Kredites wollten und die anderen eine Verringerung. Fast durchwegs entschied sich der Nationalrat für die von FDP und CVP unterstützten Anträge des Bundesrates.

Es gab im Wesentlichen zwei Differenzen zwischen den beiden Ratskammern. Zum einen ging es um einen Beschluss des Nationalrates, dem Nationalfonds (SNF) zusätzlich CHF 100 Mio. für die Overhead-Kosten zuzusprechen. Damit würden die Gelder für die Forschungsförderung vollständig den forschenden Institutionen (vor allem Hochschulen) zukommen und nicht teilweise für die Verwaltungskosten des Nationalfonds verwendet werden. Der Ständerat lehnte zunächst ab und willigte erst ein, nachdem der Nationalrat in einer zweiten Runde an seinem Beschluss festhielt. Gleich verhielt es sich auch mit dem Zentrum für angewandte Humantoxikologie, welches der Nationalrat mit CHF acht Mio. unterstützen wollte, während der Ständerat dies zunächst ablehnte, dann aber doch noch zustimmte.