Le 2 août 1990, les troupes irakiennes envahissaient le Koweït. Faisant suite à plusieurs interpellations parlementaires urgentes, le Conseil fédéral explicita, par le biais des interventions de R. Felber et J.-P. Delamuraz devant les Chambres, sa position par rapport à la crise du Golfe persique.

Le 2, puis le 7 août, le gouvernement condamna cette invasion. Après que le Conseil de sécurité de l'ONU eut adopté, le 6, la résolution 661, l'exécutif promulgua, le 7, une ordonnance prescrivant, de manière autonome, des mesures économiques envers l'Irak et le Koweït. Ainsi, pour la première fois de son histoire, la Suisse participait pleinement à des sanctions décidées par une organisation internationale. Tout commerce avec ces deux pays fut donc prohibé, de même que toutes les transactions financières, que ce soit avec les gouvernements, les entreprises ou les citoyens de ces deux Etats. Des exceptions furent néanmoins prévues pour les acheminements de médicaments et de denrées alimentaires au titre de l'aide humanitaire. En vertu de cela, des autorisations extraordinaires d'exporter à destination de l'Irak furent accordées par le DFEP, pour une valeur totale de 23 millions de francs.

Le chef du DFAE n'omit cependant pas de mentionner la responsabilité des pays industrialisés — y compris la Suisse — dans cette impasse, notamment par leurs exportations de technologies avancées ou d'armes. Une meilleure appréciation dans ces livraisons s'imposerait donc, selon le conseiller fédéral, ainsi qu'une plus grande prise en considération, dans ce domaine, des principes des droits de l'homme et de la possibilité de suspendre des autorisations déjà délivrées. Depuis l'automne 1980, les exportations d'armes à destination de l'Iran et de l'Irak sont, en Suisse, strictement interdites.

En ce qui concerne les ventes non militaires de la Suisse dans cette zone, J.-P. Delamuraz se voulut rassurant en spécifiant que les échanges, tant avec l'Irak qu'avec le Koweït, étaient relativement restreints. Environ 200 entreprises seraient, selon les premières estimations, touchées par les sanctions économiques prises. Pour le moment, les autorités fédérales n'entendent pas, selon J.-P. Delamuraz, indemniser ces industries en dehors des possibilités offertes par la garantie contre les risques à l'exportation (GRE) et la loi sur l'assurance-chômage.

Dans son analyse de la situation, le gouvernement arriva à la conclusion que la prise de sanctions économiques n'allait pas à l'encontre de la politique helvétique de neutralité et ce, pour deux raisons. Premièrement, l'Irak a sciemment violé les règles du droit international. Deuxièmement, la condamnation de cet Etat par la communauté des nations a été quasi unanime. Dans ce contexte, la Suisse ne pouvait, selon l'exécutif, rester à l'écart et faire abstraction de la solidarité internationale. Un tel comportement aurait, en effet, pu être interprété comme une approbation tacite de la politique irakienne. Lors de sa deuxième intervention devant la grande chambre, en décembre, le conseiller fédéral ne laissa guère planer de doutes quant à l'éclatement probable d'un conflit armé, notamment en raison de la résolution prise à fin novembre par le Conseil de sécurité de l'ONU, autorisant les membres de l'organisation à utiliser tous les moyens nécessaires pour faire appliquer les décisions prises antérieurement. Il estima qu'une telle éventualité aurait des répercussions sur l'approvisionnement helvétique, avant tout sur celui pétrolier, ainsi que sur la sécurité de l'Etat, des actions terroristes diverses ne pouvant être exclues.

Dans les deux Chambres, la plupart des parlementaires et des groupes félicitèrent, lors des débats, le gouvernement pour la rapidité de sa réaction. Bien qu'ayant accepté la prise de sanctions économiques, certains d'entre eux soulignèrent le changement intervenu, par cette action, dans la politique de neutralité de la Suisse. Lors des discussions menées au Conseil national, la question de l'appartenance à l'Organisation des Nations Unies se posa à nouveau.

La guerre du Golfe a relancé les débats sur la politique de neutralité de la Suisse. Après avoir participé pleinement, mais de manière autonome, aux sanctions économiques décrétées par l'ONU, la question s'est alors posée de savoir si le Conseil fédéral n'allait pas poursuivre son action dans la même logique en autorisant le survol du territoire helvétique par des avions militaires de la coalition internationale. Lors d'une émission à la radio alémanique, le secrétaire d'Etat, K. Jacobi, s'est même déclaré favorable à une telle autorisation. Selon lui, la guerre du Golfe revêtait un caractère particulier car elle ne mettait pas au prise deux Etats, mais un seul, l'Irak, face à l'ensemble de la communauté internationale; il se serait donc agi d'une action de police de l'ONU, raison pour laquelle la Suisse aurait pu soutenir la coalition en permettant le survol de son territoire, à l'instar de l'Autriche, autre pays neutre.

Quelques jours plus tard, après plusieurs séances extraordinaires consacrées à la crise du Golfe, le Conseil fédéral a pris le contre-pied des déclarations de son secrétaire d'Etat aux affaires étrangères et s'est prononcé pour une neutralité stricte, exprimant ainsi sa fidélité à une application traditionnelle du droit de neutralité, codifié dans le traité de la Haye (1907). Le Conseil fédéral a justifié sa décision comme suit: il faut distinguer sanctions économiques et autorisation de survol; le conflit du Golfe peut toujours se transformer en un conflit entre deux Etats; le maintien de la stricte neutralité réduit les risques de terrorisme; une telle position de la Suisse augmente ses chances de pouvoir jouer un rôle d'intermédiaire et, enfin, le cas de l'Autriche est différent car elle est membre de l'ONU. Tous les partis gouvernementaux ont approuvé la position du Conseil fédéral; cependant le porte-parole du Parti radical a estimé que la position de stricte neutralité était en contradiction avec l'adoption des sanctions économiques contre l'Irak.

Lors de la session spéciale des Chambres fédérales du mois de janvier, la déclaration du Conseil fédéral sur la guerre du Golfe, prononcée par le président de la Confédération, F. Cotti, a été relativement bien accueillie. Le gouvernement a mis l'accent sur la tenue d'une conférence internationale sur le Moyen-Orient après la fin du conflit qui pourrait se tenir sur sol helvétique. Par la même occasion, il a également condamné l'intervention violente des troupes soviétiques dans les républiques baltes. La grande majorité des députés s'est montrée, dans l'ensemble, satisfaite de la position du Conseil fédéral durant la crise du Golfe. Cependant, quelques parlementaires ont reproché un certain manque de cohérence du Conseil fédéral dans l'application de la politique de neutralité.

Les sanctions économiques envers le Koweit ont été levées après la libération du pays en mars 1991. L'ordonnance du 7 août 1990 a ainsi été modifiée et ne s'applique plus désormais qu'à l'Irak. L'embargo contre l'Irak a toutefois été quelque peu allégé; le Conseil de sécurité de l'ONU l'a ainsi autorisé à exporter une certaine quantité de pétrole pour financer l'achat de nourriture et de médicaments.

C’est suite à l’approbation de la Résolution 1483, par le Conseil de sécurité des Nations-Unies, que la plupart des mesures d’embargo appliquées depuis 1990 ont été levées. Il s’agit des interdictions de commerce, de transferts de fonds à destination de l’Irak et de restrictions au niveau du trafic aérien. L’interdiction des livraisons de biens d’armement n’a pas été levée et de nouvelles dispositions ont été introduites en matière de commerce des biens culturels.