An der Delegiertenversammlung Mitte April 2016 in Bern wählte die FDP ein neues Präsidium. Philip Müller (fdp, AG), 2015 in den Ständerat gewählt, trat etwas überraschend als Präsident zurück, weil er sich ganz auf die Kantonsvertretung konzentrieren wolle. Er hatte das Amt 2012 von Fulvio Pelli (fdp, TI) als zuerst «belächelter Nichtakademiker» (NZZ) übernommen und wurde in Bern für seinen «unermüdlichen Einsatz» gefeiert, der als mitursächlich für die «Positivspirale» und die jüngsten eidgenössischen Wahlerfolge betrachtet wurde. Seine «direkte, bodenständige und ehrliche Art» habe geholfen, neue Wählerinnen und Wähler zu gewinnen, war der Medienmitteilung der Partei zu entnehmen.
Zur Nachfolgerin Müllers wurde Petra Gössi (fdp, SZ) gekürt – als einzige sich zur Verfügung stellende Kandidatin einstimmig und ohne Enthaltungen. Die 40-jährige ehemalige Schwyzer Kantonalparteipräsidentin war 2011 in den Nationalrat gewählt worden und hatte den Sitz 2015 erfolgreich verteidigt. In den Medien wurde der dritten Frau an der Spitze des Freisinns (nach Christiane Langenberger und Marianne Kleiner) wenig Kredit eingeräumt. Es werde für die als «trocken» geltende und in Bern noch nicht sehr bekannte Wirtschaftsberaterin nicht leicht werden, die FDP in ihrer momentanen Bestform zu halten, argwöhnte etwa der Sonntagsblick. Darüber hinaus könne sie sich im Gegensatz zu Müller kaum glaubhaft von der Finanzwirtschaft distanzieren. In einigen Medien wurde eine von ihr beratene Firma mit den Panama Papers in Verbindung gebracht. Le Temps prognostizierte einen «changement de génération, mais aussi du style».
Neben Gössi wurden neu Andrea Caroni (fdp, AR), Philippe Nantermod (fdp, VS) und Christian Vitta (Ti, fdp) ins Vize-Präsidium gewählt. Christian Wasserfallen (fdp, BE), von vielen Medien als Nachfolger für Müller gehandelt, und Christian Lüscher (fdp, VD) wurden im Vizepräsidialamt bestätigt. Gössi bezeichnete die fünf im Schnitt 40 Jahre alten Vizepräsidenten als ihre «Boygroup». Aus dem Präsidium zurückgetreten waren neben Müller auch Vincenzo Pedrazzini (SZ, fdp), Carlo Speziali (TI, fdp) und Isabelle Moret (fdp, VD). Nach ihrer Wahl zur neuen FDP-Präsidentin trat Gössi aus dem Vorstand des Gewerbeverbands und des Hauseigentümerverbands zurück.

Der Rücktritt von Marianne Kleiner (fdp) im Kanton Appenzell Ausserrhoden bescherte ihrer Partei Probleme. Die FDP wollte ihren Sitz mit Andrea Caroni verteidigen, wurde jedoch von der SVP mit Regierungsrat Köbi Frei angegriffen. Frei galt als erfahren und beliebt, kam aber letztlich überraschend deutlich nicht an Caroni vorbei, der 51,5% der Stimmen, und damit 21 Prozentpunkte mehr als Frei (30,5%) erhielt. Chancenlos blieben auch die Kandidaturen der CVP (10,6%), die mit Max Nadig angetreten waren und der Grünen (6,4%), die Samuel Büechi ins Rennen geschickt hatten. Das deutliche Resultat wurde auf das allfällige kantonal-nationale Doppelmandat von Frei zurückgeführt. Die Wahlbeteiligung lag zwar mit 47,5% unter dem nationalen Mittel, war aber bedeutend höher als 2007 bei der kampflosen Bestätigung von Kleiner (33,3%).

Im Kanton Appenzell Ausserrhoden wurde Marianne Kleiner (fdp) kampflos wieder in den Nationalrat gewählt. Auch im Kanton Appenzell Innerrhoden gab es keine Gegenkandidaten zum Bisherigen Arthur Loepfe (cvp) und dieser wurde problemlos gewählt.

Im Nationalrat beantragte Scherer (svp, ZG), auf den Entwurf zur Verlängerung der Finanzhilfen für familienergänzende Kinderbetreuung nicht einzutreten, da Kinderbetreuung keine Aufgabe des Staates sei; einmal mehr wurde das Schreckgespenst der sozialistischen Denkmuster der Sowjetunion und Chinas bemüht. SP, CVP und GP sprachen sich klar für Eintreten aus. Die FDP meldete sich nicht zu Wort, doch stimmte die Fraktion schliesslich grossmehrheitlich für Eintreten, welches mit 121 zu 59 Stimmen beschlossen wurde. In der Detailberatung ging es ausschliesslich um die Höhe des neuen Verpflichtungskredites. Die Kommissionsmehrheit beantragte, bei den höchstens CHF 200 Mio. der ersten Tranche zu bleiben, um keine Möglichkeiten der Entwicklung zu verbauen; nicht abgeholte Gelder würden ja, wie in der Periode 2003-2007, im Bundeshaushalt verbleiben. Kleiner (fdp, AR) stellte einen Kompromissantrag auf CHF 120 Mio. Zwei weitere Minderheiten mit annähernd den gleichen Vertretern aus SVP und Rechtsfreisinn verlangten, entweder dem Bundesrat zu folgen (CHF 60 Mio.) oder den Rahmenkredit gar zu halbieren (CHF 30 Mio.). Für eine Streichung des Kredits bei gleichzeitiger Erhöhung des Bundesbeitrags an die Familienzulagen um jährlich CHF 50 Mio. sprach sich Wäfler (edu, ZH) aus. Knapp mit 96 zu 89 Stimmen konnte sich schliesslich der Antrag der Mehrheit (CHF 200 Mio.) durchsetzen. SP und GP votierten geschlossen dafür, ebenfalls eine Mehrheit der CVP. 31 Vertreterinnen und Vertreter der FDP gaben dem Antrag Kleiner den Vorzug, sechs jenem der Mehrheit. Von der SVP unterstützten lediglich die beiden Bündner Gadient und Hassler die Kommissionsmehrheit.

Eintreten war im Ständerat unbestritten. Die Mehrheit der Kommission beantragte aber eine Reduktion auf CHF 120 Mio. Während der vom Bundesrat vorgeschlagene Betrag von CHF 60 Mio. angesichts der in der Periode 2003-2007 voraussichtlich gesprochenen CHF 107 Mio. als zu gering erachtet wurde, schienen CHF 120 Mio. der Realität angemessen; dieser Betrag hätte auch den Vorteil, nicht zu einer so weitreichenden Lösung der Schuldenbremse zu führen, was anderswo möglicherweise unliebsame Einsparungen bedeuten würde. Eine Minderheit aus SP und CVP, welche die Unterstützung von Langenberger (fdp, VD) fand, setzte sich für die Fassung des Nationalrates ein, da gerade in ländlichen Gebieten noch ein hoher Nachholbedarf bestehe, eine Kürzung ein negatives Signal an die Kantone, die Gemeinden und die privaten Firmen aussenden würde und es sich ja lediglich um einen Verpflichtungskredit und keine konkrete finanzielle Zusage handle. Ein Antrag Kuprecht (svp, SZ), dem Bundesrat zu folgen, den Bundesrat Couchepin noch einmal halbherzig verteidigte, unterlag deutlich mit 33 zu 9 Stimmen. Die Mehrheit setzte sich mit 28 zu16 Stimmen gegen die Minderheit durch. Die Ausgabe wurde einstimmig genehmigt.

In der Differenzbereinigung im Nationalrat versuchte eine Kommissionsmehrheit, zumindest einen Kompromiss zu erreichen und beantragte CHF 160 Mio. Sie machte geltend, die Konstruktion derartiger Finanzhilfen sei so, dass es sehr viel sinnvoller ist, zu viel Geld zu beschliessen als zu wenig. Wenn zu wenig gesprochen werde, müssten Projekte abgelehnt werden, oder es käme ein sehr komplizierter Verteilungsapparat in Gang, um das Geld auf die Kantone zu verteilen, was im Interesse des Anliegens unbedingt vermieden werden sollte. Wenn zu viel Geld beschlossen werde, habe das insofern keine Folgen, als nichts ausgegeben wird, was nicht durch ein konkretes Projekt nachgefragt ist. Die Minderheit vor allem aus der FDP befand dagegen, dass die höchstens CHF 120 Mio. durchaus genügten, um den allfälligen Bedürfnissen Rechnung zu tragen, weshalb keine weiteren Beträge nötig seien. Erneut sehr knapp, mit 88 zu 85 Stimmen, setzte sich schliesslich die Minderheit durch.

Auf der Delegiertenversammlung vom August in Murten (FR) wurde Fulvio Pelli einstimmig als Parteipräsident bestätigt. Nationalrätin Gabi Huber (UR) wurde ebenso einstimmig als Nachfolgerin von Marianne Kleiner (AR) zur Vizepräsidentin an der Seite von Léonard Bender (VS) und Nationalrat Ruedi Noser (ZH) gewählt.

Nach ihrem Nein zur Volksinitiative „Nationalbankgewinne für die AHV“ (Kosa-Initiative) und ihrer Zustimmung zu den Sonntagsverkäufen in Bahnhöfen empfahlen die Delegierten der FDP an ihrem Parteitag in Mendrisio (TI) das neue Partnerschaftsgesetz mit 142:8 Stimmen bei sieben Enthaltungen zur Annahme. Mit 160:2 Stimmen billigten sie die Union der Freisinnigen und Liberalen. Die vertiefte Zusammenarbeit mit der LP werde die Probleme des Freisinns aber gemäss FDP-Parteipräsident Pelli nicht lösen. Um den Wählerschwund zu stoppen, brauche es ein klares und mutiges, eigenständiges Profil: Einerseits soll die Delegiertenversammlung aufgewertet werden, indem sie künftig wichtige Positionen, die zuvor allein von den Leitungsgremien vorgegeben wurden, diskutiert und verabschiedet; so erteilte die Basis der Parteileitung grünes Licht, sich dafür einzusetzen, dass mit dem Nationalbankgold Schulden der IV abgebaut werden. Andererseits sollen die Kantonalparteien ihre Positionen besser mit der FDP Schweiz absprechen, vor allem, wenn es um kantonale Fragen von nationaler Bedeutung geht. Um die entsprechenden Kontakte zu intensivieren, nimmt sich jedes Geschäftsleitungsmitglied einer Region an: Marianne Kleiner (AR) der Ostschweiz, Ruedi Noser (ZH) der Nordwestschweiz und Berns, der Walliser Kantonalpräsident Léonard Bender der Westschweiz, die Tessiner Regierungsrätin Marina Masoni ihres Heimatkantons und Parteipräsident Fulvio Pelli des Kantons Zürich. Der Luzerner Nationalrat Georges Theiler, einziges Nicht-Mitglied des Präsidiums, stellt die Verbindung zur Innerschweiz sicher.

Anfang November teilte Rolf Schweiger der FDP seinen sofortigen Rücktritt als Parteipräsident mit. Er begründete diesen Schritt mit einem Burn-out-Syndrom, das in den letzten Wochen an Intensität zugenommen habe. Vizepräsidentin Marianne Kleiner (AR) übernahm interimistisch die Parteileitung. Eine vom Glarner Ständerat Fritz Schiesser präsidierte Findungskommission erhielt den Auftrag, für das Parteipräsidium geeignete Kandidaten zu kontaktieren, aber auch strukturelle Fragen wie jene einer weiteren Professionalisierung des Präsidiums und der dazu erforderlichen finanziellen Ausstattung zu erörtern. Dass sich diese Fragen nicht trennen liessen, war insbesondere bei dem von der Presse als potentiellem Nachfolger gehandelten Felix Gutzwiller (ZH) offensichtlich, der das Amt nicht übernehmen könnte, ohne sich von einem Teil seiner zahlreichen anderen Funktionen in Wissenschaft und Wirtschaft zu trennen. Als weitere Anwärter galten Didier Burkhalter (NE), Ruedi Noser (ZH), Marianne Kleiner (AR), Fulvio Pelli (TI) und Georges Theiler (LU). Ende Dezember unterbreitete die Findungskommission der Geschäftsleitung einen Doppelvorschlag mit den Nationalräten Fulvio Pelli (TI) und Georges Theiler (LU). Die Wahl des neuen Präsidenten ist für April 2005 vorgesehen.

Mitte November lancierte ein freisinniges Komitee eine eidgenössische Volksinitiative „Verbandsbeschwerderecht – Mehr Wachstum für die Schweiz“ mit dem Ziel, Beschwerden von Umweltverbänden auszuschliessen, wenn ein Bauprojekt in einer Volksabstimmung oder von einem kommunalen, kantonalen oder nationalen Parlament gutgeheissen wurde. Zum 27-köpfigen Initiativkomitee gehörten neben Zürcher Freisinnigen prominente FDP-Mitglieder anderer Kantone, namentlich Marianne Kleiner (AR), Georges Theiler (LU), Charles Favre (VD), Duri Bezzola (GR), Françoise Saudan (GE) und Léonard Bender (VS). Die Kantonalsektionen BS, FR, GE, GR, NW, SG, TG, TI, UR, VD, VS und ZG schlossen sich dem Begehren an.

An der Delegiertenversammlung in Zofingen (AG) machte Parteipräsident Schweiger – nicht zuletzt im Hinblick auf die Sololäufe von Neu-Nationalrat Filippo Leutenegger (ZH) – klar, dass er von seiner Partei künftig einen einheitlichen Auftritt erwarte. Vor einem Sachentscheid seien Meinungsvielfalt und Debatten erwünscht, nach der Ausmarchung aber dürfe es kein Abweichlertum mehr geben. Mit 257:10 Stimmen bei 2 Enthaltungen beschlossen die Freisinnigen die Ja-Parole zur NFA, die im November zur Abstimmung kam, und mit 263:25 Stimmen bei einer Enthaltung resp. 250:45 Stimmen die Annahme der Einbürgerungsvorlagen. Die Konferenz der Kantonalpräsidenten hatte die Nein-Parole zur Post-Initiative herausgegeben. Hauptgeschäft der Delegiertenversammlung bildete aber der Ausbau der Führungsstrukturen der Partei. Neu ins Vizepräsidium gewählt wurde der Kantonalpräsident der Walliser FDP, Léonard Bender. Er teilt sich das Amt mit der Tessiner Regierungsrätin Marina Masoni, die Gabriele Gendotti ablöste. Bestätigt wurden zudem der Zürcher Nationalrat Ruedi Noser und seine Ausserrhoder Kollegin Marianne Kleiner, die neu als Stellvertreterin Schweigers amtiert. Ausserdem nahmen Daniel Helfenfinger (SO) als Vertreter der Jungpartei sowie Marianne Dürst (GL) für die FDP-Frauen im siebenköpfigen Spitzengremium Einsitz. Die FDP-Frauen wählten mit der früheren FDP-Sprecherin Barbara Perriard erstmals eine eigene Generalsekretärin. Schliesslich bestellten die Freisinnigen einen für die politische Aussenwirkung der Partei zuständigen Koordinationsausschuss, der die Bundeshausfraktion stärker in die Führungsarbeit einbindet, sowie die mit 15 neuen Mitgliedern aufgestockte Geschäftsleitung.

Im Juli lancierte ein Komitee „Pro Jugendschutz – gegen Drogenkriminalität“ die Volksinitiative „Für eine vernünftige Hanf-Politik mit wirksamem Jugendschutz“. Diese „Hanfinitiative“ verlangt die Straffreiheit für den Konsum, Besitz und Erwerb von psychoaktivem Hanf zum Eigenbedarf sowie eine staatliche Kontrolle von Anbau und Handel. Letzteres könnte in Konflikt stehen mit einer UNO-Vereinbarung, die seit 1970 auch für die Schweiz gilt. Der Entwurf zur BetMG-Revision hatte ebenfalls ein behördliches Toleranzregime für Anbau und Handel vorgesehen, dieses aber mit einer Kann-Formulierung versehen, was jederzeit eine Aufhebung ermöglicht hätte. Trotz dieser völkerrechtlichen Unklarheit nahmen im Initiativkomitee neben Vertretern der SP – Cavalli (TI), Fetz (BS), Garbani (NE), Janiak (BL) und Wyss (BE) – und der Grünen (Lang, ZG und Müller, AG) – auch Abgeordnete aus den bürgerlichen Bundesratsparteien – Kleiner (AR), Markwalder-Bär (BE) und Noser (ZH) für die FDP sowie Frick (SZ) und Maissen (GR) für die CVP – bis hin zur SVP (Jenny, GL) Einsitz.

Um die Diskussion an der Basis über die Zukunft der Partei anzuregen, setzte die FDP Anfang Dezember drei Arbeitsgruppen ein: Die erste Arbeitsgruppe „avenir radical“ unter der Leitung des neu gewählten Zürcher Nationalrats und FDP-Vizepräsidenten Ruedi Noser sollte das Programm der FDP durchleuchten; die zweite Arbeitsgruppe „Wahlvorbereitung April04“ unter der Leitung der Appenzell Ausserrhoder Nationalrätin und FDP-Vizepräsidentin Marianne Kleiner befasste sich mit Personalfragen, welche im Rahmen der turnusgemässen Wahlen für Präsidium und Geschäftsleitung an der FDP-Delegiertenversammlung vom April 2004 geregelt werden sollen; die dritte Arbeitsgruppe unter der Leitung von Generalsekretär Guido Schommer hatte schliesslich den Auftrag, die Parteistrukturen zu überprüfen. Das Ziel sei eine flexiblere und effizientere Arbeitsweise. Das gesamte Projekt wird den Delegierten im Januar 2004 vorgestellt.

Anfangs Februar kam es in Appenzell-Ausserrhoden zu Gesamterneuerungswahlen der Regierung. Dabei blieb alles beim alten. Die sieben Bisherigen – vier Freisinnige, ein Parteiloser und je eine SP- und eine SVP-Vertretung – wurden im Amt bestätigt. Drei der sieben Regierungsmitgliedern amtierten erst seit dem Juni des vergangenen Jahres, ein vierter Sitz wurde vor zwei Jahren neu besetzt. Die Parteien verzichteten aus diesem Grund auf Kampfkandidaturen. Am meisten Stimmen holte Werner Niederer (sp); mit geringen Abständen folgten Hans Altherr (fdp), Alice Scherrer (fdp), Marianne Kleiner (fdp) und Jakob Brunnschweiler (fdp). Mit grösserem Abstand kam Gebi Bischof (fdp) auf den sechsten und Hans Diem (svp) auf den siebten Rang. Unbestritten war auch die Bestätigung von Marianne Kleiner im Amt als Frau Landammann.

An einer Delegiertenversammlung vom 18. April in Bern wurde Regierungsrätin Marianne Kleiner (AR) als Nachfolgerin von Ständerätin Vreny Spoerry (ZH) ins FDP-Vizepräsidium gewählt.

Fünf Jahre nach Einführung des Frauenstimmrechts wählte Ausserrhoden - als zweiter Kanton nach Bern - gleich zwei Frauen in die Regierung. Während die fünf Bisherigen an der Landsgemeinde problemlos ihre Wiederwahl schafften, bewarben sich insgesamt sechs Kandidaten für die freiwerdenden Sitze von Hans Ueli Hohl und Alfred Stricker (beide fdp), darunter auch erstmals die kleinen Parteien CVP und SVP. Mit Marianne Kleiner (fdp) und der ebenfalls von der FDP portierten Alice Scherrer (parteilos) schafften die beiden weiblichen Kandidaten den Sprung in den Regierungsrat, zumal sie auch von der SP und dem Bunten Ausserrhoden Unterstützung erhielten. Ausserrhoden ist damit der erste Ostschweizer Kanton, in dem Frauen Einzug in die Exekutive hielten.