Bei den Wahlen konnte die AP die früheren Erfolge nicht wiederholen. In der Waadt und im Jura trat sie gar nicht erst an, und im Kanton Bern erzielte sie bei einem Wähleranteil von 1.9 Prozent nur einen einzigen Sitz. Da sie auch in der Stadt Zürich leer ausging (Stimmenanteil 3.3 Prozent), blieben ihr als einziges Erfolgserlebnis die Wahlen in der Stadt Winterthur. Hier eroberte sie bei einem Wähleranteil von 6.0 Prozent drei Sitze.

Wahlkampfthemen waren vor allem die Asyl- und Drogenpolitik; so sollte der Bundesrat gemäss den Vorstellungen der AP die Genfer Flüchtlingskonventionen kündigen und einen Einwanderungsstopp verhängen, der mit militärischen Mitteln durchgesetzt würde. Eher am Rande figurierte das Thema der Europapolitik; am Parteitag in Kirchberg (SG) vom 31. August lehnte Parteipräsident Jürg Scherrer sowohl den EWR-Vertrag als auch einen eventuellen EG-Beitritt ab. Das erklärte Ziel für die Nationalratswahlen war die Fraktionsstärke; die AP schoss mit sechs Sitzgewinnen (neu acht) sogar darüber hinaus und konnte ihren bisherigen Wähleranteil fast verdoppeln (auf 5.1 Prozent), womit sie zu den eigentlichen Wahlsiegerinnen gehörte. Gemäss den Erhebungen der VOX-Analyse hat ungefähr die Hälfte der AP-Wählerschaft aus Unzufriedenheit über die behördliche Asylpolitik für diese Partei gestimmt. Ein Kennzeichen dieser Wählerschaft war im übrigen ein geringes oder sogar vollständig abwesendes Vertrauen in den Staat. Gegenüber 1987 hat sich ein Ausgleich bezüglich Alter und Geschlecht der Wählerschaft ergeben. Auf kantonaler und kommunaler Ebene wurde das rasante Vorprellen der AP – insgesamt 47 Sitzgewinne in kantonalen Parlamenten seit 1987 allerdings etwas gebremst; nur im Kanton Zürich konnte sie neu zwei Mandate gewinnen, im Kanton Baselland ging sie leer aus. Eine neue Kantonalpartei wurde in Appenzell-Ausserrhoden gegründet.

Bei den kantonalen Wahlen in Bern verlor die FPS zwei weitere Sitze und büsste mit nunmehr vier Mandaten den Fraktionsstatus ein.

Bei den Nationalratswahlen verlor die ehemalige Autopartei alle ihre bisherigen sieben Sitze. Ihr Stimmenanteil ging von 4.0 auf 0.9 Prozent zurück. Ihre ehemaligen Abgeordneten Ulrich Giezendanner (AG) und Roland Borer (SG) schafften die Wiederwahl auf SVP-Listen und verhalfen damit der SVP zu Sitzgewinnen.

Im November wurde im Anschluss an die Präsidentenkonferenz in Aarau bekannt gegeben, dass die FP weiterhin bestehen bleibe. Sowohl die Kantonalpräsidenten als auch die Kantonsparlamentarier hätten den Entschluss unterstützt. Die Konferenz beauftragte das Präsidium, die künftige Ausrichtung der Partei neu zu definieren. Parteipräsident Jürg Scherrer wurde im Amt bestätigt. Im Dezember beschloss die St. Galler-Kantonalpartei, welche die Bezeichnung Autopartei beibehalten hatte, sich aufzulösen. Die Hälfte ihrer zehn Kantonsräte war bereits vor den Nationalratswahlen zur SVP übergetreten.