Lors de son examen par les chambres, les débats se sont presque exclusivement concentrés sur la question, plutôt technique, de savoir si la reconduction de l’accord sur la libre circulation des personnes (projet 1), d’une part, et son extension à la Roumanie et à la Bulgarie (projet 2), d’autre part, constituaient deux questions indépendantes l’une de l’autre ou un seul et même sujet.
Au Conseil des Etats, le contenu du projet n’a pas été contesté. Estimant que les deux arrêtés relevaient d’une seule et même question, la majorité de la commission (CPE) s’est prononcée, contrairement à la proposition du Conseil fédéral, en faveur d'un seul arrêté fédéral (c’est-à-dire intégrer l’arrêté fédéral concernant l'extension de l'accord sur la libre circulation des personnes à la Bulgarie et à la Roumanie à l’arrêté fédéral concernant la reconduction de l’accord sur la libre circulation des personnes). En rapport avec les tensions entre la Suisse et l’UE sur la question de la fiscalité cantonale, une minorité Reimann (udc, AG) a proposé de n’entrer en matière que sur la reconduction de l’accord sur la libre circulation des personnes et de renvoyer au Conseil fédéral le projet portant sur son extension à la Bulgarie et à la Roumanie, avec mandat d'en suspendre l'examen jusqu'à ce que l'UE établisse une déclaration à caractère obligatoire aux termes de laquelle elle ne mettra plus en cause le système fiscal suisse. Le rapporteur de la commission, Dick Marty (prd, TI), a déclaré que faire cela reviendrait à tromper les citoyens en leur faisant croire qu’ils ont le choix d’accepter la reconduction de la libre circulation et de rejeter son extension. Selon le député tessinois, une libre circulation à la carte n’existe tout simplement pas. D’autres orateurs se sont également opposés à une séparation des deux objets, estimant que cela reviendrait à proposer au peuple un vote factice. Urs Schwaller (pdc, FR) a notamment déclaré que la libre circulation des personnes devait être considérée comme un dossier unique, sous peine de violer le principe de non-discrimination entre les Etats de l’UE. Déclarant qu’il serait antidémocratique de ne pas permettre au peuple de se prononcer séparément sur chacun des deux objets, Maximilian Reimann (udc, AG) a justifié son rejet de la solution consistant à lier les deux objets. Réunies lors de ce débat, les deux conseillères fédérales Eveline Widmer-Schlumpf et Micheline Calmy-Rey ont expliqué que le Conseil fédéral avait voulu souligner le rapport entre la reconduction et l’extension de la libre circulation en présentant un seul message pour les deux arrêtés fédéraux. Elles ont averti qu’un refus de la reconduction pour une durée indéterminée aurait pour effet, après six mois, l’application automatique de la «clause guillotine», qui entraînerait la dénonciation des six autres accords bilatéraux avec l’UE. Elles ont également ajouté que même si un non à l’extension de la libre circulation à la Bulgarie et à la Roumanie n’aurait pas de conséquences automatiques, il est plus que probable que l’UE n’accepterait pas que la Suisse discrimine deux de ses membres, et la Suisse devrait affronter de pénibles négociations avec l’UE. Le plénum a finalement suivi la proposition de la majorité de la commission et a lié les deux projets. Au vote sur l’ensemble, l’arrêté fédéral a été adopté par 34 voix contre 3.