En illustration indirecte de cette politique, l’Office fédéral de l’environnement, des forêts et du paysage (OFEFP) a posé son veto à la demande de l’EPFZ concernant la plantation d’une parcelle de blé génétiquement modifié, contenant la protéine KP4 («killer protein»). Ce refus fut le troisième en deux ans que l’office a opposé à une telle demande, rappelant que les connaissances scientifiques en la matière étaient insuffisantes et rendaient dangereuse cette expérience pour l’environnement et les humains. Cette décision a déclenché une véritable fronde au sein du monde scientifique et pharmaceutique qui y a vu une «attaque politique» de la part du directeur de l’OFEFP, Philippe Roch. Au lendemain de ce veto, cinq membres de la Commission fédérale d’experts pour la sécurité biologique (CFSB) ont rendu leur démission à Moritz Leuenberger, au prétexte que leur travail était selon eux systématiquement désavoué par l’OFEFP. De plus, une pétition de plusieurs dizaines de signatures de chercheurs et de représentants de la chimie suisse a été déposée à Berne. Lancée par Gen Suisse, elle demandait de retirer le dossier du génétique des mains de l’OFEFP et, plus précisément, de son directeur. Alors que l’EPFZ annonçait un recours contre la décision de l’office, l’USP et la Fondation pour la protection des consommateurs alémaniques (FPC) se sont déclarés très satisfaits de la position fédérale.

L’OFEFP a finalement autorisé l’Ecole polytechnique fédérale de Zurich à effectuer sa dissémination expérimentale de blé transgénique sur un site d’essai se trouvant à Lindau (ZH). L’OFEFP avait été désavoué par son conseiller fédéral de tutelle, Moritz Leuenberger, dont le département avait admis un recours de l’EPFZ. Le conseiller fédéral avait expliqué, dans le courant du mois de septembre, que la décision d’interdiction prononcée par l’office n’avait pas respecté le droit en vigueur. Il avait également reproché à son administration de s’être détachée de la décision de la Commission fédérale d’experts pour la sécurité biologique (CFSB). Des critères précis ont été édictés pour assurer une sécurisation maximale du site et éviter toute dissémination des pollens dans la nature. De plus, un suivi régulier des recherches, sous la surveillance des autorités zurichoises, devra être assuré. L’organisation Greenpeace et des habitants de Lindau ont annoncé leur intention de recourir contre cette décision.