Afin de maintenir la liaison à grande vitesse entre Neuchâtel et Paris, le Conseil d’Etat neuchâtelois a négocié avec les CFF et obtenu la conservation du sillon actuel permettant à la clientèle d’affaires de réaliser l’aller-retour dans la journée. Il a par contre dû se résigner à la suppression de deux liaisons par semaine d’avril à octobre en raison d’une fréquentation trop faible. Craignant que la mise en service du TGV Rhin-Rhône favorise la liaison Berne-Bâle-Paris au détriment de celle Berne-Neuchâtel-Paris, aujourd’hui rentable, le gouvernement neuchâtelois étudie la possibilité d’un raccordement de Neuchâtel et la Chaux-de-Fonds avec la nouvelle ligne TGV par Besançon (F).

Confirmant les craintes exprimées par les autorités neuchâteloises ces dernières années, la société Lyria, fruit du partenariat entre les CFF et la SNCF, a annoncé la réduction de moitié de l’offre de TGV reliant Berne à Paris via Neuchâtel à compter de l’entrée en vigueur du nouvel horaire, en décembre de l’année sous revue. La décision de supprimer l’une des deux liaisons quotidiennes est motivée par la perte de rentabilité résultant de la baisse de fréquentation de la ligne, notamment au départ de Berne, de plus en plus de bernois privilégiant la liaison Bâle-Paris ouverte en 2007. Cette seconde ligne a connu le sort inverse, le nombre de liaisons quotidiennes passant de quatre à cinq avec l’horaire 2010. Une rencontre a été organisée entre Lyria, le gouvernement neuchâtelois et d’autres représentants de collectivités publiques françaises et suisses concernées par la ligne, mais s’est avérée vaine. La mobilisation des autorités locales et régionales a toutefois permis la mise en place d’une liaison en train régional entre Berne et Frasne (F) afin de permettre à la clientèle de bénéficier de la desserte de la ligne Lausanne-Paris selon les mêmes horaires que la liaison TGV supprimée.