Anfang Jahr diskutierte Staatssekretär Charles Kleiber mit Mitgliedern der EU-Kommission die künftige Zusammenarbeit innerhalb des entstehenden europäischen Bildungs- und Forschungsraums. Zur Sprache kam die Assoziierung der Schweiz an das siebten Rahmenforschungsprogramm der EU für die Jahre 2007–2013 sowie die volle Teilnahme der Schweiz an den EU-Bildungsprogrammen ab 2007. Offen ist die Höhe des von der Schweiz zu leistenden finanziellen Beitrags. Die EU-Kommission möchte das Forschungsbudget im EU-Haushalt verdoppeln, was zur Folge hätte, dass sich auch der Schweizer Beitrag von jährlich CHF 220 Mio. auf CHF 440 Mio. erhöhte. Mit dem neuen Rahmenprogramm richtete die Kommission auch einen unabhängigen Europäischen Forschungsrat (EFR) ein. Dieser übernimmt in der europäischen Forschung eine vergleichbare Rolle wie in der Schweiz der Nationalfonds. Im Juli wurde der Schweizer Nobelpreisträger Rolf Zinkernagel in den 22-köpfigen ECR gewählt. In seiner Antwort auf eine Interpellation Randegger (fdp, BS) hielt der Bundesrat fest, dass eine finanzpolitische Beurteilung der Konsequenzen der Beteiligung der Schweiz am siebten Forschungsrahmenprogramm erst nach Vorliegen der Budgetentscheide der EU möglich sei. Er betonte aber, dass die EU-Rahmenprogramme die nationale Forschungsförderung und damit namentlich den SNF und die KTI grundsätzlich nicht ersetzen könnten, da die Schweiz neben der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit auch spezifische Anliegen an die Forschung habe.

Das Parlament genehmigte einen Verpflichtungskredit von CHF 2.545 Mrd. für die integrale Beteiligung der Schweiz am siebten Forschungsrahmenprogramm der EU für die Jahre 2007-2013. Es ermöglicht der Schweiz die Fortsetzung der heutigen Zusammenarbeit mit der Europäischen Union in den Bereichen Forschung, technologische Entwicklung und Demonstration. In der Eintretensdebatte bedauerten die Räte, dass die Botschaft zum BFI-Kredit 2008–2011 noch nicht vorliege. Bundesrat Pascal Couchepin wies darauf hin, dass sich dieser Kredit nicht über denselben Zeitraum erstrecke wie das EU-Programm; die Regierung werde die Botschaft deshalb erst im kommenden Jahr verabschieden. Im Nationalrat beantragte die SVP vergeblich Rückweisung des Geschäfts an den Bundesrat, um die Beratung bis zum Vorliegen der BFI-Botschaft auszusetzen. Das Anliegen der Grünen, den Kredit um den Betrag für die Euratom zu kürzen, blieb chancenlos, ebenso wie ein Antrag Walter Müller (fdp, SG), der die Bedürfnisse der KMU bei den nationalen Begleitmassnahmen besonders berücksichtigen wollte. Bezüglich des Controlling beschloss das Parlament, ein System mit Indikatoren einzuführen, um die Kostenwirksamkeit und die konkreten positiven Auswirkungen der Schweizer Beteiligung an den verschiedenen Programmen und Projekten zu ermitteln.