Kontroversen um geraubte Kunstgegenstände fanden aber nicht nur zwischen der Schweiz und dem Ausland statt, sondern auch unter Schweizer Kantonen. Vor allem der Kanton St. Gallen, ehemaliges Untertanengebiet der Eidgenossen, verlangte lautstark die Rückgabe von Kulturgütern, welche ihm zwischen dem 16. und dem 18. Jahrhundert entwendet worden waren. Der Zürcher Regierungsrat als Hauptakteur in dieser Angelegenheit weigerte sich, auf diese Rückforderungen einzutreten, worauf St. Gallen rechtliche Schritte erwog.

Was vor zwei Jahren als kulturhistorisches Geplänkel anfing, eskalierte in der Zwischenzeit zu einem ausgewachsenen Rechtshändel: der Kanton St. Gallen bekundete seine Bereitschaft, notfalls bis vor Bundesgericht zu gehen, um die ihm im Zweiten Villmergerkrieg von 1712 von den Berner und Zürcher Truppen entwendeten Bibliotheksschätze zurück zu erhalten. Während Bern das Raubgut bereits 1719 wieder nach St. Gallen überführt hat, lagern gewisse Objekte nach wie vor in Zürich, so etwa ein einmaliger Erd- und Himmelsglobus, der um 1570 angefertigt wurde, und der heute als Zürcher Leihgabe im Landesmuseum in Zürich ausgestellt ist.

Der seit mehreren Jahren andauernde Streit zwischen den Kantonen St. Gallen und Zürich über die Rückgabe der im Zweiten Villmergerkrieg 1712 von Zürich erbeuteten Kulturgüter konnte noch immer nicht beigelegt werden. Zürich stimmte zwar der Schaffung einer interkantonalen Stiftung grundsätzlich zu, konnte aber die in diesen Handel involvierten Institutionen (Zentralbibliothek, Landesmuseum, Staatsarchiv) nicht dazu bewegen, in absehbarer Zeit die bei ihnen eingelagerten Kulturgüter herauszurücken. St. Gallen war nicht mehr bereit, Zürich unbeschränkt Zeit zu gewähren und drohte ultimativ, die Angelegenheit vor Bundesgericht zu ziehen.

Der nun bereits seit Jahren andauernde Konflikt zwischen den Kantonen St. Gallen und Zürich über die Rückgabe der 1712 im Zweiten Villmergerkrieg von Zürich erbeuteten Kulturgüter der Abtei St. Gallen ging in eine weitere Runde. Nach anfänglichem Einlenken widersetzte sich der Kanton Zürich der Errichtung einer gemeinsamen Kulturgüterstiftung, da die Eigentumsfrage nicht habe geklärt werden können. Gewappnet mit einem rechtshistorischen sowie einem staats- und völkerrechtlichen Gutachten beschloss die St. Galler Regierung daraufhin, beim Bundesgericht staatsrechtliche Klage gegen den Kanton Zürich einzureichen. Sie betonte, es gehe ihr nicht um eine Prestigefrage, sondern darum, eine einst zusammenhängende Sammlung wieder zu komplettieren; schliesslich sei die St. Galler Stiftsbibliothek gerade wegen ihrer Vollständigkeit als UNESCO-Weltkulturerbe bezeichnet worden. Museumsfachleute erachteten diesen Händel als Präzedenzfall und verwiesen darauf, dass der Entwurf für ein Bundesgesetz über den internationalen Kulturgütertransfer ein Rückforderungsrecht von maximal 30 Jahren vorsieht.

Der seit Jahren dauernde Kulturgüterstreit zwischen den Kantonen St. Gallen und Zürich um die Rückgabe der im zweiten Villmergerkrieg (1712) von Zürich erbeuteten Kunstgegenstände soll Sache des Bundesrates werden. Nachdem er eine Klage vor Bundesgericht erwogen hatte, teilte der Kanton St. Gallen im September mit, er habe in Bern um Vermittlung ersucht. Die Kantonsregierung erklärte ihren vorläufigen Verzicht auf eine Klage mit der «freundeidgenössischen Verpflichtung, nach einer gütlichen Einigung zu suchen», eine Haltung, die der Kanton Zürich begrüsste. Aufgrund einer Bestimmung der neuen Bundesverfassung (Art. 44 Abs. 3) erklärte sich der Bundesrat bereit, die beantragte Vermittlerrolle zu übernehmen.

Der seit Jahren andauernde Streit zwischen den Kantonen St. Gallen und Zürich um die 1712 in den Villmergerkriegen von den Zürcher Truppen aus der Stiftsbibliothek St. Gallen entfernten Handschriften und astronomischen Geräte, die heute in der Zürcher Zentralbibliothek aufbewahrt werden, trat in eine neue Phase. Im November fand in Bern die erste Mediationssitzung unter Leitung des Bundesrates statt. Ermöglicht wird diese erste Vermittlung des Bundes in einer Streitsache zwischen Kantonen durch Art. 44 Abs. 3 der neuen Bundesverfassung.

Im Streit zwischen den Kantonen Zürich und St. Gallen um Kulturgüter, die im Zweiten Villmergerkrieg 1712 von Berner und Zürcher Truppen aus der Stiftsbibliothek St. Gallen nach Zürich gebracht worden sind, wurde ein erster Schritt hin auf eine gütliche Einigung getan. Unter Federführung des EDI vereinbarten die beteiligten Parteien ein Verfahren zur Beilegung der Auseinandersetzung. Konkrete Lösungen sollen bis Ende 2005 vorliegen. Es ist das erste Mal, dass der Bund bei einer rechtlichen Auseinandersetzung zwischen Kantonen als Vermittler tätig ist; er übernimmt allerdings keine Entscheids- oder Schiedsfunktion.

Der Kulturgüterstreit zwischen St. Gallen und Zürich konnte definitiv beigelegt werden. Unter Vermittlung des Bundes wurde eine einvernehmliche Lösung für den auf das Jahr 1712 zurückgehenden Streit gefunden. In der Ende März unterzeichnete Vereinbarung anerkennt St. Gallen das Eigentum Zürichs an den Kulturgütern, die seit dem 2. Villmerger Krieg im zürcherischen Besitz sind und heute in zürcherischen Institutionen und im Schweizerischen Landesmuseums in Zürich ausgestellt sind. Zürich akzeptiert seinerseits die Identitätsrelevanz dieser Kulturgüter für den Kanton St. Gallen und überlässt ihm deshalb im Rahmen einer unentgeltlichen Leihe 35 wertvolle Handschriften, die der Stiftung der Zürcher Zentralbibliothek gehören. Dieses Leihverhältnis gilt auf unbestimmte Zeit. Zudem lässt Zürich auf eigene Kosten eine originalgetreue Replik des 1712 beschlagnahmten Erd- und Himmelsglobus anfertigen und schenkt diese St. Gallen. Schliesslich erhielt St. Gallen das Original des Globus für eine Ausstellung von maximal vier Monaten ausgeliehen.