Aus dem von Bund und Kantonen gemeinsam getragenen und im Jahr 2011 ins Leben gerufenen Monitoringprogramm «Nationale Beobachtung Oberflächengewässerqualität» (NAWA) resultierte im Jahr 2016 ein Bericht, der erstmals einen Gesamtüberblick über den Zustand der Schweizer Fliessgewässer lieferte. Und dieses Bild fiel nicht sehr positiv aus. «Mit den Flüssen geht es bachab», titelte etwa die NZZ. Der ökologische Zustand der Gewässer, gemessen durch rund 100 Messstationen in mittelgrossen und grossen Fliessgewässern, wird von der Studie sehr unterschiedlich beurteilt. Zum einen habe die Belastung durch Nährstoffe deutlich abgenommen, was dem Ausbau der Abwasserreinigungsanlagen zu verdanken sei. An einigen Stellen, so auch in Gewässern, die an intensiv genutzte Landwirtschaftsgebiete angrenzen, sei die Belastung aufgrund diffuser Einträge, respektive Einträge, die nicht über die Abwasserreinigungsanlagen in die Gewässer gelangen, jedoch nach wie vor hoch.
Ferner gewännen Mikroverunreinigungen generell an Bedeutung. Das bestätigte auch ein weiterer, nur wenige Monate später vom BAFU herausgegebener Bericht, der ebenfalls auf problematische Umstände bezüglich der Mikroverunreinigung in Fliessgewässern verwies. Die NAWA berichtete zudem, dass die Qualität der Fliessgewässer im Mittelland aufgrund der intensiven anthropogenen Beeinflussung schweizweit am schlechtesten sei und dass insbesondere die Fische sensibel auf die Wasserqualität reagierten, was die Artenvielfalt beeinflussen könne. Gemäss Bericht bieten nur 27 Prozent der Gewässer an den berücksichtigten Messstationen gute oder sehr gute Lebensbedingungen für Fische. Aufgrund ihrer Erkenntnisse erachteten die Studienautoren die Reduktion von Nährstoff- und Pflanzenschutzmitteleinträgen in Gewässern als vordringliches Ziel und forderten parallel auch verstärkte Bestrebungen zur Renaturierung der Gewässer.