Im Februar, März und April 2020 störten Wassereinbrüche im Lötschbergbasistunnel den Eisenbahnverkehr. Im Februar wurde ein fahrender Zug vom Wassereinbruch überrascht, glücklicherweise wurde der Zug durch Wasser und Schlamm jedoch nicht aus den Schienen gehoben. Nach der Räumung des Tunnels vom Schlamm konnte der Betrieb wieder aufgenommen werden, bis im März ein erneuter Wassereinbruch zur vorübergehenden Sperrung der Oströhre führte. Nachdem die Oströhre am 24. April wieder geöffnet worden war, trat schon am 30. April erneut Wasser ein. Die BLS als Betreibergesellschaft des Tunnels versuchte, die Ursache für den Wassereinbruch zu finden und eine Lösung für das Problem zu etablieren. Weil das provisorische Ableitungssystem den wiederkehrenden Wassereinbrüchen offenbar nicht gewachsen war, gab die BLS Mitte Mai 2020 bekannt, dass im Herbst 2020 mit dem Bau einer Kaverne begonnen werden soll. Das schlamm- und sandhaltige Wasser soll durch einen neuen Stollen in eine Kaverne geleitet werden, in der sich Wasser und Schlamm absetzt. Ohne Schlamm kann das Wasser dann vom Drainage-System des Tunnels abgeführt werden. Die Absetzkaverne wird voraussichtlich regelmässig geleert werden müssen. Während die BLS entsprechende Pläne ausarbeitete, wurde auch Kritik an dieser Lösung geäussert: Ingenieure bekundeten in den Medien Befremden darüber, dass die als mögliche Wassereintrittstelle vermutete Sondierbohrung nicht genauer exploriert und schliesslich aufgefüllt und abgedichtet werden soll. Die Bauarbeiten werden zu einer mehrmonatigen Sperrung der Oströhre und damit zu einem einspurigen Verkehrsbetrieb führen und Kosten in Millionenhöhe verursachen.