Zur Verbesserung der Gewässerqualität hatte das Parlament 2014 die Revision des Gewässerschutzgesetzes beschlossen. Dadurch wurden rund 100 ARA verpflichtet, eine zusätzliche Reinigungsstufe einzubauen, um die Belastung der Gewässer mit Mikroverunreinigungen zu reduzieren. Darauf basierend reichte die WAK-NR im Oktober 2020 eine Motion ein, welche diese Massnahme zur Reduktion des Eintrages von Mikroverunreinigungen auf alle rund 740 Schweizer ARA ausweiten will. Dies sei notwendig, wenn man die Problematik ganzheitlich angehen wolle, denn für 60 Prozent der Mikroverunreinigungen in den Gewässern (etwa Medikamentenrückstände oder Industriechemikalien) seien die ARA, die Industrie und das Gewerbe verantwortlich, so die Kommission in ihrer Begründung.
Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion. Er erläuterte, dass die Revision des Gewässerschutzrechts bewusst nur auf diejenigen ARA abgezielt habe, welche entweder in Gewässer einleiten, die für die Trinkwassergewinnung wichtig seien, welche zu einem hohen Abwasseranteil im anliegenden Gewässer führten oder welche grosse Mengen von Mikroverunreinigungen ins entsprechende Gewässer ableiteten. Dies weil ein Ausbau sämtlicher ARAs sehr teuer wäre. Zudem würde ein sehr schlechtes Kosten-Nutzen-Verhältnis resultieren, wenn auch diejenigen ARA ausgebaut würden, deren Abwässer aktuell zu keinen Grenzwertüberschreitungen gemäss GSchG führten. Folglich wollte der Bundesrat im Zweitrat einen Abänderungsvorschlag einbringen, sollte die Motion im Erstrat angenommen werden. Er beantragte dementsprechend, dass nur diejenigen ARA ausgebaut würden, «deren Ausleitungen Grenzwertüberschreitungen zur Folge haben».
In der Wintersession 2020 beugte sich der Nationalrat über den Vorstoss und besprach diesen zusammen mit der Motion für eine «Reduktion der Stickstoffeinträge aus den Abwasserreinigungsanlagen». Kommissionssprecher Dettling (svp, SZ) erläuterte, dass die WAK-NR die Problematik der Gewässerqualität ganzheitlich angehen wolle, weshalb nicht nur bei der Landwirtschaft, sondern auch im Bereich der ARA gehandelt werden müsse. Umweltministerin Sommaruga unterstrich, dass sie das Anliegen der Motion als wichtig einstufe. Dem Bundesrat gehe der geforderte «Vollausbau» jedoch zu weit. Er käme unter anderem die Bevölkerung, die den Ausbau über die Abwasserabgabe mitfinanziere, teuer zu stehen und brächte nur einen geringen Mehrwert. Zudem plädierte Sommaruga dafür, den Gewässerschutz vor allem über Massnahmen im Bereich der Landwirtschaft zu stärken. Die Motion wurde schliesslich vom Nationalrat mit 148 zu 24 Stimmen bei 16 Enthaltungen klar angenommen. Die ablehnenden Stimmen stammten vor allem von SVP-Vertreterinnen und -vertretern sowie von drei Mitgliedern der FDP.Liberalen-Fraktion.

Die WAK-NR hatte mittels einer Motion den Ausbau der ARA zur Reduktion von Mikroverunreinigungen gefordert. Die vom Nationalrat angenommene Motion wurde in der Sommersession 2021 vom Ständerat behandelt. Kommissionssprecher Schmid (fdp, GR) erläuterte, dass sich die vorberatende WAK-SR von der Argumentation des Bundesrates habe überzeugen lassen, dass der Ausbau aller ARA – wie es in der Motion gefordert wurde – zu keinem guten Kosten-Nutzen-Verhältnis führen würde. Daher beantrage die Kommission, dass Ziffer 2 der Motion dahingehend geändert werde, dass nur diejenigen ARA ausgebaut würden, deren Ausleitungen zu Grenzwertüberschreitungen in den Abflussgewässern führen. Umweltministerin Sommaruga dankte der Kommission, dass diese den Änderungsantrag des Bundesrates aufgenommen habe. Mit dieser angepassten Motion würden nun circa hundert weitere ARA mit einer zusätzlichen Reinigungsstufe aufgerüstet. Nach Sommarugas zustimmendem Votum nahm die kleine Kammer die geänderte Motion stillschweigend an. Als nächstes wird sich noch einmal der Nationalrat zur modifizierten Motion äussern.

Auf Empfehlung der WAK-NR nahm der Nationalrat in der Wintersession 2021 eine Motion betreffend die Elimination von Mikroverunreinigungen durch Abwasserreinigungsanlagen in der zuvor vom Ständerat geänderten Fassung stillschweigend an.