Bei den Gesamterneuerungswahlen in 8 Kantonen (BE, FR, GL, GR, JU, NW, OW und ZG) kam es einzig in Bern und im Jura zu wesentlichen Verschiebungen der Machtverhältnisse zwischen den Parteien. In Bern fand ein Wechsel von der traditionellen bürgerlichen zu einer rotgrünen Mehrheit statt, im Jura gewannen die Bürgerlichen umgekehrt die in den letzten Wahlen verlorene Mehrzahl der Regierungssitze zurück. Wie im Vorjahr konnten die Grünen ihre Präsenz in den kantonalen Regierungen vermehren. In Bern gelang Bernhard Pulver (gp) als Teil der erfolgreichen grün-linken Liste der Wiedereinzug eines grünen Kandidaten in den Regierungsrat (bereits von 1986–90 hatten die Grünen zwei Vertreter in der damals 9-köpfigen Exekutive). In Zug gewann die grüne Alternative Liste (seit Anfang 2007 mit Beobachterstatus bei der GP) auf Kosten der SP einen zweiten Sitz in der Exekutive, und das 2005 in die GP eingetretene Demokratische Nidwalden konnte seinen Sitz in der Nidwaldner Regierung verteidigen. Die Zuger Regierungsratswahlen zeigten, dass die Grünen in einzelnen Kantonen zu einer ernsthaften Konkurrenz für die SP geworden sind, für die 2006 ein sehr durchwachsenes Wahljahr war. Dem Erfolg in Bern, wo die SP einen Sitz gewinnen konnte und nun mit 3 Regierungsräten vertreten ist, stehen die Verluste von je einem Regierungssitz in Glarus, Jura und Zug gegenüber. Während in Zug und Glarus, wo der Regierungsrat auf 5 Mitglieder verkleinert wurde, das Verhältnis zwischen linker und bürgerlicher Seite unberührt blieb, bedeutete der Mandatsverlust im Jura den Verlust der erst 2002 errungenen linken Regierungsmehrheit. Den Christlichdemokraten gelang es im Jura wie auch in den übrigen 6 Kantonen, in denen sie an der Regierung beteiligt sind (alle ausser BE), ihre Sitze zu halten. Die Gewinner der Wahlen in die jurassische Exekutive waren die Freisinnigen, deren Kandidat den 2002 verlorenen Sitz mit der höchsten Stimmenzahl zurückerobern konnte. In Glarus (wo die Sitzzahl von 7 auf 5 reduziert wurde) und in Bern verlor die FDP hingegen je ein Regierungsmitglied. Der Sitzverlust in Bern war die einzige Änderung bei der SVP. Sie behielt ihre Mitglieder in den Glarner, Graubündner und Zuger Exekutiven, versuchte jedoch in Freiburg, Jura und Nidwalden vergeblich, eine Regierungsbeteiligung zu erkämpfen. Auch 2006 bestätigte sich damit die Tendenz der Wählerinnen und Wähler in den Kantonen, die SVP zwar in den Parlamenten zu stärken, ihr jedoch wenig Einfluss in den nach dem Majorzsystem gewählten Regierungsgremien zu überlassen.
Bei den Ersatzwahlen im Kanton Appenzell Ausserrhoden gelang es der SP, auf Kosten der FDP einen Sitz in der bis dahin vollständig aus FDP und SVP gebildeten Regierung zu gewinnen. In Basel-Stadt, Thurgau und Zürich hingegen vermochten die Bürgerlichen ihre Regierungssitze zu verteidigen. Im Thurgau setzte sich Jakob Stark (svp) klar gegen die Parteilose Gabi Coray durch, im Kampf um die Nachfolge der Zürcher Regierungsrätin Dorothee Fierz (fdp) war die Freisinnige Ursula Gut gegenüber der Grünen Ruth Genner erfolgreich. In Basel-Stadt verteidigte Hanspeter Gass den Regierungssitz der FDP nach dem Scheitern seiner freisinnigen Parteikollegin Saskia Frei im ersten Wahlgang.
Nach den acht Gesamterneuerungswahlen und den vier Ersatzwahlen waren Ende 2006 drei Frauen weniger an kantonalen Regierungen beteiligt als im Vorjahr. In Bern fanden die zurückgetretenen Dora Andres (fdp) und Elisabeth Zölch (svp) keine weiblichen Nachfolgerinnen, und mit Barbara Egger (sp) verblieb lediglich eine Frau im Regierungsrat. In den Ausserrhoder Ersatzwahlen musste es die Parteilose Edith Heuscher-Beeler ihrem Konkurrenten Matthias Weishaupt (sp) überlassen, in die Fussstapfen von Regierungsrätin Alice Scherrer (fdp) zu treten. In allen übrigen Kantonsregierungen blieb das Verhältnis zwischen Männern und Frauen unverändert. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2006 damit noch 33 von 156 Regierungssitzen.