Suite à l'ouverture des archives du DMF, la presse a révélé que, durant la guerre froide, le Conseil fédéral envisageait très sérieusement de doter l'armée suisse de la bombe atomique et avait entrepris, dans le plus grand secret, des démarches à cet effet: le gouvernement avait notamment créé une commission d'études sur l'énergie atomique et s'était procuré un certaine quantité d'uranium. Il ressort également de ces archives que le chef de l'Etat-major de l'époque n'excluait pas l'utilisation de l'arme atomique sur territoire helvétique en cas d'invasion ennemie, ce même si les conséquences pour la population suisse auraient été terrifiantes. Le Conseil fédéral aurait en outre débloqué un crédit de CHF 20 millions pour que des recherches devant mener à une fabrication suisse de la bombe atomique soient entreprises. En 1964, le scandale des Mirages et la vaste mise en lumière des activités du DMF qui s'en est suivie ont dissuadé le gouvernement et les hauts rangs de l'armée de toute velléité ultérieure de doter la Suisse de l'arme nucléaire.

Après les révélations faites par la presse en 1995 au sujet de la politique suisse d'armement atomique, le DMF a publié une étude réalisée par le directeur de la Bibliothèque militaire fédérale. A la différence des informations données par les médias selon lesquels ce projet avait été abandonné en 1964 suite à l'affaire des Mirages, ce rapport révèle que la velléité de doter l'armée suisse de l'arme atomique a perduré jusqu'en 1988. En effet, une commission d'études pour les questions atomiques a continué de travailler jusqu'à cette date. Alors que la Confédération signait et ratifiait le traité de non-prolifération des armes nucléaires, cette commission était tenue de rassembler le maximum d'informations et de savoir-faire dans le domaine afin que la Suisse ne soit pas prise de court en cas d'abrogation dudit traité. En 1986, la commission a demandé au chef du DMF que le Conseil fédéral déclare officiellement que la Confédération souhaitait toujours devenir une puissance en voie de nucléarisation. Face au refus du chef du DMF de l'époque (Jean-Pascal Delamuraz), la commission a proposé sa propre suppression, demande à laquelle Arnold Koller donna suite en 1988.