Le nombre de jours de service devant être effectué par les médecins militaires étant insuffisant pour couvrir les besoins de la troupe, le Groupe des affaires sanitaires a décidé de se restructurer. Dès l’an 2000, cinq centres médicaux de région (CMR) vont être créés dans les cantons de Vaud, Zurich, Berne, des Grisons et un dernier pour la Suisse centrale et le Tessin. Chaque CMR aura à sa tête un médecin professionnel non militaire qui sera entouré par des médecins de milice effectuant leur obligation de servir.