La procédure d’élimination des divergences a essentiellement porté sur la définition du privilège de l’agriculteur, lors du réexamen du projet au Conseil des Etats. Ce dernier a maintenu sa position et recommandé une application restreinte de ce privilège, qui n’intégrerait pas le matériel de multiplication. Contre l’avis du Conseil national, les députés ont également confirmé leur décision de charger le gouvernement de déterminer les espèces végétales concernées par le privilège de l’agriculteur. Ils se sont cependant ralliés à la position du Conseil national sur la question de la taxe des semences de ferme, les agriculteurs n’ayant pas, le cas échéant, à payer de dédommagements aux détenteurs de nouvelles variétés. De plus, le Conseil des Etats a en outre soutenu la formulation de la chambre du peuple pour ce qui est des licences obligatoires. Le Conseil national s’est ensuite rallié à son tour (sans discussion) à la version du Conseil des Etats concernant la réglementation prévue par la Convention UPOV.

Le parlement s’est saisi, durant l’année sous revue et après un premier examen par le Conseil des Etats en 2005, de l’approbation de la Convention internationale révisée pour la protection des obtentions végétales (UPOV de 1991) et de la modification de la loi sur la protection des variétés. Le projet du Conseil fédéral visait à tenir compte des méthodes d’obtention modernes et concernait notamment les variétés essentiellement dérivées. Les principaux éléments de la révision étaient les suivants : définition de la notion de variété végétale ; redéfinition des droits de l’obtenteur en fonction de l’évolution des méthodes d’obtention ; introduction d’une disposition sur les licences croisées entre le droit de protection des variétés et celui des brevets ; réglementation du privilège de l’agriculteur (droit de l’agriculteur d’utiliser dans son exploitation, à des fins de multiplication, comme semences le produit de la récolte issue de la culture d’une variété protégée) ; reconnaissance des certificats de protection des variétés délivrés à l’étranger. En 2005, le Conseil des Etats était entré en matière sans opposition. Il s’était toutefois écarté du projet du Conseil fédéral en ce qui concerne le privilège de l’agriculteur, en décidant que le gouvernement « peut prévoir » (en lieu et place de « prévoit ») que les agriculteurs paient une taxe sur les semences de ferme au détenteur du titre de protection si ce privilège a des effets négatifs sur l’offre de nouvelles variétés ou si les intérêts légitimes du détenteurs ne sont plus garantis. Quant à la question des licences obligatoires, les députés avaient décidé de suivre (par 30 voix contre 7) la majorité de la commission, qui préconisait que la licence devait systématiquement être délivrée lorsqu’elle concernait les variétés pour l’agriculture et l’alimentation. Au vote sur l’ensemble, le Conseil des Etats avait adopté le projet amendé à l’unanimité.

Le Conseil national a poursuivi l’examen de cet objet durant l’année sous revue. L’entrée en matière y a été acquise sans opposition. La question de la ratification de la Convention sur la protection des obtentions végétales de 1991 a toutefois été controversée. Une proposition de minorité emmenée par la socialiste Hildegard Fässler (SG) a recommandé de ne pas ratifier la convention en question, estimant que celle-ci favoriserait les droits de l’obtenteur par rapport au privilège de l’agriculteur. Le plénum a cependant suivi, par 96 voix contre 78, la majorité de la commission, qui recommandait de s’aligner sur le Conseil des Etats. Sur proposition de sa commission, et avec le soutien des socialistes, des Verts et du PDC, le Conseil national a cependant renforcé le privilège des agriculteurs au détriment des obtenteurs de variétés. Il a suivi de justesse, par 89 voix contre 88, la majorité de la commission qui estimait que ce privilège était ancré dans la tradition agricole de la Suisse, et qu’il ne devait ainsi pas être remis en question. A ce titre, la commission a apporté un complément à la version du Conseil fédéral et du Conseil des Etats en proposant que les agriculteurs puissent multiplier non seulement le produit de la récolte, mais aussi ce qu’on appelle le matériel de multiplication (par exemple les plans de fraises). Par 93 voix contre 86, et sur proposition de la commission, les députés ont biffé la proposition du Conseil fédéral, qui stipulait que ce dernier pouvait prévoir que les agriculteurs utilisant des semences de ferme versent une indemnité au détenteur si les intérêts de ce dernier ne sont plus garantis. Le Conseil national s’est en outre écarté de la version du Conseil des Etats en ce qui concerne les licences obligatoires. Il a en effet suivi une proposition de minorité Fulvio Pelli (prd, TI) qui préconisait de renforcer la position des titulaires d’un brevet. Au vote sur l’ensemble, les députés ont approuvé le projet de loi modifié par 149 voix contre 26 (24 députés UDC présents se prononçant contre celui-ci).