Ende Jahr präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs. Demnach stellt der Bund im Einführungsjahr der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen insgesamt rund CHF 2.5 Mrd. für die neuen Ausgleichsgefässe zur Verfügung. Von der Ausgleichssumme des Bundes gehen 72.5 Prozent (CHF 1.8 Mrd.) in den vertikalen Ressourcenausgleich und 27.5 Prozent (CHF 682 Mio.) in den geografisch-topografischen und den soziodemografischen Lastenausgleich. Der durch die ressourcenstarken Kantone finanzierte horizontale Ressourcenausgleich beträgt 70 Prozent des vertikalen Ressourcenausgleichs (rund CHF 1.26 Mrd.). Mit diesen Beschlüssen entsprach der Bundesrat der Stellungnahme der Konferenz der Kantonsregierungen (KdK) und der überwiegenden Mehrheit der Kantone. – Für den zeitlich befristeten Härteausgleich, der jenen ressourcenschwachen Kantonen zugute kommt, die durch den Übergang zur NFA nicht ein bestimmtes Mindestausmass an finanzieller Entlastung erfahren, stellt der Bund CHF 287 Mio. bereit, die Kantone weitere CHF 143 Mio. Beim Übergang zur NFA sind (mit Ausnahme des Härteausgleichs) die finanziellen Be- und Entlastungen zwischen Bund und Kantonen insgesamt ausgeglichen. (Zu den Geberkantonen gehören gemäss Globalbilanz 2004/05 BL, GE, NW, SZ, TI, ZG und ZH; Empfängerkantone sind AG, AI, AR, BE, BS, FR, GL, GR, JU, LU, NE, OW, SG, SH, SO, TG, UR, VD und VS.)

In der Vernehmlassung war die Vorlage auf ein insgesamt positives Echo gestossen. Namentlich die KdK, einzelne Kantone, der Städte- und Gemeindeverband, die Spitzenverbände der Wirtschaft und die politischen Parteien äusserten sich mehrheitlich wohlwollend. Die ressourcenstarken Kantone wollten ihren Beitrag im horizontalen Ressourcenausgleich jedoch auf zwei Drittel (statt 70 Prozent) des Beitrags des Bundes festgelegt haben, zudem sprachen sie sich für eine deutliche Gewichtsverschiebung vom geografisch-topografischen zum soziodemografischen Lastenausgleich aus, während der Härteausgleich nur an ressourcenschwache Kantone ausgerichtet werden soll, die beim Übergang zur NFA erheblich weniger Geld erhalten. Die SVP lehnte als einziger Vernehmlassungsteilnehmer den Entwurf ab aufgrund der vorgesehenen Ausgestaltung des Härteausgleichs und der aus ihrer Sicht fehlenden Darstellung der Einsparungen, die sich mit der NFA realisieren liessen.

Das Parlament verabschiedete im Berichtsjahr die Vorschläge des Bundesrats zur Festlegung des Ressourcen-, Lasten- und Härteausgleichs. Der Ständerat befasste sich als erster damit und stimmte auf Antrag seiner Kommissionsmehrheit dem Bundesratsentwurf zu. Nachdem Eintreten unbestritten war, lehnte er mit 32 zu 12 Stimmen einen Antrag der Vertreter der finanzstarken Kantone ab, den Anteil dieser Kantone an den Grundbeitrag von den vom Bundesrat vorgeschlagenen 70% auf 68% zu senken. Nicht besser erging es auch dem von Abgeordneten der städtischen Kantone eingebrachten Antrag, den Lastenausgleichsfonds nicht je zur Hälfte für den Ausgleich von topographischen Lasten (d.h. Berggebiete) respektive von soziodemographischen Lasten (d.h. hohe Anteile an Armen, Alten und Ausländern) zu verwenden, sondern im Verhältnis 40% zu 60%. Ebenfalls abgelehnt wurde ein Antrag von gleicher Seite, den Härteausgleich für die ersten acht Jahre von den beantragten CHF 430 Mio. pro Jahr auf CHF 257 Mio. zu kürzen.
Auch im Nationalrat war Eintreten unbestritten. Der Rat lehnte in der Detailberatung Anträge der Linken resp. der SVP ab, den Beitrag der finanzstarken Kantone über resp. unter den vom Bundesrat beantragten 70% anzusetzen. Keine Gnade fanden auch Vorschläge der Linken und einigen städtischen Abgeordneten, den Anteil des soziodemographischen Lastenausgleichs von 50% auf 55% zu erhöhen, resp. von Parlamentariern aus finanzstarken Kantonen, den Beitrag an den Härteausgleichsfonds zu kürzen. Differenzen zwischen den beiden Kammern gab es einzig bei den Übergangsbestimmungen bei der Invalidenversicherung. Hier setzte sich die im Nationalrat von der Linken und der SVP unterstützte Forderung durch, dass entgegen dem Bundesratsvorschlag auch die Kantone einen Beitrag zur Sanierung dieser hoch verschuldeten Versicherung leisten müssen. In der Schlussabstimmung gab es im Ständerat beim Ressourcen- und Lastenausgleich 6 Gegenstimmen, beim Härteausgleich deren zwei. Im Nationalrat zählte man 2 resp. 12 Gegenstimmen. Die Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen wurde auf Anfang 2008 in Kraft gesetzt.