2005 hatte das Parlament die zweite Etappe der Bahnreform an die Regierung zurückgewiesen, weshalb die vorgesehene Neuordnung der Finanzierung der Eisenbahn-Infrastruktur nicht wie geplant auf den 1. Januar 2007 in Kraft treten kann. Da der 8. Rahmenkredit für die Privatbahnen Ende 2006 erschöpft ist, beantragte der Bundesrat dem Parlament als Übergangslösung einen 9. Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an die konzessionierten Eisenbahnunternehmen (KTU) für die Jahre 2007–2010 von CHF 600 Mio. und die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen.
Gegen den Willen des Bundesrates erhöhte der Ständerat diesen Kredit auf CHF 800 Mio. – die KTU hatten aufgrund des Bedarfs CHF 1,05 Mrd. verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Pfisterer (fdp, AG) reiche die von der Regierung beantragte Summe weder für die Erhaltung der Substanz noch für die nötigen Erweiterungsinvestitionen aus. Die Privatbahnen müssten haushälterisch mit den Finanzmitteln umgehen sowie Umfang und Optimierungsmöglichkeiten ihres Angebots prüfen, allenfalls auch die Umstellung vom Bahn- auf den Busbetrieb. Der Bundesrat erwäge mittelfristig Streckenschliessungen aus Sicherheitsgründen, aber auch aufgrund unverhältnismässiger Sanierungskosten. Bundesrat Leuenberger hielt an den von der Regierung beantragten CHF 600 Mio. fest, da der Bund sparen müsse, die Parteien für Bildung und Forschung aber mehr Geld ausgeben wollten. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat sowohl den 9. Rahmenkredit für die KTU als auch die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in ein bedingt rückzahlbares Darlehen einstimmig an. Er überwies zudem ein Postulat (06.3179), das einen Bericht zum Zustand der Infrastruktur der Privatbahnen verlangt.
Im Nationalrat stand eine weitere Erhöhung des KTU-Kredits auf CHF 920 Mio. zur Diskussion, welche die Mehrheit der Verkehrskommission vorschlug und die von der SP und den Grünen getragen wurde. CVP und FDP wollten sich dem Ständerat anschliessen (CHF 800 Mio.), die SVP unterstützte den Vorschlag des Bundesrats (CHF 600 Mio.). Die grosse Kammer folgte mit 109:80 Stimmen dem Ständerat und setzte den Rahmenkredit für die KTU auf CHF 800 Mio. fest. Ein Antrag der SVP, für Strecken, die längerfristig stillzulegen sind, keine wertvermehrenden Investitionen zu tätigen, wurde mit 116:73 Stimmen verworfen. In der Gesamtamtstimmung hiess der Nationalrat den Rahmenkredit für die KTU mit 161:8 Stimmen bei 20 Enthaltungen gut. Die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen hatte die Verkehrskommission des Nationalrats erst andiskutiert, aber noch nicht beschlossen.