Le gouvernement français a donné son feu vert pour la poursuite des travaux relatifs aux lignes ferroviaires du TGV est (Paris-Strasbourg) et du TGV Rhin-Rhône. La ligne Rhin-Rhône intéresse particulièrement la Suisse, non seulement pour des liaisons plus rapides avec Paris, mais aussi pour les horizons méditerranéens qu'elle promet. Le raccordement avec la Suisse devra faire l'objet d'une négociation bilatérale ultérieure. Le ministre des transports français a également annoncé que la liaison TGV Genève-Paris sera améliorée en modernisant et électrifiant la ligne dite des Carpates. Cette remise en service permettra de relier Paris et Genève en moins de trois heures. La Confédération et la France devront négocier une convention qui fixera la part financière prise en charge par la Suisse. Moritz Leuenberger s'est aussi mis d'accord avec son homologue français Jean-Claude Gayssot pour réaliser trois portes d'entrée TGV en Suisse pour le raccordement au réseau européen à grande vitesse. Il s'agit de Genève-Bourg-Mâcon avec raccordement au TGV sud-est, de Lausanne/Berne-Neuchâtel-Dôle-Dijon avec raccordement au TGV sud-est et au futur TGV Rhin-Rhône et enfin de Bâle-Mulhouse avec raccordement au futur TGV Rhin-Rhône. Avec l'acceptation de l'arrêté sur le financement des grands projets ferroviaires, ces raccordements ont été assurés financièrement du côté suisse.

En novembre, le conseiller fédéral Leuenberger et le ministre italien des transports et de la navigation ont signé une convention sur le raccordement des NLFA au réseau italien des lignes à grande vitesse (raccordements sud). Cet accord coordonne la planification à long terme de l’infrastructure ferroviaire entre les deux Etats. Les principaux éléments sont l’aménagement et la construction des lignes d’accès aux NLFA des deux côtés de la frontière italo-suisse. La convention porte encore sur l’amélioration du raccordement à l’aéroport de Malpensa, les aménagements des terminaux pour le fret combiné transalpin ainsi que sur une nouvelle ligne reliant Lugano à Milan. Le conseiller fédéral a également signé avec son homologue français une convention relative au raccordement de la Suisse au réseau ferroviaire français et plus particulièrement aux lignes à grande vitesse (TGV). Le texte doit encore être ratifié par les Chambres fédérales et le parlement français. Les mesures visent à améliorer l’accès de l’ouest de la Suisse aux lignes françaises à grande vitesse. L’accord porte sur trois liaisons. Premièrement, Genève–Nantua–Bourg-en-Bresse–Mâcon (raccordement à l’actuelle ligne TGV Paris–Sud-Est). Ensuite, Lausanne/Berne-Neuchâtel–Dole–Dijon–Aisy (raccordement à l’actuelle ligne Paris–Sud-Est et à la future ligne du TGV Rhin-Rhône). Troisièmement, Bâle–Mulhouse (raccordement aux futures lignes TGV Est-européen et TGV Rhin-Rhône).

Afin de garantir la planification du raccordement de la Suisse avec le réseau ferroviaire européen à haute performance, le Conseil fédéral a proposé au parlement de ratifier les accords signés l'année précédente avec la France et l'Italie. Il ne s'agissait pas d'un projet de construction détaillé, mais de conditions-cadres nécessaires à l'établissement de tels projets pendant les vingt prochaines années. Les projets individuels n'ont pas été définis. L'argent pour améliorer le raccordement de la Suisse avec le réseau européen était déjà garanti: le souverain avait accepté un financement de CHF 1,2 milliards en même temps que les NLFA. Toutefois, cette somme devrait être partagée entre la Suisse orientale et occidentale. Les mesures et les plans de financement, qui en découleront, donneront lieu à une loi fédérale sur les raccordements de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen à haute performance. Fin novembre, le Conseil des Etats a accepté à l'unanimité les deux messages du gouvernement sur la garantie de capacité des lignes d'accès sud à la nouvelle ligne ferroviaire à travers les Alpes (NLFA) et sur le raccordement de la Suisse au réseau ferroviaire français à grande vitesse. Les sénateurs ont donc donné le feu vert à l'amélioration des liaisons ferroviaires avec l'Italie et la France pour une intégration au réseau à haute performance italien (RHP) et aux trains à grand vitesse français (TGV).

Comme deuxième chambre, le Conseil national a lui aussi ratifié la convention de Bâle de 1999 entre la Suisse et l’Italie sur la liaison des voies ferrées. Il en a fait de même avec la convention bilatérale avec la France, donnant par la même occasion le coup d’envoi du raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau ferroviaire européen à grande vitesse, conformément aux promesses faites en 1998 lors de la votation sur la modernisation du rail. Pour arriver à ses fins, la Suisse a admis une entorse au principe de territorialité : elle paiera une partie des travaux entrepris sur sol français. En effet, la majorité doit être effectuée en France, mais ce sont les Suisses qui en profiteront le plus. En revanche, la Confédération a refusé de participer au financement de travaux entrepris en Italie ou en Allemagne.

Moritz Leuenberger a rencontré son homologue français, Jean-Claude Gayssot, pour examiner le volet financier de la convention relative au raccordement de la Suisse au réseau ferré français à grande vitesse, signée en novembre 1999. Les deux ministres sont tombés d'accord sur une participation financière égale entre les deux pays. La Confédération et la France s'engagent chacune à verser 135 millions d'euros. Cette somme sera injectée pour réhabiliter et moderniser la ligne Genève-Mâcon (ancienne ligne des Carpathes) et pour améliorer l'alimentation électrique et les infrastructures de l'arc jurassien, sur les lignes Paris-Lausanne et Paris-Neuchâtel-Berne. La mise en service de la ligne des Carpathes, baptisée ligne TGV-Mont-Blanc, est estimée à 220 millions d'euros. La Confédération devrait y participer à hauteur de 110 millions d'euros. De Genève, il ne faudra plus que trois heures pour se rendre au cœur de Paris en TGV: un gain de temps d'une demie-heure grâce à un gain de distance de 47 kilomètres par rapport à l'ancien itinéraire. Les travaux commenceront en 2004 et devraient s'achever à la mi-2006. Les 25 millions restants iront aux lignes de l'Arc jurassien qui nécessitent des travaux moins importants. Le financement helvétique provient du fonds plafonné à CHF 1,2 milliard, destiné à améliorer le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen des lignes à grande vitesse. La France et la Suisse ont par ailleurs décidé d'évaluer un cofinancement au projet de TGV Rhône-Rhin, entre Dijon et Mulhouse, Paris ayant sollicité de la Suisse une participation de l'ordre de CHF 125 millions.