Der Bundesrat kündigte im Nationalrat anlässlich der Beratung der Totalrevision der Bundesverfassung (96.091) an, dass er noch vor den Sommerferien Grundsatzentscheide zur Regierungsreform fassen werde. Im Februar gab er bekannt, dass er der von ihm eingesetzten interdepartementalen Arbeitsgruppe den Auftrag erteilt habe, zwei Modelle auszuarbeiten: eines, das die Stellung des Bundespräsidenten verstärkt und eventuell die Zahl der Bundesräte erhöht, und eines, das die Regierung als zweistufiges Gremium konzipiert, das aus einem Kollegium von Bundesräten und einem Kabinett aus Fachministern besteht. Im Juni befasste er sich an einer Klausurtagung mit diesen beiden Modellen, konnte sich aber für keines entscheiden. Anfangs November gab er beide in die Vernehmlassung. Das erste Modell sieht einen auf zwei Jahre gewählten Präsidenten vor, der von der Leitung eines Departementes befreit wäre. Seine wichtigsten Aufgaben wären die Sicherstellung der Planung und Koordination sowie die Repräsentation nach aussen, wo er insbesondere im diplomatischen Verkehr als Regierungschef auftreten würde. Ein Weisungsrecht gegenüber seinen Bundesratskollegen hätte er aber im Gegensatz zu ausländischen Ministerpräsidenten nicht, und die Regierungspolitik würde weiterhin vom Kollegialgremium, das eventuell um ein bis zwei Mitglieder aufgestockt würde, mit Mehrheitsbeschlüssen bestimmt. Das zweite Modell sieht ein eventuell auf fünf Mitglieder reduziertes Regierungsgremium vor, das ebenfalls nach denselben Entscheidungsregeln funktioniert (Mehrheitsbeschlüsse und Kollegialprinzip) und bei dem die Bundesräte Departemente führen würden. Ihm wären aber ein gutes Dutzend Fachminister unterstellt, welche vom Bundesrat gewählt und von Parlament bestätigt würden. Diese könnten ohne Stimmrecht an Bundesratssitzungen teilnehmen und die Schweiz als Regierungsmitglieder im Ausland vertreten.

Die Reaktion auf die vom Bundesrat im Vorjahr in die Vernehmlassung gegebenen Vorschläge für eine Regierungsreform fiel eher negativ aus. Die Variante mit einem gestärkten Bundespräsidenten fand bei den grossen Parteien keinen Anklang, da sich dessen Rolle nicht mit dem weiterhin vorgesehenen Kollegialitätsprinzip würde vereinbaren lassen. Einzig der Vorort und der Bauernverband sowie die Grünen und die Schweizer Demokraten sprachen sich dafür aus. Eine zweistufige Regierung mit Bundesräten als Regierungskollegium und ihnen unterstellten Fachministern fand in abgewandelter Form, d.h. mit einer gleichzeitigen Stärkung des Präsidialamtes, zwar bei der FDP Anklang, nicht aber bei der SVP. Die SP und die CVP wie auch der Gewerkschaftsbund und der Gewerbeverband beurteilten dieses Modell zwar grundsätzlich positiv, lehnten jedoch eine Verkleinerung des Bundesrates auf fünf Mitglieder ab. Der Bundesrat beschloss in der Folge, dieses zweistufige Modell weiter zu verfolgen und sich mit den Details einer solchen Regelung, wie z.B. der Frage, ob die Fachminister vom Parlament oder der Regierung zu wählen seien, auseinanderzusetzen.

Der Bundesrat befasste sich in Klausursitzungen mit einer Vertiefung des von ihm bevorzugten Modells einer zweistufigen Regierung mit Bundesräten als Regierungskollegium und ihnen unterstellten sogenannten Delegierten Ministern (DM) ohne Stimmrecht in der Exekutive. Dabei prüfte er zwei Varianten: in der einen wären diese DM als Fachminister für einen besonders wichtigen Schwerpunkt des Departements zuständig (z.B. als Justizminister), in der anderen gäbe es für jeden Departementschef einen Stellvertreter ohne spezifischen Fachbereich. Diese DM sollen vom Gesamtbundesrat auf Antrag der einzelnen Departementsvorsteher auf vier Jahre gewählt werden. Das Mitentscheidungsrecht des Parlaments würde sich auf eine Bestätigung sämtlicher Delegierten Minister en bloc beschränken.